js/source/legacy/solGS/cluster.js

   1 /**
   2  * K-means and hierarchical cluster analysis and vizualization
   3  * Isaak Y Tecle <iyt2@cornell.edu>
   4  *
   5  */
   6
   7 var solGS = solGS || function solGS() { };
   8
   9 solGS.cluster = {
  10   canvas: "#cluster_canvas",
  11   clusterPlotDiv: "#cluster_plot",
  12   clusterMsgDiv: "#cluster_message",
  13   clusterPopsDiv: "#cluster_pops_select_div",
  14   clusterPopsSelectMenuId: "#cluster_pops_select",
  15   clusterPopsDataDiv: "#cluster_pops_data_div",
  16
  17   getClusterArgsFromUrl: function () {
  18     var page = location.pathname;
  19     if (page == "/cluster/analysis/") {
  20       page = "/cluster/analysis";
  21     }
  22
  23     var urlArgs = page.replace("/cluster/analysis", "");
  24
  25     var clusterPopId;
  26     var traitId;
  27     var protocolId;
  28     var kNumber;
  29     var dataType;
  30     var sIndexName;
  31     var selectionProp;
  32     var traitsCode;
  33     var clusterType;
  34
  35     if (urlArgs) {
  36       var args = urlArgs.split(/\/+/);
  37       clusterPopId = args[1];
  38       clusterType = args[3];
  39       dataType = args[5];
  40       kNumber = args[7];
  41
  42       if (urlArgs.match(/traits/)) {
  43         traitsCode = args[9];
  44       }
  45
  46       if (urlArgs.match(/selPop/)) {
  47         selectionProp = args[11];
  48       }
  49
  50       protocolId = args.pop();
  51
  52       if (!dataType.match(/phenotype|genotype|gebv/)) {
  53         sIndexName = dataType;
  54         dataType = "genotype";
  55       }
  56
  57       var dataStr;
  58       var listId;
  59       var datasetId;
  60
  61       if (clusterPopId.match(/dataset/)) {
  62         dataStr = "dataset";
  63         datasetId = clusterPopId.replace(/dataset_/, "");
  64       } else if (clusterPopId.match(/list/)) {
  65         dataStr = "list";
  66         listId = clusterPopId.replace(/list_/, "");
  67       }
  68
  69       var args = {
  70         cluster_pop_id: clusterPopId,
  71         data_type: dataType,
  72         k_number: kNumber,
  73         sindex_name: sIndexName,
  74         selection_proportion: selectionProp,
  75         list_id: listId,
  76         trait_id: traitId,
  77         training_traits_code: traitsCode,
  78         dataset_id: datasetId,
  79         data_structure: dataStr,
  80         genotyping_protocol_id: protocolId,
  81         cluster_type: clusterType,
  82       };
  83
  84       var reg = /\.+-\.+/;
  85       if (clusterPopId.match(reg)) {
  86         var ids = clusterPopId.split("-");
  87         args["training_pop_id"] = ids[0];
  88         args["selection_pop_id"] = ids[1];
  89       }
  90       return args;
  91     } else {
  92       return {};
  93     }
  94   },
  95
  96   getClusterPopId: function (selectedId, dataStr) {
  97
  98     var clusterPopId;
  99     if (dataStr) {
 100       clusterPopId = `${dataStr}_${selectedId}`;
 101     } else {
 102       clusterPopId = selectedId;
 103     }
 104
 105     return clusterPopId;
 106   },
 107
 108   createClusterTypeSelect: function (rowId) {
 109     var clusterTypeId = this.clusterTypeSelectId(rowId);
 110     var clusterTypeGroup =
 111       '<div id="cluster_type_opts"><select class="form-control" id="' +
 112       clusterTypeId +
 113       '">' +
 114       '<option value="k-means">K-Means</option>' +
 115       '<option value="hierarchical">Hierarchical</option>' +
 116       "</select></div>";
 117
 118     return clusterTypeGroup;
 119   },
 120
 121   clusterTypeSelectId: function (rowId) {
 122     if (location.pathname.match(/cluster\/analysis/) && rowId) {
 123       return `cluster_type_select_${rowId}`;
 124     } else {
 125       return "cluster_type_select";
 126     }
 127   },
 128
 129   clusterDataTypeSelectId: function (rowId) {
 130     if (location.pathname.match(/cluster\/analysis/) && rowId) {
 131       return `cluster_data_type_select_${rowId}`;
 132     } else {
 133       return "cluster_data_type_select";
 134     }
 135   },
 136
 137   clusterKnumSelectId: function (rowId) {
 138     if (location.pathname.match(/cluster\/analysis/) && rowId) {
 139       return `k_number_input_${rowId}`;
 140     } else {
 141       return "k_number_input";
 142     }
 143   },
 144
 145   clusterSelPropSelectId: function (rowId) {
 146     if (location.pathname.match(/cluster\/analysis/) && rowId) {
 147       return `selection_proportion_input_${rowId}`;
 148     } else {
 149       return "selection_proportion_input";
 150     }
 151   },
 152
 153   getRunClusterBtnId: function (rowId) {
 154     if (location.pathname.match(/cluster\/analysis/) && rowId) {
 155       return `run_cluster_${rowId}`;
 156     } else {
 157       return "run_cluster";
 158     }
 159   },
 160
 161   createDataTypeSelect: function (opts, rowId) {
 162     var clusterDataTypeId = this.clusterDataTypeSelectId(rowId);
 163     var dataTypeGroup = '<select class="form-control" id="' + clusterDataTypeId + '">';
 164
 165     for (var i = 0; i < opts.length; i++) {
 166       dataTypeGroup += '<option value="' + opts[i] + '">' + opts[i] + "</option>";
 167     }
 168     dataTypeGroup += "</select>";
 169
 170     return dataTypeGroup;
 171   },
 172
 173   getDataTypeOpts: function (args) {
 174
 175     var popType;
 176     if (args) {
 177       popType = args.type;
 178     }
 179
 180     var dataTypeOpts = [];
 181     var page = location.pathname;
 182
 183     if (page.match(/breeders\/trial/)) {
 184       dataTypeOpts = ["Genotype", "Phenotype"];
 185     } else if (page.match(/solgs\/trait\/\d+\/population\/|solgs\/model\/combined\/trials\//)) {
 186       dataTypeOpts = ["Genotype"];
 187     } else {
 188       if (!popType) {
 189         popType = "undef";
 190       }
 191
 192       if (popType.match(/^selection$/)) {
 193         dataTypeOpts = ["Genotype", "GEBV"];
 194       } else if (popType.match(/selection_index/)) {
 195         dataTypeOpts = ["Genotype"];
 196       } else {
