mason/transcript/unigene/preceding_unigenes.mas

   1 <%doc>
   2
   3 =head1 NAME
   4
   5  preceding_unigenes.mas
   6  Mason component to show preceding unigenes.
   7
   8 =cut
   9
  10 =head1 VERSION
  11
  12 0.1
  13
  14 =cut
  15
  16 =head1 SYNOPSIS
  17
  18 <& '/transcript/unigene/preceding_unigenes.mas', dbh => $dbh, unigene => $unigene &>
  19
  20 where: $dbh is a database connection object
  21        $unigene is CXGN::Transcript::Unigene object
  22
  23 =cut
  24
  25 =head1 DESCRIPTION
  26
  27  This is a mason code get the preceding unigene data from the database.
  28  If it find precedding unigenes, it will print it as section.
  29
  30 =cut
  31
  32 =head 1 AUTHOR
  33
  34  Aureliano Bombarely (ab782@cornell.edu)
  35
  36 =cut
  37
  38 </%doc>
  39
  40
  41 <%args>
  42 $dbh
  43 $unigene
  44 </%args>
  45
  46
  47 <%perl>
  48
  49 use strict;
  50 use warnings;
  51
  52 use CXGN::Transcript::Unigene;
  53 use CXGN::Transcript::UnigeneBuild;
  54 use CXGN::Page::FormattingHelpers  qw/ info_section_html info_table_html columnar_table_html page_title_html html_break_string /;
  55
  56 my $preceding_unigene_content;
  57 my @preceding_unigenes = ();
  58
  59 ## If there aren't any unigene that comes from unigene_detail.mas, it will not return a message because it will returned by the basic
  60 ## info code
  61
  62 if (defined $ARGS{'unigene'}) {
  63
  64    my $preceding_build_name = "";
  65    my $preceding_build_nr = "";
  66
  67    my @preceding_unigene_ids = $unigene->get_preceding_unigene_ids();
  68
  69    if (@preceding_unigene_ids) {
  70        foreach my $uid (@preceding_unigene_ids){
  71
  72            my $preceding_u = CXGN::Transcript::Unigene->new($dbh, $uid);
  73            my $preceding_build = CXGN::Transcript::UnigeneBuild->new($dbh, $preceding_u->get_build_id());
  74            $preceding_build_name = $preceding_build->get_organism_group_name();
  75            my $preceding_build_nr = $preceding_build->get_build_nr();
  76            my $unigene_link = "<a href=\"unigene.pl?unigene_id=SGN-U$uid\">SGN-U$uid</a>";
  77            if ($uid) {
  78                push(@preceding_unigenes, [$unigene_link, "$preceding_build_name #$preceding_build_nr"]);
  79            }
  80        }
  81
  82        $preceding_unigene_content = columnar_table_html(headings => ['Unigene', 'Build'], data=> \@preceding_unigenes);
  83
  84 } else {
  85     $preceding_unigene_content = "";
  86 }
  87
  88 }
  89
  90 my $p_count = scalar(@preceding_unigenes);
  91 my $preceding_html = info_section_html( title       => "Preceding Unigenes (" . $p_count .")",
  92                                         contents    => $preceding_unigene_content,
  93                                         collapsible => 1,
  94                                         collapsed   => 1 );
  95
  96 </%perl>
  97
  98 <% $preceding_html %>