mason/tools/genefamily/search.mas

   1
   2 <%doc>
   3
   4 </%doc>
   5
   6 <%args>
   7 $dataset
   8 $genefamily_id => undef
   9 $member_id => undef
  10 $action => undef
  11 </%args>
  12
  13 <& /page/page_title.mas, title=>'Gene family search' &>
  14
  15 <%perl>
  16
  17 use SGN::Genefamily;
  18 use Bio::Seq;
  19
  20 my  $DIR = $c->get_conf('genefamily_dir'); # '/home/mueller/dutch_tomato_assembly/tomato_ara_rice_comparison/';
  21 if (!$action) { $action = "input"; }
  22 if ($genefamily_id eq '') { $genefamily_id=0; }
  23
  24 if ($action eq 'detail') {
  25     my $gf = SGN::Genefamily->new(
  26         name      => "ORTHOMCL$genefamily_id",
  27         dataset   => $dataset,
  28         files_dir => $DIR,
  29        );
  30
  31     my $seq_data ="";
  32     my $fasta_data = "";
  33     my $tree_data = "";
  34     my $annot_data = "";
  35     my $exp_data = "";
  36
  37     my $align_link_disabled = "";
  38     my $fasta_link_disabled = "";
  39     my $tree_link_disabled = "";
  40     my $exp_link_disabled = "";
  41
  42     my $errors = "";
  43     my $big_errors = 0;
  44     eval {
  45       $seq_data = $gf->get_alignment();
  46     };
  47     if ($@) {
  48       $errors .= "Alignment data not available. ";
  49       $big_errors++;
  50       $align_link_disabled="disabled";
  51     }
  52     eval {
  53       $fasta_data = $gf->get_fasta();
  54
  55     };
  56     if ($@) {
  57       $errors .= "Sequence data not available. ";
  58       $big_errors++;
  59       $fasta_link_disabled = "disabled";
  60     }
  61     eval {
  62       $tree_data = $gf->get_tree();
  63     };
  64     if ($@) {
  65       $errors .= "Tree data not available. ";
  66       $tree_link_disabled = "disabled"
  67     }
  68     eval {
  69       $annot_data = $gf->get_annotation();
  70     };
  71     if ($@) {
  72       $errors .= "Annotation data not available. ";
  73       $annot_data = "(No annotation data available)";
  74     }
  75     eval {
  76       $errors .= "Expression data not available. ";
  77       $exp_data = $gf->get_expression();
  78     };
  79     if ($@) {
  80       $exp_link_disabled = "disabled";
  81     }
  82
  83     if ($big_errors > 0) {
  84       $errors = "This family does not seem to exist!\n";
  85     }
  86
  87 </%perl>
  88
  89 <h1>Family detail for family <% $genefamily_id %></h1>
  90 <table><tr><td>Family: <b><% $genefamily_id %></b></td><td><% $annot_data %></td></tr>
  91   <tr><td colspan="2">Note: <% $errors %></td></tr>
  92 </table>
  93 <table><tr>
  94     <hr>
  95     <td>View</td>
  96     <td>
  97       <form name="alignment_viewer_form" method="POST" action="/tools/align_viewer/index.pl">
  98         <input type="hidden" name="seq_data" value="<% $seq_data %>" />
  99         <input type="submit" value="Alignment" <% $align_link_disabled %> />
 100         <input type="hidden" name="format" value="fasta" />
 101       </form>
 102     </td>
 103
 104     <td>
 105       <form name="tree_browser_form" method="post" action="/tools/tree_browser/index.pl">
 106         <input type="hidden" name="" value="<% $tree_data %>" />
 107         <input type="submit" value="Tree" <% $tree_link_disabled %> />
 108       </form>
 109     </td>
 110
 111
 112
 113     </tr>
 114 </table>
 115 <hr>
 116 <table><tr><td>
 117 Sequences in fasta:</td><td>
 118 <form name="tree_browser_unaligned" method="post" action="/tools/align_viewer/index.pl">
 119   <input type="hidden" name="seq_data" value="<% $fasta_data %>" />
 120   <input type="hidden" name="format" value="fasta_unaligned" />
 121   <input type="submit" value="Align" />
 122 </form>
 123
 124 <td></tr>
 125 <td colspan="2">
 126       <pre><% $fasta_data %></pre>
 127 </td></tr></table>
 128
 129 <%perl>
 130 }
 131
 132 if ($action eq 'search' && $member_id) {
 133     die 'must provide dataset' unless $dataset;
 134     my $member_file = catfile($DIR,$dataset,'genefamily_defs.txt');
 135     open (my $F, "<", $member_file) || die "can't open family file $member_file";
 136     my $family_nr = 0;
 137     my $found = 0;
 138     while(<$F>) {
 139
 140         if ($_=~/\b$member_id\b/i) {
 141             $found=1;
 142             last();
 143         }
 144         $family_nr++;
 145     }
 146
 147
 148     if ($found) {
 149 </%perl>
 150
 151         <form name="genefamily_display_form">
 152         In dataset <b><% $dataset %></b>, sequence <% $member_id %> is in family <% $family_nr %>.
 153         <input type="hidden" name="genefamily_id" value="<% $family_nr %>" />
 154         <input type="hidden" name="dataset" value="<% $dataset %>" />
 155           <input type="hidden" name="action" value="detail" />
 156           <input type="submit" name="view_family" value="view family <% $family_nr %>" />
 157         </form>
 158
 159 %   }
 160 %   else {
 161         <% $member_id %> was not found in any family.
 162 %       return;
 163 %   }
 164 %}
 165
 166 <%perl>
 167 my @datasets = SGN::Genefamily->get_available_datasets($DIR);
 168
 169 my $select = '<select name="dataset">';
 170 my $selected = "";
 171 foreach my $d (@datasets) {
 172   if ($d eq $dataset) { $selected="selected=\"selected\" "; }
 173   else { $selected= ""; }
 174   $select .= qq | <option value="$d" $selected>$d</option> |;
 175 }
 176 $select .= "</select>";
 177
 178 if ($action eq 'input')  {
 179
 180 </%perl>
 181
 182           <table>
 183             <tr><td colspan="2">If you know the ID of your gene family, enter it below.</td></tr>
 184             <tr><td>Genefamily id</td><td>
 185                 <form name="genefamily_detail_form">
 186                   <input name="genefamily_id" size="10" />(a number)
 187                   <input type="hidden" name="action" value="detail" />
 188                   <% $select %>
 189                   <input type="submit" value="Details" />
 190                 </form>
 191             </td></tr>
 192             <tr><td colspan="2"><b>-OR-</b></td></tr>
 193             <tr><td colspan="2">if you know a member ID, search for the corresponding family:</td></tr>
 194             <tr><td>Member id</td><td>
 195               <form name="member_search_form">
 196                 <input name="member_id" size="10" /> (e.g. At1g01060)
 197                 <input type="hidden" name="action" value="search" />
 198                 <% $select %>
 199                 <input type="submit" />
 200               </form>
 201 </td>
 202 </tr>
 203 </table>
 204
 205 % }
 206
 207 <%init>
 208 use File::Spec::Functions;
 209 </%init>