 197         dataTypeOpts = ["Genotype", "GEBV", "Phenotype"];
 198       }
 199     }
 200
 201     return dataTypeOpts;
 202   },
 203
 204   createRowElements: function (clusterPop) {
 205     var popId = clusterPop.id;
 206     var popName = clusterPop.name;
 207     var dataStr = clusterPop.data_str;
 208
 209     var clusterPopId = solGS.cluster.getClusterPopId(popId, dataStr);
 210     var clusterTypeOpts = solGS.cluster.createClusterTypeSelect(clusterPopId);
 211
 212     var dataTypes;
 213     if (location.pathname.match(/pca\/analysis/)) {
 214       dataTypes = clusterPop.data_type;
 215     } else {
 216       dataTypes = this.getDataTypeOpts();
 217     }
 218
 219     var dataTypeOpts = solGS.cluster.createDataTypeSelect(dataTypes, clusterPopId);
 220     var kNumId = solGS.cluster.clusterKnumSelectId(clusterPopId);
 221     var runClusterBtnId = solGS.cluster.getRunClusterBtnId(clusterPopId);
 222
 223     var kNum = '<input class="form-control" type="text" placeholder="3" id="' + kNumId + '"/>';
 224
 225     var clusterArgs = JSON.stringify(clusterPop);
 226
 227     var runClusterBtn =
 228       `<button type="button" id=${runClusterBtnId}` +
 229       ` class="btn btn-success" data-selected-pop='${clusterArgs}'>Run cluster</button>`;
 230
 231     if (dataStr.match(/dataset/)) {
 232       popName = `<a href="/dataset/${popId}">${popName}</a>`;
 233     }
 234     var rowData = [popName,
 235       dataStr, clusterPop.owner, clusterTypeOpts,
 236       dataTypeOpts, kNum, runClusterBtn, `${dataStr}_${popId}`];
 237
 238     return rowData;
 239   },
 240
 241   createTable: function (tableId) {
 242     var table =
 243       '<table class="table table-striped" id="' +
 244       tableId +
 245       '">' +
 246       "<thead>" +
 247       "<tr>" +
 248       "<th>Name</th>" +
 249       "<th>Data structure</th>" +
 250       "<th>Ownership</th>" +
 251       "<th>Clustering method</th>" +
 252       "<th>Data type</th>" +
 253       "<th>No. of  clusters (K)</th>" +
 254       "<th>Run cluster</th>" +
 255       "</tr>" +
 256       "</thead></table>";
 257
 258     return table;
 259   },
 260
 261   clusterResult: function (clusterArgs) {
 262     var clusterPopId = clusterArgs.cluster_pop_id;
 263     var clusterType = clusterArgs.cluster_type;
 264     var kNumber = clusterArgs.k_number;
 265     var dataType = clusterArgs.data_type;
 266     var selectionProp = clusterArgs.selection_proportion;
 267     var selectedId = clusterArgs.selected_id;
 268     var selectedName = clusterArgs.selected_name;
 269     var dataStr = clusterArgs.data_structure;
 270
 271     dataType = dataType.toLowerCase();
 272     clusterType = clusterType.toLowerCase();
 273     var protocolId = jQuery("#cluster_div #genotyping_protocol #genotyping_protocol_id").val();
 274
 275     if (!protocolId) {
 276       protocolId = solGS.genotypingProtocol.getGenotypingProtocolId("cluster_div");
 277     }
 278
 279     var trainingTraitsIds = jQuery("#training_traits_ids").val();
 280
 281     if (trainingTraitsIds) {
 282       trainingTraitsIds = trainingTraitsIds.split(",");
 283     }
 284
 285     if (!trainingTraitsIds) {
 286       var traitId = jQuery("#trait_id").val();
 287       trainingTraitsIds = [traitId];
 288     }
 289
 290     if (trainingTraitsIds == "") {
 291       trainingTraitsIds = [];
 292     }
 293
 294     var popDetails = solGS.getPopulationDetails();
 295     if (!popDetails) {
 296       popDetails = {};
 297     }
 298
 299     var popId;
 300     var popType;
 301     var popName;
 302
 303     var page = location.pathname;
 304     if (!page.match(/cluster\/analysis/)) {
 305       if (
 306         page.match(/solgs\/trait\/\d+\/population\/|solgs\/model\/combined\/populations\/|breeders\//)
 307       ) {
 308         popId = popDetails.training_pop_id;
 309         popName = popDetails.training_pop_name;
 310         popType = "training";
 311       } else if (page.match(/solgs\/selection\/|solgs\/model\/combined\/trials\//)) {
 312         popId = popDetails.selection_pop_id;
 313         popName = popDetails.selection_pop_name;
 314         popType = "selection";
 315       } else {
 316         popId = jQuery("#cluster_selected_pop_id").val();
 317         popType = jQuery("#cluster_selected_pop_type").val();
 318         popName = jQuery("#cluster_selected_pop_name").val();
 319
 320       }
 321     }
 322
 323     if (!selectedName) {
 324       selectedName = popName;
 325     }
 326
 327     if (!selectedId) {
 328       selectedId = popId;
 329     }
 330
 331     var validateArgs = {
 332       data_id: selectedId,
 333       data_structure: dataStr,
 334       data_type: dataType,
 335       selection_proportion: selectionProp,
 336       pop_type: popType,
 337     };
 338
 339     var message = this.validateClusterParams(validateArgs);
 340     var url = location.pathname;
 341
 342     var clusterMsgDiv = this.clusterMsgDiv;
 343
 344     if (message != undefined) {
 345       jQuery(clusterMsgDiv).html(message).show().fadeOut(9400);
 346     } else {
 347       if (url.match(/solgs\/models\/combined\/trials\//)) {
 348         if (popType.match(/training/)) {
 349           popDetails["combo_pops_id"] = popId;
 350         } else if (popType.match(/selection/)) {
 351           popDetails["selection_pop_id"] = popId;
 352         }
 353       }
 354
 355       var listId;
 356       var datasetId;
 357       var datasetName;
 358       var sIndexName;
 359
 360       if (String(selectedId).match(/list/)) {
 361         dataStr = "list";
 362       } else if (String(selectedId).match(/dataset/)) {
 363         dataStr = "dataset";
 364       }
 365
 366       if (dataStr == "list") {
 367         if (isNaN(selectedId)) {
 368           listId = selectedId.replace("list_", "");
 369         } else {
 370           listId = selectedId;
 371         }
 372       } else if (dataStr == "dataset") {
 373         if (isNaN(selectedId)) {
 374           datasetId = selectedId.replace("dataset_", "");
