mason/cview/index.mas

   1 <%doc>
   2
   3 =head1 NAME
   4
   5 /cview/index.mas - a mason component to show information about available maps.
   6
   7 =head1 DESCRIPTION
   8
   9 A Mason component that displays an html page with links to all SGN maps and related information.
  10
  11 Required parameters:
  12
  13 =over 2
  14
  15 $map_by_species - a hashref with map information to display
  16
  17 $default_map_id - the map_id of the map to be displayed by default
  18
  19 =back
  20
  21 =head1 AUTHOR
  22
  23 Initial version by Robert Ahrens, later maintained by John Binns.
  24
  25 Mason version by Lukas Mueller <lam87@cornell.edu>
  26
  27 February 2010
  28
  29 Refactored for Catalyst Feb 2011
  30
  31 =cut
  32
  33 </%doc>
  34
  35 <%args>
  36 $map_by_species
  37 $map_url
  38 $chr_url
  39 $comp_maps_url
  40 $default_map_id => 9
  41
  42 </%args>
  43
  44 <& /page/page_title.mas, title=>"Available Maps" &>
  45 <div class="container-fluid">
  46
  47 <%perl>
  48 # Show a blue section html with the system maps
  49 # organized by species.
  50 #
  51 my $d ='';
  52 foreach my $s (sort { @{$map_by_species->{$a}} <=> @{$map_by_species->{$b}} } keys %$map_by_species) {
  53   $d .= "<b>$s</b><br />\n";
  54   $d .= join('<br />' ,  sort @{ $map_by_species->{$s} } );
  55   $d .= "<br /><br />";
  56 }
  57
  58 my $submit = qq | <b>[<a href="/cview/help/map_submission">Submit New Map</a>]</b> |;
  59
  60 </%perl>
  61
  62 <&| /page/info_section.mas, collapsible=>1, collapsed=>0, title=>"Interactive Maps", subtitle=>$submit &>
  63 <br/>
  64 <% $d %>
  65 </&>
  66
  67 <!-- Comparative maps -->
  68
  69 <&| /page/info_section.mas, collapsible=>1, collapsed=>0, title=>"Comparative Maps" &>
  70
  71 <br />
  72 <a href="<% $chr_url %>"><b>Interactive comparative map viewer</b></a>:
  73 View two chromosomes from two different maps at the same time; it displays the relationships between the chromosomes and additional information such as associated physical map, inbred lines, and rulers.<br /><br />
  74 <b>Examples</b>:
  75 <ul>
  76 <li><a href="<% $chr_url %>?show_IL=1&amp;map_id=5&amp;chr_nr=1&amp;comp_map_id=3&amp;comp_chr=1">Tomato EXPEN 1992 vs Potato TXB 1992</a><br /></li>
  77   <li><a href="<% $chr_url %>?map_id=<% $default_map_id %>&amp;chr_nr=1&amp;comp_map_id=6&amp;comp_chr=1&amp;show_ruler=1&amp;show_physical=1">Tomato EXPEN 2000 vs Eggplant-LXM 2002</a></li>
  78 <li><a href="<% $chr_url %>?map_id=3&amp;chr_nr=1&amp;comp_map_id=6&amp;comp_chr=1&amp;show_ruler=1">Potato TXB 1992 vs Eggplant-LXM 2002</a></li>
  79 </ul>
  80
  81 <a href="<% $comp_maps_url %>?center_map=<% $default_map_id %>&amp;right_map=3"><b>Compare entire maps</b></a>:
  82 To get a better view how two (or three) maps relate to each other, take a zoomed out view of the entire map. A maximum of 3 maps can be shown together at one time. The maps to be displayed can be selected on the top of the display.  <br /><br />
  83 <b>Examples</b>:
  84 <ul>
  85 <li><a href="/cview/view_maps.pl?center_map=5&amp;right_map=3">Tomato EXPEN 1992 vs Potato TXB 1992</a></li>
  86 <li><a href="/cview/view_maps.pl?left_map=5&amp;center_map=3&amp;right_map=6">Eggplant LXM 2002 vs Tomato EXPEN 1992 vs Potato TXB 1992 (three-way comparison)</a></li>
  87 </ul>
  88 <br />
  89 For more on the comparative map viewer, read the <a href="/help/cview">help page</a>.
  90
  91 </&>
  92
  93 <!--  Static maps -->
  94
  95 <&| /page/info_section.mas, collapsible=>1, collapsed=>0, title=>'Static Maps' &>
  96 <br/>
  97 <p>
  98 <b>Tomato maps</b><br />
  99 <i>L. esculentum x L. pennellii</i> maps:<br />
 100 <a href='/maps/tomato_arabidopsis/index.pl'>Tomato - Arabidopsis synteny map</a><br />
 101 <a href='/maps/pepper_korea/index.pl'>Pepper SNU2 map</a><br />
 102 <a href='/maps/pennellii_il/index.pl'>Isogenic Line (IL) map</a><br />
 103 <a href="/maps/lpimp_ibl/index.pl">Lycopersicon pimpinellifolium Inbred Backcross Lines (IBLs)</a>
 104 </p>
 105 </&>
 106
 107 <!-- JavaScript function for help files. -->
 108 <script language='javascript' type=\"text/javascript\">
 109 <!--\n
 110 function commercial(Page)\n{
 111    var new_win = open(Page, 'EXTRA', \"scrollbars=yes,resizable=yes,height=500,width=720\")
 112 }\n// -->
 113 </script>
 114
 115 </div>