js/source/legacy/solGS/download.js

   1 /**
   2  * solGS prediction raw, model input downloads
   3  * Isaak Y Tecle <iyt2@cornell.edu>
   4  *
   5  */
   6
   7 var solGS = solGS || function solGS() {};
   8
   9 solGS.download = {
  10   getTrainingPopRawDataFiles: function () {
  11     var args = solGS.getTrainingPopArgs();
  12     args = JSON.stringify(args);
  13
  14     var popDataReq = jQuery.ajax({
  15       type: "POST",
  16       dataType: "json",
  17       data: {
  18         arguments: args,
  19       },
  20       url: "/solgs/download/training/pop/data",
  21     });
  22
  23     return popDataReq;
  24   },
  25
  26   getSelectionPopRawDataFiles: function () {
  27     var args = solGS.getSelectionPopArgs();
  28     args = JSON.stringify(args);
  29
  30     var popDataReq = jQuery.ajax({
  31       type: "POST",
  32       dataType: "json",
  33       data: {
  34         arguments: args,
  35       },
  36       url: "/solgs/download/selection/pop/data",
  37     });
  38
  39     return popDataReq;
  40   },
  41
  42
  43   getTraitsAcronymFile: function () {
  44     var args = solGS.getTrainingPopArgs();
  45     args = JSON.stringify(args);
  46
  47     var popDataReq = jQuery.ajax({
  48       type: "POST",
  49       dataType: "json",
  50       data: {
  51         arguments: args,
  52       },
  53       url: "/solgs/download/traits/acronym",
  54     });
  55
  56     return popDataReq;
  57   },
  58
  59   createTrainingPopDownloadLinks: function (res) {
  60     var genoFiles = res.training_pop_raw_geno_file;
  61     var phenoFiles = res.training_pop_raw_pheno_file;
  62     var genoFileLink = '';
  63     var cnt = 1;
  64
  65     genoFiles.forEach(function(genoFile) {
  66       var genoFileName = genoFile.split("/").pop();
  67       var genoTxt =  "Genotype data";
  68        if (genoFiles.length > 1) { genoTxt =  genoTxt + "-"  + cnt};
  69        if ( cnt > 1) { genoFileLink += ' | '};
  70
  71       genoFileLink +=
  72         '<a href="' + genoFile + '" download=' + genoFileName + '">' + genoTxt + "</a>";
  73
  74         cnt++;
  75     })
  76
  77     var phenoFileLink = '';
  78     var cnt = 1;
  79
  80     phenoFiles.forEach(function(phenoFile) {
  81       var phenoFileName = phenoFile.split("/").pop();
  82       var phenoTxt =  "Phenotype data";
  83       if (phenoFiles.length > 1) { phenoTxt =  phenoTxt + "-"  + cnt};
  84       if ( cnt > 1) { phenoFileLink += ' | '};
  85
  86       phenoFileLink +=
  87         '<a href="' + phenoFile + '" download=' + phenoFileName + '">' + phenoTxt + "</a>";
  88
  89         cnt++;
  90     })
  91
  92     var traitsAcronymLink = this.createTraitsAcronymLinks(res);
  93
  94     var downloadLinks =
  95       " <strong>Download training population</strong>: " +
  96       genoFileLink +
  97       " | " +
  98       phenoFileLink + " | " + traitsAcronymLink;
  99
 100     jQuery("#training_pop_download").prepend(
 101       '<p style="margin-top: 20px">' + downloadLinks + "</p>"
 102     );
 103   },
 104
 105
 106   createTraitsAcronymLinks: function (res) {
 107     var acronymFile = res.traits_acronym_file;
 108
 109     var acronymFileName = acronymFile.split("/").pop();
 110     var acronymFileLink =
 111       '<a href="' + acronymFile + '" download=' + acronymFileName + '">' + "Traits acronyms" + "</a>";
 112
 113     return acronymFileLink;
 114
 115   },
 116
 117   createSelectionPopDownloadLinks: function (res) {
 118     var genoFile = res.selection_pop_filtered_geno_file;
 119     var reportFile = res.selection_prediction_report_file;
 120
 121     var genoFileName = genoFile.split("/").pop();
 122     var genoFileLink =
 123     '<a href="' + genoFile + '" download=' + genoFileName + '">' + "Genotype data" + "</a>";
 124
 125     var reportFileName = reportFile.split("/").pop();
 126     var reportFileLink =
 127       '<a href="' + reportFile + '" download=' + reportFileName + '">' + "Analysis log" + "</a>";
 128
 129     var downloadLinks =
 130       " <strong>Download selection population</strong>: " +
 131       genoFileLink + ' | ' + reportFileLink;
 132
 133     jQuery("#selection_pop_download").prepend(
 134       '<p style="margin-top: 20px">' + downloadLinks + "</p>"
 135     );
 136   },
 137
 138   getModelInputDataFiles: function () {
 139     var args = solGS.getModelArgs();
 140     args = JSON.stringify(args);
 141
 142     var modelInputReq = jQuery.ajax({
 143       type: "POST",
 144       dataType: "json",
 145       data: {
 146         arguments: args,
 147       },
 148       url: "/solgs/download/model/input/data",
 149     });
 150
 151     return modelInputReq;
 152   },
 153
 154   createModelInputDownloadLinks: function (res) {
 155     var genoFile = res.model_geno_data_file;
 156     var phenoFile = res.model_pheno_data_file;
 157     var logFile = res.model_analysis_report_file;
 158
 159     console.log("geno file: " + genoFile);
 160     console.log("pheno file: " + phenoFile);
 161     console.log("log file: " + logFile);
 162
 163     var genoFileName = genoFile.split("/").pop();
 164     var genoFileLink =
 165       '<a href="' + genoFile + '" download=' + genoFileName + '">' + "Genotype data" + "</a>";