 375         } else {
 376           datasetId = selectedId;
 377         }
 378
 379         datasetName = selectedName;
 380       }
 381
 382       if (!clusterPopId) {
 383         if (url.match(/solgs\/trait\//)) {
 384           clusterPopId = popDetails.training_pop_id;
 385         } else if (url.match(/solgs\/selection\//)) {
 386           clusterPopId = popDetails.selection_pop_id;
 387         } else if (url.match(/combined/)) {
 388           clusterPopId = jQuery("#combo_pops_id").val();
 389         }
 390       }
 391
 392       if (popType == "selection_index") {
 393         sIndexName = selectedName;
 394       }
 395
 396       var traitsCode;
 397
 398       var page;
 399       var fileId = clusterPopId;
 400       if (location.pathname.match(/cluster\/analysis/)) {
 401         page =
 402           "/cluster/analysis/" +
 403           clusterPopId +
 404           "/ct/" +
 405           clusterType +
 406           "/dt/" +
 407           dataType +
 408           "/k/" +
 409           kNumber;
 410         if (dataType.match(/genotype/i)) {
 411           page = page + "/gp/" + protocolId;
 412         }
 413       } else {
 414         traitsCode = jQuery("#training_traits_code").val();
 415         if (
 416           popType.match(/selection/) &&
 417           location.pathname.match(/solgs\/traits\/all\/|solgs\/models\/combined\/trials\//)
 418         ) {
 419           popDetails["selection_pop_id"] = clusterPopId;
 420           fileId = popDetails.training_pop_id + "-" + clusterPopId;
 421         }
 422         if (sIndexName) {
 423           page =
 424             "/cluster/analysis/" +
 425             fileId +
 426             "/ct/" +
 427             clusterType +
 428             "/dt/" +
 429             sIndexName +
 430             "/k/" +
 431             kNumber;
 432         } else {
 433           page =
 434             "/cluster/analysis/" +
 435             fileId +
 436             "/ct/" +
 437             clusterType +
 438             "/dt/" +
 439             dataType +
 440             "/k/" +
 441             kNumber;
 442
 443           if (traitsCode) {
 444             page = page + "/traits/" + traitsCode;
 445           } else {
 446             page = page + "/traits/" + "undefined";
 447           }
 448
 449           if (selectionProp) {
 450             page = page + "/sp/" + selectionProp;
 451           } else {
 452             page = page + "/sp/" + "undefined";
 453           }
 454
 455           page = page + "/gp/" + protocolId;
 456         }
 457       }
 458       var clusterArgs = {
 459         training_pop_id: popDetails.training_pop_id,
 460         selection_pop_id: popDetails.selection_pop_id,
 461         combo_pops_id: popDetails.combo_pops_id,
 462         training_traits_ids: trainingTraitsIds,
 463         training_traits_code: traitsCode,
 464         cluster_pop_id: clusterPopId,
 465         list_id: listId,
 466         cluster_type: clusterType,
 467         data_structure: dataStr,
 468         dataset_id: datasetId,
 469         dataset_name: datasetName,
 470         data_type: dataType,
 471         k_number: kNumber,
 472         selection_proportion: selectionProp,
 473         sindex_name: sIndexName,
 474         cluster_pop_name: selectedName || "",
 475         genotyping_protocol_id: protocolId,
 476         analysis_type: "cluster analysis",
 477         analysis_page: page,
 478       };
 479
 480       return clusterArgs;
 481     }
 482   },
 483
 484   checkCachedCluster: function (page, args) {
 485     if (typeof args !== "string") {
 486       args = JSON.stringify(args);
 487     }
 488
 489     var checkCached = jQuery.ajax({
 490       type: "POST",
 491       dataType: "json",
 492       data: {
 493         page: page,
 494         arguments: args,
 495       },
 496       url: "/solgs/check/cached/result/",
 497     });
 498
 499     return checkCached;
 500
 501   },
 502
 503   runClusterAnalysis: function (clusterArgs) {
 504     var clusterPopId;
 505     if (typeof clusterArgs == "string") {
 506       clusterArgs = JSON.parse(clusterArgs);
 507       clusterType = clusterArgs.cluster_type;
 508       clusterPopId = clusterArgs.cluster_pop_id;
 509       runClusterBtnId = this.getRunClusterBtnId(clusterPopId);
 510     } else {
 511       clusterType = clusterArgs.cluster_type;
 512       clusterPopId = clusterArgs.cluster_pop_id;
 513       runClusterBtnId = this.getRunClusterBtnId(clusterPopId);
 514     }
 515
 516     if (typeof clusterArgs !== "string") {
 517       clusterArgs = JSON.stringify(clusterArgs);
 518     }
 519
 520     var runAnalysis = jQuery.ajax({
 521       type: "POST",
 522       dataType: "json",
 523       data: {
 524         arguments: clusterArgs,
 525       },
 526       url: "/run/cluster/analysis",
 527     });
 528
 529     return runAnalysis;
 530
 531   },
 532
 533   validateClusterParams: function (valArgs) {
 534     var popType = valArgs.pop_type;
 535     var dataType = valArgs.data_type;
 536     var selectionProp = valArgs.selection_proportion;
 537     var dataStr = valArgs.data_structure;
 538     var dataId = valArgs.data_id;
 539     var msg;
 540
 541     if (popType == "selection_index") {
 542       if (dataType.match(/phenotype/i) || dataType.match(/gebv/i)) {
 543         msg =
 544           "K-means clustering for selection index type" + " data works with genotype data only.";
 545       }
 546
 547       if (dataType.match(/genotype/i) != null && !selectionProp) {
 548         msg =
 549           "The selection proportion value is empty." +
 550           " You need to define the fraction of the" +
 551           " population you want to select.";
 552       }
 553     }
 554
 555     if (dataStr == "list") {
 556       var list = new CXGN.List();
 557
 558       if (isNaN(dataId)) {
 559         dataId = dataId.replace(/list_/, "");
 560       }
 561
 562       var listType = list.getListType(dataId);
 563
 564       if (listType == "accessions" && dataType.match(/phenotype/i)) {
