js/source/legacy/solGS/solGS.js

   1 /**
   2  * @class solgs
   3  * general solGS app wide and misc functions
   4  * @author Isaak Y Tecle <iyt2@cornell.edu>
   5  *
   6  */
   7
   8 JSAN.use("jquery.blockUI");
   9 JSAN.use("jquery.form");
  10
  11 var solGS = solGS || function solGS() {};
  12
  13 solGS.submitJob = {
  14   waitPage: function (page, args) {
  15     var host = window.location.protocol + "//" + window.location.host;
  16     page = page.replace(host, "");
  17
  18     var matchItems =
  19       "solgs/population/" +
  20       "|solgs/populations/combined/" +
  21       "|solgs/trait/" +
  22       "|solgs/model/combined/trials/" +
  23       "|solgs/search/trials/trait//" +
  24       "|solgs/selection/\\d+|\\w+_\\d+/model/" +
  25       "|solgs/combined/model/\\d+|\\w+_\\d+/selection/" +
  26       "|solgs/models/combined/trials/" +
  27       "|solgs/traits/all/population/" +
  28       "|pca/analysis/" +
  29       "|kinship/analysis/" +
  30       "|cluster/analysis/";
  31
  32     if (page.match(matchItems)) {
  33       var multiTraitsUrls = "solgs/traits/all/population/" + "|solgs/models/combined/trials/";
  34
  35       if (page.match(multiTraitsUrls)) {
  36         this.getTraitsSelectionId(page, args);
  37       } else {
  38         //if (page.match(/list_/)) {
  39         //      askUser(page, args)
  40         // } else {
  41         this.checkCachedResult(page, args);
  42         // }
  43       }
  44     } else {
  45       this.goToPage(page, args);
  46     }
  47   },
  48
  49   checkCachedResult: function (page, args) {
  50     var trainingTraitsIds = solGS.getTrainingTraitsIds();
  51
  52     if (trainingTraitsIds) {
  53       if (!args) {
  54         args = { training_traits_ids: trainingTraitsIds };
  55       } else {
  56         args["training_traits_ids"] = trainingTraitsIds;
  57       }
  58     }
  59
  60     args = this.getArgsFromUrl(page, args);
  61     args = JSON.stringify(args);
  62
  63     jQuery.ajax({
  64       type: "POST",
  65       dataType: "json",
  66       data: { page: page, arguments: args },
  67       url: "/solgs/check/cached/result/",
  68       success: function (response) {
  69         if (response.cached) {
  70           args = JSON.parse(args);
  71           solGS.submitJob.goToPage(page, args);
  72         } else {
  73           if (document.URL.match(/solgs\/population\/|solgs\/populations\/combined\//)) {
  74             solGS.submitJob.checkTrainingPopRequirement(page, args);
  75           } else {
  76             args = JSON.parse(args);
  77             solGS.submitJob.askUser(page, args);
  78           }
  79         }
  80       },
  81       error: function () {
  82         alert("Error occured checking for cached output.");
  83       },
  84     });
  85   },
  86
  87   checkTrainingPopRequirement: function (page, args) {
  88     jQuery.ajax({
  89       dataType: "json",
  90       type: "POST",
  91       data: { args: args },
  92       url: "/solgs/check/training/pop/size/",
  93       success: function (res) {
  94         var trainingPopSize = res.member_count;
  95         if (trainingPopSize >= 20) {
  96           args = JSON.parse(args);
  97           solGS.submitJob.askUser(page, args);
  98         } else {
  99           var msg =
 100             "The training population size (" +
 101             trainingPopSize +
 102             ") is too small. Minimum required is 20.";
 103
 104           solGS.alertMessage(msg);
 105         }
 106       },
 107     });
 108   },
 109
 110   askUser: function (page, args) {
 111     var title =
 112       "<p>Since the job takes long time, you can only submit and wait for an email with a link to the results. " +
 113       "Do you want to submit it and get an email when it completes?</p>";
 114
 115     var jobSubmit = '<div id= "job_submission">' + title + "</div>";
 116
 117     jQuery(jobSubmit).appendTo("body");
 118
 119     jQuery("#job_submission").dialog({
 120       height: 200,
 121       width: 600,
 122       modal: true,
 123       title: "Job submission",
 124       buttons: {
 125         OK: {
 126           text: "Yes",
 127           class: "btn btn-success",
 128           id: "queue_job",
 129           click: function () {
 130             jQuery(this).dialog("close");
 131
 132             solGS.submitJob.checkUserLogin(page, args);