 166
 167     var phenoFileName = phenoFile.split("/").pop();
 168     var phenoFileLink =
 169       '<a href="' + phenoFile + '" download=' + phenoFileName + '">' + "Phenotype data" + "</a>";
 170
 171     var logFileName = logFile.split("/").pop();
 172       var logFileLink =
 173       '<a href="' + logFile + '" download=' + logFileName + '">' + "Analysis log" + "</a>";
 174     var downloadLinks =
 175       " <strong>Download model</strong>: " + genoFileLink + " | " + phenoFileLink  + " | " + logFileLink;
 176
 177     jQuery("#model_input_data_download").prepend(
 178       '<p style="margin-top: 20px">' + downloadLinks + "</p>"
 179     );
 180   },
 181
 182   getValidationFile: function () {
 183     var args = solGS.getModelArgs();
 184     args = JSON.stringify(args);
 185
 186     var valDataReq = jQuery.ajax({
 187       type: "POST",
 188       dataType: "json",
 189       data: {
 190         arguments: args,
 191       },
 192       url: "/solgs/download/model/validation",
 193     });
 194
 195     return valDataReq;
 196   },
 197
 198   createValidationDownloadLink: function (res) {
 199     var valFileName = res.validation_file.split("/").pop();
 200     var valFileLink =
 201       '<a href="' +
 202       res.validation_file +
 203       '" download=' +
 204       valFileName +
 205       '">' +
 206       "Download model accuracy" +
 207       "</a>";
 208
 209     jQuery("#validation_download").prepend('<p style="margin-top: 20px">' + valFileLink + "</p>");
 210   },
 211
 212   getMarkerEffectsFile: function () {
 213     var args = solGS.getModelArgs();
 214     args = JSON.stringify(args);
 215
 216     var markerEffectsReq = jQuery.ajax({
 217       type: "POST",
 218       dataType: "json",
 219       data: {
 220         arguments: args,
 221       },
 222       url: "/solgs/download/model/marker/effects",
 223     });
 224
 225     return markerEffectsReq;
 226   },
 227
 228   createMarkerEffectsDownloadLink: function (res) {
 229     var effectsFileName = res.marker_effects_file.split("/").pop();
 230     var effectsFileLink =
 231       '<a href="' +
 232       res.marker_effects_file +
 233       '" download=' +
 234       effectsFileName +
 235       '">' +
 236       "Download marker effects" +
 237       "</a>";
 238
 239     jQuery("#marker_effects_download").prepend(
 240       '<p style="margin-top: 20px">' + effectsFileLink + "</p>"
 241     );
 242   },
 243 };
 244
 245 jQuery(document).ready(function () {
 246
 247   var downloadMsgDiv = "#download_message";
 248   solGS.checkPageType().done(function (res) {
 249     if (res.page_type.match(/training_population/)) {
 250       solGS.download.getTrainingPopRawDataFiles().done(function (res) {
 251         solGS.download.createTrainingPopDownloadLinks(res);
 252       });
 253
 254       solGS.download.getTrainingPopRawDataFiles().fail(function (res) {
 255         var errorMsg = "Error occured getting training pop raw data files.";
 256         solGS.showMessage(downloadMsgDiv, errorMsg)
 257       });
 258
 259       solGS.download.getTrainingPopRawDataFiles().fail(function (res) {
 260         var errorMsg = "Error occured getting training pop raw data files.";
 261         solGS.showMessage(downloadMsgDiv, errorMsg)
 262       });
 263
 264
 265     } else if (res.page_type.match(/training_model/)) {
 266       solGS.download.getModelInputDataFiles().done(function (res) {
 267         solGS.download.createModelInputDownloadLinks(res);
 268       });
 269
 270       solGS.download.getModelInputDataFiles().fail(function (res) {
 271         var errorMsg = "Error occured getting model input data files.";
 272         solGS.showMessage(downloadMsgDiv, errorMsg)
 273       });
 274
 275       solGS.download.getValidationFile().done(function (res) {
 276         solGS.download.createValidationDownloadLink(res);
 277       });
 278
 279       solGS.download.getValidationFile().fail(function (res) {
 280         var errorMsg = "Error occured getting model validation file.";
 281         solGS.showMessage("#validation_download_message", errorMsg);
 282       });
 283
 284       solGS.download.getMarkerEffectsFile().done(function (res) {
 285         solGS.download.createMarkerEffectsDownloadLink(res);
 286       });
 287
 288       solGS.download.getMarkerEffectsFile().fail(function (res) {
 289         var errorMsg = "Error occured getting marker effects file.";
 290         solGS.showMessage("#marker_effects_download_message", errorMsg);
 291
 292       });
 293     } else if (res.page_type.match(/selection_prediction/)) {
 294         solGS.download.getSelectionPopRawDataFiles().done(function (res) {
 295           solGS.download.createSelectionPopDownloadLinks(res);
 296         });
 297
 298         solGS.download.getSelectionPopRawDataFiles().fail(function (res) {
 299           var errorMsg = "Error occured getting selection population genotype data files.";
 300           solGS.showMessage(downloadMsgDiv, errorMsg);
 301         });
 302       }
 303   });
 304
 305   solGS.checkPageType().fail(function (res) {
 306     var errorMsg = "Error occured checking for page type.";
 307     solGS.showMessage(downloadMsgDiv, errorMsg)
 308
 309   });
 310 });