 565         msg = "With list of clones, you can only cluster based on <em>genotype</em>.";
 566       }
 567
 568       if (listType == "plots" && dataType.match(/genotype/i)) {
 569         msg = "With list of plots, you can only cluster based on <em>phenotype</em>.";
 570       }
 571     }
 572
 573     return msg;
 574   },
 575
 576   createClusterDownloadLinks: function (res) {
 577     var popName = res.cluster_pop_name || "";
 578     var clusterPlotFileName = res.cluster_plot.split("/").pop();
 579     var plotType;
 580     var outFileType;
 581     var clustersFile;
 582     var elbowPlotFile;
 583     var kclusterMeansFile;
 584     var kclusterVariancesFile;
 585
 586     if (clusterPlotFileName.match(/k-means/i)) {
 587       plotType = "K-means plot";
 588       outFileType = "Clusters";
 589       clustersFile = res.kmeans_clusters;
 590       elbowPlotFile = res.elbow_plot;
 591       kclusterVariancesFile = res.kcluster_variances;
 592       kclusterMeansFile = res.kcluster_means;
 593     } else {
 594       plotType = "Dendrogram";
 595       outFileType = "Newick tree format";
 596       clustersFile = res.newick_file;
 597     }
 598
 599     var clustersFileName = clustersFile.split("/").pop();
 600     var clustersLink =
 601       '<a href="' + clustersFile + '" download=' + clustersFileName + '">' + outFileType + "</a>";
 602
 603     var elbowLink;
 604     var kclusterMeansLink;
 605     var kclusterVariancesLink;
 606
 607     if (elbowPlotFile) {
 608       var elbowFileName = elbowPlotFile.split("/").pop();
 609       elbowLink = '<a href="' + elbowPlotFile + '" download=' + elbowFileName + '">Elbow plot</a>';
 610
 611       if (kclusterMeansFile) {
 612         var kclusterMeansFileName = kclusterMeansFile.split("/").pop();
 613         kclusterMeansLink =
 614           '<a href="' +
 615           kclusterMeansFile +
 616           '" download=' +
 617           kclusterMeansFileName +
 618           '">Cluster means</a>';
 619       }
 620
 621       var kclusterVariancesFileName = kclusterVariancesFile.split("/").pop();
 622       kclusterVariancesLink =
 623         '<a href="' +
 624         kclusterVariancesFile +
 625         '" download=' +
 626         kclusterVariancesFileName +
 627         '">Cluster variances </a>';
 628     }
 629
 630     var reportFile = res.cluster_report;
 631     var reportFileName = reportFile.split("/").pop();
 632     var dataType = res.data_type;
 633     var reportLink =
 634       '<a href="' + reportFile + '" download=' + reportFileName + '">Analysis Report </a>';
 635
 636     var downloadLinks = `<strong>Download
 637       ${popName} (${dataType})</strong>:
 638       ${clustersLink} |
 639       ${reportLink}`;
 640
 641     if (elbowPlotFile) {
 642       if (kclusterMeansLink) {
 643         downloadLinks += " | " + kclusterMeansLink;
 644       }
 645
 646       downloadLinks += " | " + kclusterVariancesLink + " | " + elbowLink;
 647     }
 648
 649     var clusterPlotDiv = this.clusterPlotDiv.replace(/#/, '');
 650     var plotId = res.file_id;;
 651     var clusterDownloadLinkId = `download_${clusterPlotDiv}_${plotId}`;
 652     var clusterPlotDownload =
 653       `<a href='#'  onclick='event.preventDefault();' id='${clusterDownloadLinkId}'>Cluster plot</a>`;
 654
 655     downloadLinks += " | " + clusterPlotDownload;
 656
 657     return downloadLinks;
 658   },
 659
 660   displayStaticPlot: function(res, downloadLinks) {
 661       var imageId = res.plot_name;
 662       imageId = 'id="' + imageId + '"';
 663       var plot = "<img " + imageId + ' src="' + res.cluster_plot + '">';
 664
 665       jQuery("#cluster_plot").prepend('<p style="margin-top: 20px">' + downloadLinks + "</p>");
 666       jQuery("#cluster_plot").prepend(plot);
 667       //     // solGS.dendrogram.plot(res.json_data, '#cluster_canvas', '#cluster_plot', downloadLinks)
 668     },
 669
 670
 671   displayClusterOutput: function (res) {
 672     var downloadLinks = this.createClusterDownloadLinks(res);
 673
 674     if (res.cluster_type.match(/k-means/i)) {
 675       this.plotCluster(res, downloadLinks)
 676     } else {
 677       this.displayStaticPlot(res, downloadLinks);
 678     }
 679
 680   },
 681
 682   getClusterPopsTable: function (tableId) {
 683     var clusterTable = this.createTable(tableId);
 684     return clusterTable;
 685   },
 686
 687   runCluster: function (selectedId, selectedName, dataStr) {
 688     var clusterPopId = this.getClusterPopId(selectedId, dataStr);
 689     var clusterOpts = solGS.cluster.clusteringOptions(clusterPopId);
 690     var clusterType = clusterOpts.cluster_type || "k-means";
 691     var kNumber = clusterOpts.k_number || 3;
 692     var dataType = clusterOpts.data_type || "genotype";
 693
 694     var clusterArgs = {
 695       selected_id: selectedId,
 696       selected_name: selectedName,
 697       data_structure: dataStr,
 698       cluster_pop_id: clusterPopId,
 699       cluster_type: clusterType,
 700       data_type: dataType,
 701       k_number: kNumber,
 702     };
 703
 704     this.clusterResult(clusterArgs);
 705   },
 706
 707   clusteringOptions: function (clusterPopId) {
 708     var clusterTypeId = this.clusterTypeSelectId(clusterPopId);
 709     var kNumId = this.clusterKnumSelectId(clusterPopId);
 710     var dataTypeId = this.clusterDataTypeSelectId(clusterPopId);
 711     var selectionPropId = this.clusterSelPropSelectId(clusterPopId);
 712
 713     var dataType = jQuery("#" + dataTypeId).val() || "genotype";
 714     var clusterType = jQuery("#" + clusterTypeId).val() || "k-means";
 715     var kNumber = jQuery("#" + kNumId).val() || 3;
 716     var selectionProp = jQuery("#" + selectionPropId).val();
 717
 718     if (typeof kNumber === "string") {
 719       kNumber = kNumber.replace(/\s+/g, "");
 720     }
 721
 722     if (selectionProp) {
 723       selectionProp = selectionProp.replace(/%/, "");
 724       selectionProp = selectionProp.replace(/\s+/g, "");
 725     }
