t/legacy/integration/genomes/default.t

   1 use Test::Most;
   2
   3 use lib 't/lib';
   4
   5 use URI::Escape;
   6
   7 use SGN::Test::WWW::Mechanize skip_cgi => 1;
   8 use SGN::Test::Data qw/ CXGN::Biosource::Schema create_test /;
   9
  10 my $mech = SGN::Test::WWW::Mechanize->new;
  11
  12 $mech->with_test_level( local => sub {
  13
  14    my $org = create_test( 'Organism::Organism' );
  15
  16    $mech->get( '/organism/'.uri_escape($org->species).'/genome' );
  17    is $mech->status, 404, 'got a 404 if the organism has no genome_page organismprop';
  18
  19    # this prop will get cascade-deleted afterward
  20    $org->create_organismprops({ genome_page => 1 }, { autocreate => 1 });
  21
  22    $mech->get_ok( '/organism/'.uri_escape($org->species).'/genome' );
  23    $mech->content_contains( $org->species );
  24    $mech->content_lacks( 'BLARG1', 'no assembly listed yet' );
  25
  26    my $genome_assembly_cvt = get_genome_assembly_cvt( $org->result_source->schema );
  27
  28    my $assembly = create_test('BsSample', {
  29        sample_name => 'BLARG1',
  30        description => 'First assembly of the Blargopodus genome',
  31        type_id     => $genome_assembly_cvt->cvterm_id,
  32        organism_id => $org->organism_id,
  33    });
  34
  35    $mech->get_ok( '/organism/'.uri_escape($org->species).'/genome' );
  36    $mech->content_contains('BLARG1', 'BLARG1 assembly is listed');
  37
  38    my $annotation = create_test('BsSample', {
  39        sample_name => 'ITAGblarg1',
  40        description => 'annotation of the BLARG1 assembly by ITAG',
  41        type_id     => $genome_assembly_cvt->cvterm_id,
  42        organism_id => $org->organism_id,
  43    });
  44
  45    create_test('BsSampleRelationship', {
  46        object => $annotation,
  47        subject => $assembly,
  48        type => { name => 'annotates' },
  49    });
  50
  51    $mech->get_ok( '/organism/'.uri_escape($org->species).'/genome' );
  52    $mech->content_contains( 'BLARG1',     'BLARG1 assembly is listed');
  53    $mech->content_contains( 'ITAGblarg1', 'ITAGblarg1 annotation is listed');
  54
  55    $mech->get_ok( '/genomes', 'got genome index page' );
  56    $mech->content_contains( $org->species, 'genome index page contains the test species' );
  57
  58 });
  59
  60 $mech->get_ok( '/genomes', 'got genome index page ok' );
  61
  62 done_testing;
  63
  64
  65 sub get_genome_assembly_cvt {
  66     my $schema = shift;
  67
  68     my $genome_assembly_cvt = $schema
  69         ->resultset('Cv::Cv')
  70         ->search({ 'me.name' => 'sequence' })
  71         ->search_related('cvterms', {
  72             'cvterms.name' => 'reference_genome',
  73         });
  74
  75    is $genome_assembly_cvt->count, 1;
  76    $genome_assembly_cvt = $genome_assembly_cvt->first;
  77
  78    ok( $genome_assembly_cvt,  "got reference_genome cvt ".eval {$genome_assembly_cvt->cvterm_id});
  79
  80    return $genome_assembly_cvt;
  81 }
  82