t/SGN/genefamily.t

   1 use strict;
   2 use warnings;
   3
   4 use Test::More tests => 7;
   5 use FindBin;
   6 use File::Spec::Functions;
   7
   8 use_ok('SGN::Genefamily');
   9
  10 my $test_dir = catdir($FindBin::Bin,'genefamily_data');
  11 my $gf = SGN::Genefamily->new( files_dir => $test_dir,
  12                                dataset   => 'test',
  13                                name      => 'family_0'
  14     );
  15
  16 is($gf->name(), "family_0", "name test");
  17 is($gf->dataset(), "test", "dataset test");
  18 is($gf->files_dir(), $test_dir, "files_dir test");
  19 is($gf->get_path(), catdir($test_dir,'test'), "get_path test");
  20 my $aln = $gf->get_alignment();
  21 like($aln, qr/KLSILKDV-----------NDKSCV/, "alignment test");
  22
  23 my $fasta = $gf->get_fasta();
  24 $fasta =~ s/\n//g;
  25 like($fasta, qr/KLSILKDVNDKSCV/, "fasta test");
  26
  27
  28