 726
 727     return {
 728       data_type: dataType,
 729       cluster_type: clusterType,
 730       k_number: kNumber,
 731       selection_proportion: selectionProp,
 732     };
 733   },
 734
 735
 736   displayClusterPopsTable: function (tableId, data) {
 737
 738     var table = jQuery(`#${tableId}`).DataTable({
 739       'searching': true,
 740       'ordering': true,
 741       'processing': true,
 742       'paging': true,
 743       'info': false,
 744       'pageLength': 5,
 745       'rowId': function (a) {
 746         return a[7]
 747       }
 748     });
 749
 750     table.rows.add(data).draw();
 751
 752   },
 753
 754
 755   getClusterPopsRows: function(clusterPops) {
 756
 757     var clusterPopsRows = [];
 758
 759     for (var i = 0; i < clusterPops.length; i++) {
 760       if (clusterPops[i]) {
 761         var clusterPopRow = this.createRowElements(clusterPops[i]);
 762         clusterPopsRows.push(clusterPopRow);
 763       }
 764     }
 765
 766     return clusterPopsRows;
 767
 768   },
 769
 770   getClusterPops: function () {
 771     var list = new solGSList();
 772     var lists = list.getLists(["accessions", "plots", "trials"]);
 773     lists = list.addDataStrAttr(lists);
 774     lists = list.addDataTypeAttr(lists);
 775
 776     var datasets = solGS.dataset.getDatasetPops(["accessions", "trials"]);
 777     datasets = solGS.dataset.addDataTypeAttr(datasets);
 778     clusterPops = [lists, datasets];
 779
 780     return clusterPops.flat();
 781
 782   },
 783
 784
 785   getSelectedPopClusterArgs: function (runClusterElemId) {
 786     var clusterArgs;
 787
 788     var selectedPopDiv = document.getElementById(runClusterElemId);
 789     if (selectedPopDiv) {
 790       var selectedPopData = selectedPopDiv.dataset;
 791
 792       clusterArgs = JSON.parse(selectedPopData.selectedPop);
 793       var clusterPopId = clusterArgs.data_str + "_" + clusterArgs.id;
 794
 795       var protocolId = solGS.genotypingProtocol.getGenotypingProtocolId("cluster_div");
 796
 797       clusterArgs["analysis_type"] = "cluster analysis";
 798       clusterArgs["genotyping_protocol_id"] = protocolId;
 799       clusterArgs["cluster_pop_id"] = clusterPopId;
 800       clusterArgs["data_structure"] = clusterArgs.data_str;
 801     }
 802
 803     return clusterArgs;
 804   },
 805
 806   populateClusterMenu: function (newPop) {
 807     var modelData = solGS.selectMenuModelArgs();
 808     var clusterPops = [modelData];
 809
 810     if (modelData.id.match(/list/) == null) {
 811       var trialSelPopsList = solGS.selectionPopulation.getPredictedTrialTypeSelectionPops();
 812       if (trialSelPopsList) {
 813         clusterPops.push(trialSelPopsList);
 814       }
 815     }
 816
 817     var menu = new SelectMenu(this.clusterPopsDiv, this.clusterPopsSelectMenuId);
 818
 819     if (newPop){
 820         menu.updateOptions(newPop);
 821     } else {
 822       menu.populateMenu(clusterPops);
 823     }
 824
 825   },
 826
 827   cleanupFeedback: function(canvasId, runBtnId, msgDiv, message) {
 828     jQuery(`${canvasId} .multi-spinner-container`).hide();
 829     jQuery(runBtnId).show();
 830
 831     jQuery(msgDiv).empty();
 832
 833     if (message) {
 834       jQuery(msgDiv).html(message);
 835     }
 836
 837   },
 838
 839   plotCluster: function (plotData, downloadLinks) {
 840     var scores = plotData.pc_scores_groups;
 841
 842     var pc12 = [];
 843     var pc1 = [];
 844     var pc2 = [];
 845     var groups = [];
 846
 847     jQuery.each(scores, function (i, pc) {
 848       pc12.push([
 849         {
 850           name: pc[0],
 851           group: pc[1],
 852           pc1: parseFloat(pc[2]),
 853           pc2: parseFloat(pc[3]),
 854         },
 855       ]);
 856
 857       pc1.push(parseFloat(pc[2]));
 858       pc2.push(parseFloat(pc[3]));
 859
 860       if (!groups.includes(pc[1])) {
 861         groups.push(pc[1]);
 862       }
 863     });
 864
 865     var groupsNames = groups;
 866
 867     var height = 400;
 868     var width = 400;
 869     var pad = {
 870       left: 60,
 871       top: 20,
 872       right: 40,
 873       bottom: 20,
 874     };
 875
 876     var totalH = height + pad.top + pad.bottom + 100;
 877     var totalW = width + pad.left + pad.right + 400;
 878
 879     var clusterCanvasDivId = this.canvas;
 880     var clusterPlotPopId = plotData.file_id;
 881     var clusterPlotDivId = `${this.clusterPlotDiv}_${clusterPlotPopId}`;
 882     clusterPlotDivId = clusterPlotDivId.replace(/#/, "");
 883
 884     jQuery(clusterCanvasDivId).append("<div id=" + clusterPlotDivId + "></div>");
 885     clusterPlotDivId = "#" + clusterPlotDivId;
 886
 887     var svg = d3
 888       .select(clusterPlotDivId)
 889       .insert("svg", ":first-child")
 890       .attr("width", totalW)
 891       .attr("height", totalH);
 892
 893     var clusterPlot = svg.append("g")
 894       .attr("id", clusterPlotDivId)
 895       .attr("transform", "translate(0,0)");
 896
 897     var pc1Min = d3.min(pc1);
 898     var pc1Max = d3.max(pc1);
 899
 900     var pc1Limits = d3.max([Math.abs(d3.min(pc1)), d3.max(pc1)]);
 901     var pc2Limits = d3.max([Math.abs(d3.min(pc2)), d3.max(pc2)]);
 902
 903     var pc1AxisScale = d3.scaleLinear().domain([0, pc1Limits]).range([0, width / 2]);
 904     var pc2AxisScale = d3.scaleLinear().domain([0, pc2Limits]).range([0, height / 2]);
 905
 906     var pc1AxisLabel = d3.scaleLinear().domain([-1 * pc1Limits, pc1Limits]).range([0, width]);
 907     var pc2AxisLabel = d3.scaleLinear().domain([-1 * pc2Limits, pc2Limits]).range([height, 0]);
 908
 909     var pc1Axis = d3.axisBottom(pc1AxisLabel).tickSize(3);
 910     var pc2Axis = d3.axisLeft(pc2AxisLabel).tickSize(3);
 911
 912     var nudgeVal = 15;
 913     var axesLabelColor = "green";
 914     var labelFs = 12;
 915     var yAxisHeight = pad.top + height + nudgeVal;
 916
 917     clusterPlot
 918       .append("g")
 919       .attr("class", "PC1 axis")
 920       .attr("transform", "translate(" + pad.left + "," + yAxisHeight + ")")
 921       .call(pc1Axis)
 922       .selectAll("text")
 923       .attr("y", 0)
 924       .attr("x", 15)
 925       .attr("dy", ".1em")
 926       .attr("transform", "rotate(90)")
 927       .attr("fill", axesLabelColor)
 928       .style("text-anchor", "start")
 929       .style("fill", axesLabelColor);
 930
 931     clusterPlot
 932       .append("g")
 933       .attr("class", "PC2 axis")
 934       .attr("transform", "translate(" + pad.left + "," + pad.top + ")")
 935       .call(pc2Axis)
 936       .selectAll("text")
 937       .attr("y", 0)
 938       .attr("x", -10)
 939       .style("fill", axesLabelColor);
 940
 941     var grpColor = d3.scaleOrdinal(d3.schemeCategory10);
 942
 943     clusterPlot.append("g")
 944       .selectAll("circle")
 945       .data(pc12)
 946       .enter()
 947       .append("circle")
 948       .style("fill", function (d) {
 949         return grpColor(groups.indexOf(d[0].group));
 950       })
 951       .attr("r", 3)
 952       .attr("cx", function (d) {
 953         var xVal = d[0].pc1;
 954         if (xVal >= 0) {
 955           return pad.left + width / 2 + pc1AxisScale(xVal);
 956         } else {
 957           return pad.left + width / 2 - -1 * pc1AxisScale(xVal);
 958         }
 959       })
 960       .attr("cy", function (d) {
 961         var yVal = d[0].pc2;
 962         if (yVal >= 0) {
 963           return pad.top + height / 2 - pc2AxisScale(yVal);
 964         } else {
 965           return pad.top + height / 2 + -1 * pc2AxisScale(yVal);
 966         }
 967       })
 968       .on("mouseover", function (d) {
 969         d3.select(this).attr("r", 5).style("fill", axesLabelColor);
 970         clusterPlot
 971         .data(d)
 972           .append("text")
 973           .attr("id", "dLabel")
 974           .style("fill", function(d){
 975             return grpColor(groups.indexOf(d.group)); })
 976           .text(d[0].name + "(" + d[0].pc1 + "," + d[0].pc2 + ")")
 977           .attr("x", width + pad.left + 2 * nudgeVal)
 978           .attr("y", height - 0.1 * height);
 979       })
 980       .on("mouseout", function (d) {
 981         d3.select(this)
 982           .attr("r", 3)
 983           .style("fill", function (d) {
 984             return grpColor(groups.indexOf(d[0].group));
 985           });
 986         d3.selectAll("text#dLabel").remove();
 987       });
 988
 989     clusterPlot
 990       .append("rect")
 991       .attr("transform", "translate(" + pad.left + "," + pad.top + ")")
 992       .attr("height", height + nudgeVal)
 993       .attr("width", width + nudgeVal)
 994       .attr("fill", "none")
 995       .attr("stroke", "#523CB5")
 996       .attr("stroke-width", 1)
 997       .attr("pointer-events", "none");
 998
 999     var popName = "";
1000     if (plotData.list_name) {
1001       popName = plotData.list_name;
1002     }
1003
1004     if (downloadLinks) {
1005       jQuery(clusterPlotDivId).append('<p style="margin-left: 40px">' + downloadLinks + "</p>");
1006     }
1007
1008     if (groupsNames && Object.keys(groupsNames).length > 1) {
1009       var recLH = 20;
1010       var recLW = 20;
1011       var legendXOrig = pad.left + 2 * nudgeVal + width;
1012       var legendYOrig = height * 0.25;
1013       var legendValues = groups;
1014
1015       clusterPlot
1016       .append("g")
1017       .attr("class", "cell")
1018       .attr("transform", "translate(" + legendXOrig + "," + legendYOrig + ")")
1019       .append("text")
1020       .text("Clusters")
1021       .attr("x", 0)
1022       .attr("y", 15)
1023       .style("font-size",'12px')
1024       .style("fill", axesLabelColor);
1025
1026      clusterPlot
1027         .append("g")
1028         .attr("class", "cell")
1029         .attr("transform", "translate(" + legendXOrig + "," + legendYOrig + ")")
1030         .attr("height", 100)
1031         .attr("width", 100)
1032         .selectAll("rect")
1033         .data(legendValues)
1034         .enter()
1035         .append("rect")
1036         .attr("x", function (d) {
1037           return 1;
1038         })
1039         .attr("y", function (d) {
1040           return 1 + d * recLH + d * 5;
1041         })
1042         .attr("width", recLH)
1043         .attr("height", recLW)
1044         .style("stroke", "black")
1045         .style("fill", function (d) {
1046           return grpColor(groups.indexOf(d));
1047         });
1048
1049    clusterPlot
1050         .append("g")
1051         .attr(
1052           "transform",
1053           "translate(" + (legendXOrig + 30) + "," + (legendYOrig + 0.5 * recLW) + ")"
1054         )
1055         .attr("id", "legendtext")
1056         .selectAll("text")
1057         .data(legendValues)
1058         .enter()
1059         .append("text")
1060         .attr("fill", "#523CB5")
1061         .style("fill", "#523CB5")
1062         .attr("x", 1)
1063         .attr("y", function (d) {
1064           return 1 + d[0] * recLH + d[0] * 5;
1065         })
1066         .text(function (d) {
1067           return d;
1068         })
1069         .attr("dominant-baseline", "middle")
1070         .attr("text-anchor", "start");
1071     }
1072
1073   },
1074 };
1075
1076 jQuery.fn.doesExist = function () {
1077   return jQuery(this).length > 0;
1078 };
1079
1080 jQuery(document).ready(function () {
1081   var url = location.pathname;
1082
1083   if (url.match(/cluster\/analysis/)) {
1084     var canvas = solGS.cluster.canvas;
1085     var clusterMsgDiv = solGS.cluster.clusterMsgDiv;
1086
1087     var clusterArgs = solGS.cluster.getClusterArgsFromUrl();
1088     var clusterPopId = clusterArgs.cluster_pop_id;
1089
1090     if (clusterPopId) {
1091       jQuery(clusterMsgDiv).text("Running cluster... please wait...it may take minutes.").show();
1092       jQuery(`${canvas} .multi-spinner-container`).show();
1093
1094       solGS.cluster.checkCachedCluster(url, clusterArgs).done(function (res) {
1095         if (res.result == "success") {
1096           solGS.cluster.displayClusterOutput(res);
1097
1098           jQuery(clusterMsgDiv).empty();
1099           jQuery(`${canvas} .multi-spinner-container`).hide();
1100         }
1101       });
1102     }
1103   }
1104
1105 });
1106
1107 jQuery(document).ready(function () {
1108   var canvas = solGS.cluster.canvas;
1109
1110   jQuery(canvas).on("click", "a", function (e) {
1111     var linkId = e.target.id;
1112     var clusterPlotId = linkId.replace(/download_/, "");
1113
1114     if (clusterPlotId.match(/cluster_plot_/)) {
1115       saveSvgAsPng(document.getElementById(`#${clusterPlotId}`), `${clusterPlotId}.png`, { scale: 2});
1116     }
1117   });
1118
1119 });
1120
1121 jQuery(document).ready(function () {
1122   jQuery("#cluster_div").on("change", "#cluster_type_opts", function () {
1123     var rowId = jQuery(this).closest("tr").attr("id");
1124
1125     var clusterTypeId = solGS.cluster.clusterTypeSelectId(rowId);
1126     var kNumId = solGS.cluster.clusterKnumSelectId(rowId);
1127     var clusterType = jQuery("#" + clusterTypeId).val();
1128     if (clusterType.match(/hierarchical/i)) {
1129       jQuery("#k_number_div").hide();
1130       jQuery("#" + kNumId).prop("disabled", true);
1131     } else {
1132       jQuery("#k_number_div").show();
1133       jQuery("#" + kNumId).prop("disabled", false);
1134     }
1135   });
1136 });
1137
1138 jQuery(document).ready(function () {
1139
1140   jQuery("#cluster_div").on("change", "#cluster_selected_pop", function () {
1141     var rowId = jQuery(this).closest("tr").attr("id");
1142
1143     var popType = jQuery("#cluster_selected_pop_type").val();
1144     var clusterTypeId = solGS.cluster.clusterTypeSelectId(rowId);
1145
1146     var clusterDataType = jQuery("#" + clusterDataTypeId).val();
1147   });
1148 });
1149
1150 jQuery(document).ready(function () {
1151   jQuery("#cluster_div").on("click", function (e) {
1152     var runClusterBtnId = e.target.id;
1153     if (runClusterBtnId.match(/run_cluster/)) {
1154       jQuery(clusterMsgDiv).text("Running cluster... please wait...it may take minutes.").show();
1155
1156       jQuery(`${canvas} .multi-spinner-container`).show();
1157
1158       var canvas = solGS.cluster.canvas;
1159       var clusterMsgDiv = solGS.cluster.clusterMsgDiv;
1160       var runClusterBtnId;
1161       var popType;
1162       var page = location.pathname;
1163       var selectedId, selectedName, dataStr;
1164       if (page.match(/cluster\/analysis/)) {
1165         var clusterArgs = solGS.cluster.getSelectedPopClusterArgs(runClusterBtnId);
1166         selectedId = clusterArgs.id;
1167         selectedName = clusterArgs.name;
1168         dataStr = clusterArgs.data_str;
1169
1170       } else if (page.match(/breeders\/trial\//)) {
1171         selectedId = jQuery("#trial_id").val();
1172         selectedName = jQuery("#trial_name").val();
1173       } else {
1174         selectedId = jQuery("#cluster_selected_pop_id").val();
1175         selectedName = jQuery("#cluster_selected_pop_name").val();
1176         var popType = jQuery("#cluster_selected_pop_type").val();
1177
1178         if (popType) {
1179           if (popType.match(/list/)) {
1180             dataStr = "list";
1181           } else if (popType.match(/dataset/)) {
1182             dataStr = "dataset";
1183           }
1184         }
1185       }
1186
1187       var clusterOptsId = "cluster_options";
1188       var clusterPopId = solGS.cluster.getClusterPopId(selectedId, dataStr);
1189       var clusterOpts = solGS.cluster.clusteringOptions(clusterPopId);
1190
1191       var clusterArgs = {
1192         selected_id: selectedId,
1193         selected_name: selectedName,
1194         data_structure: dataStr,
1195         cluster_pop_id: clusterPopId,
1196         cluster_type: clusterOpts.cluster_type,
1197         data_type: clusterOpts.data_type,
1198         k_number: clusterOpts.k_number,
1199         selection_proportion: clusterOpts.selection_proportion,
1200       };
1201
1202       clusterArgs = solGS.cluster.clusterResult(clusterArgs);
1203       runClusterBtnId = solGS.cluster.getRunClusterBtnId(clusterPopId);
1204       var page = clusterArgs.analysis_page;
1205
1206       runClusterBtnId = `#${runClusterBtnId}`;
1207       solGS.cluster
1208         .checkCachedCluster(page, clusterArgs)
1209         .done(function (res) {
1210           if (res.result == "success") {
1211             solGS.cluster.cleanupFeedback(canvas, runClusterBtnId, clusterMsgDiv);
1212             solGS.cluster.displayClusterOutput(res);
1213           } else {
1214             jQuery(`${canvas} .multi-spinner-container`).hide();
1215             jQuery(clusterMsgDiv).empty();
1216             var title =
1217               "<p>This analysis may take a long time. " +
1218               "Do you want to submit the analysis and get an email when it completes?</p>";
1219
1220             var jobSubmit = '<div id= "cluster_submit">' + title + "</div>";
1221
1222             jQuery(jobSubmit).appendTo("body");
1223
1224             jQuery("#cluster_submit").dialog({
1225               height: "auto",
1226               width: "auto",
1227               modal: true,
1228               title: "cluster job submission",
1229               buttons: {
1230                 OK: {
1231                   text: "Yes",
1232                   class: "btn btn-success",
1233                   id: "queue_job",
1234                   click: function () {
1235                     jQuery(this).dialog("close");
1236                     solGS.submitJob.checkUserLogin(page, clusterArgs);
1237                   },
1238                 },
1239
1240                 No: {
1241                   text: "No, I will wait till it completes.",
1242                   class: "btn btn-warning",
1243                   id: "no_queue",
1244                   click: function () {
1245                     jQuery(this).dialog("close");
1246
1247                     jQuery(runClusterBtnId).hide();
1248                     jQuery(clusterMsgDiv)
1249                       .text("Running cluster... please wait...it may take minutes.")
1250                       .show();
1251                     jQuery(`${canvas} .multi-spinner-container`).show();
1252
1253                     solGS.cluster
1254                       .runClusterAnalysis(clusterArgs)
1255                       .done(function (res) {
1256                         if (res.result == "success") {
1257                           if (res.pc_scores_groups) {
1258                             solGS.cluster.cleanupFeedback(canvas, runClusterBtnId, clusterMsgDiv )
1259                             solGS.cluster.displayClusterOutput(res);
1260                           } else {
1261                             var msg = "There is no cluster groups data to plot. " +
1262                             "The R clustering script did not write cluster results to output files.";
1263
1264                             solGS.cluster.cleanupFeedback(canvas, runClusterBtnId, clusterMsgDiv, msg);
1265                           }
1266                         } else {
1267                           var msg = "Error occured running the clustering. Possibly the R script failed.";
1268                           solGS.cluster.cleanupFeedback(canvas, runClusterBtnId, clusterMsgDiv, msg);
1269                         }
1270                       })
1271                       .fail(function () {
1272                         var msg = "Error occured running the clustering";
1273                         solGS.cluster.cleanupFeedback(canvas, runClusterBtnId, clusterMsgDiv, msg);
1274                       });
1275                   },
1276                 },
1277
1278                 Cancel: {
1279                   text: "Cancel",
1280                   class: "btn btn-info",
1281                   id: "cancel_queue_info",
1282                   click: function () {
1283                     jQuery(this).dialog("close");
1284                     jQuery(runClusterBtnId).show();
1285                   },
1286                 },
1287               },
1288             });
1289           }
1290         })
1291         .fail(function () { });
1292     }
1293   });
1294 });
1295
1296 jQuery(document).ready(function () {
1297   var page = location.pathname;
1298
1299   if (page.match(/solgs\/traits\/all\/|solgs\/models\/combined\/trials\//)) {
1300     setTimeout(function () {
1301       solGS.cluster.populateClusterMenu();
1302     }, 5000);
1303
1304     var dataTypeOpts = solGS.cluster.getDataTypeOpts();
1305
1306     dataTypeOpts = solGS.cluster.createDataTypeSelect(dataTypeOpts);
1307     var clusterTypeOpts = solGS.cluster.createClusterTypeSelect();
1308
1309     jQuery(document).ready(checkClusterPop);
1310
1311     function checkClusterPop() {
1312       if (jQuery("#cluster_div #cluster_pops_select_div").is(":visible")) {
1313         jQuery("#cluster_div #cluster_options #cluster_data_type_opts").html(dataTypeOpts);
1314         jQuery("#cluster_div #cluster_options #cluster_type_opts").html(clusterTypeOpts);
1315         jQuery("#cluster_div #cluster_options").show();
1316       } else {
1317         setTimeout(checkClusterPop, 6000);
1318       }
1319     }
1320   } else {
1321     if (!page.match(/cluster\/analysis/)) {
1322       var dataTypeOpts = solGS.cluster.getDataTypeOpts();
1323       dataTypeOpts = solGS.cluster.createDataTypeSelect(dataTypeOpts);
1324       var clusterTypeOpts = solGS.cluster.createClusterTypeSelect();
1325
1326       jQuery("#cluster_div #cluster_options #cluster_data_type_opts").html(dataTypeOpts);
1327       jQuery("#cluster_div #cluster_options #cluster_type_opts").html(clusterTypeOpts);
1328       jQuery("#cluster_div #cluster_options").show();
1329     }
1330   }
1331 });
1332
1333 jQuery(document).ready(function () {
1334
1335   if (!location.pathname.match(/cluster\/analysis/)) {
1336     var clusterPopsDiv = solGS.cluster.clusterPopsDiv;
1337
1338     jQuery(clusterPopsDiv).on("change", function () {
1339       var selectedPop = jQuery("option:selected", this).data("pop");
1340
1341       var selectedPopId = selectedPop.id;
1342       var selectedPopName = selectedPop.name;
1343       var selectedPopType = selectedPop.type || selectedPop.pop_type;
1344
1345       var dataTypeId = solGS.cluster.clusterDataTypeSelectId(selectedPopId);
1346       var dataType = jQuery("#" + dataTypeId).val();
1347
1348       jQuery("#cluster_selected_pop_name").val(selectedPopName);
1349       jQuery("#cluster_selected_pop_id").val(selectedPopId);
1350       jQuery("#cluster_selected_pop_type").val(selectedPopType);
1351
1352       var dataTypeOpts = solGS.cluster.getDataTypeOpts(selectedPop);
1353
1354       dataTypeOpts = solGS.cluster.createDataTypeSelect(dataTypeOpts, selectedPopId);
1355       jQuery("#cluster_div #cluster_options #cluster_data_type_opts").html(dataTypeOpts);
1356
1357       if (selectedPopType.match(/selection_index/) && dataType.match(/Genotype/i)) {
1358         jQuery("#cluster_div #cluster_options #selection_proportion_div").show();
1359       } else {
1360         jQuery("#cluster_div #cluster_options #selection_proportion_div").hide();
1361       }
1362
1363     });
1364   }
1365 });
1366
1367
1368 jQuery(document).ready(function () {
1369   if (location.pathname.match(/cluster\/analysis/)) {
1370
1371     clusterPopsDataDiv = solGS.cluster.clusterPopsDataDiv;
1372     var tableId = 'cluster_pops_table';
1373     var clusterPopsTable = solGS.cluster.createTable(tableId)
1374     jQuery(clusterPopsDataDiv).append(clusterPopsTable).show();
1375
1376     var clusterPops = solGS.cluster.getClusterPops()
1377     var clusterPopsRows = solGS.cluster.getClusterPopsRows(clusterPops);
1378
1379     solGS.cluster.displayClusterPopsTable(tableId, clusterPopsRows)
1380
1381     jQuery("#add_new_pops").show();
1382
1383   }
1384 });