 133           },
 134         },
 135         // No: {
 136         //     text: 'No, I will wait...',
 137         //     class: 'btn btn-primary',
 138         //     id   : 'no_queue',
 139         //     click: function() {
 140         //      jQuery(this).dialog("close");
 141
 142         //      analyzeNow(page, args);
 143         //     },
 144         // },
 145         Cancel: {
 146           text: "No",
 147           class: "btn btn-info",
 148           id: "cancel_queue_info",
 149           click: function () {
 150             jQuery(this).dialog("close");
 151           },
 152         },
 153       },
 154     });
 155   },
 156
 157   checkUserLogin: function (page, args) {
 158     if (args === undefined) {
 159       args = {};
 160     }
 161
 162     jQuery.ajax({
 163       type: "POST",
 164       dataType: "json",
 165       url: "/solgs/check/user/login/",
 166       success: function (res) {
 167         if (res.loggedin) {
 168           var contact = res.contact;
 169
 170           args["first_name"] = contact.first_name;
 171           args["user_email"] = contact.email;
 172           args["user_name"] = contact.user_name;
 173           solGS.submitJob.getProfileDialog(page, args);
 174         } else {
 175           solGS.submitJob.loginAlert();
 176         }
 177       },
 178     });
 179   },
 180
 181   loginAlert: function () {
 182     jQuery("<div />")
 183       .html("To use this feature, you need to log in and start over the process.")
 184       .dialog({
 185         height: 200,
 186         width: 250,
 187         modal: true,
 188         title: "Login",
 189         buttons: {
 190           OK: {
 191             click: function () {
 192               jQuery(this).dialog("close");
 193               solGS.submitJob.loginUser();
 194             },
 195             class: "btn btn-success",
 196             text: "OK",
 197           },
 198
 199           Cancel: {
 200             click: function () {
 201               jQuery(this).dialog("close");
 202             },
 203             class: "btn btn-primary",
 204             text: "Cancel",
 205           },
 206         },
 207       });
 208   },
 209
 210   loginUser: function () {
 211     window.location = "/user/login?goto_url=" + window.location.pathname;
 212   },
 213
 214   getTraitsSelectionId: function (page, args) {
 215     var traitIds = args.training_traits_ids;
 216     var protocolId = solGS.genotypingProtocol.getGenotypingProtocolId();
 217
 218     jQuery.ajax({
 219       dataType: "json",
 220       type: "POST",
 221       data: { trait_ids: traitIds },
 222       url: "/solgs/get/traits/selection/id",
 223       success: function (res) {
 224         var traitsSelectionId = res.traits_selection_id;
 225         page = page + "/traits/" + traitsSelectionId + "/gp/" + protocolId;
 226
 227         //if (page.match(/list_/)) {
 228         //    askUser(page, args)
 229         //} else {
 230         solGS.submitJob.checkCachedResult(page, args);
 231         //}
 232       },
 233       error: function (res, st, error) {
 234         alert("error: " + error);
 235       },
 236     });
 237   },
 238
 239   goToPage: function (page, args) {
 240     jQuery.blockUI.defaults.applyPlatformOpacityRules = false;
 241     jQuery.blockUI({ message: "Please wait.." });
 242
 243     var matchItems =
 244       "solgs/submission/feedback" +
 245       "|solgs/trait/" +
 246       "|solgs/traits/all/population/" +
 247       "|solgs/models/combined/trials/" +
 248       "|solgs/model/combined/trials/" +
 249       "|pca/analysis" +
 250       "|kinship/analysis/" +
 251       "|cluster/analysis/";
 252
 253     if (page.match(matchItems)) {
 254       window.location = page;
 255     } else if (page.match(/solgs\/populations\/combined\//)) {
 256       solGS.combinedTrials.displayCombinedTrialsTrainingPopPage(args);
 257     } else if (page.match(/solgs\/population\//)) {
 258       // if (page.match(/solgs\/population\/list_/)) {
 259       //        var listId = args.list_id;
 260       //        loadPlotListTypeTrainingPop(listId);
 261       // } else {
 262       window.location = page;
 263       // }
 264     } else if (page.match(/solgs\/selection\//)) {
 265       var listTypePages =
 266         "solgs/selection/\\w+_\\d+/model/\\w+_\\d+/" + "|solgs/selection/\\d+/model/\\w+_\\d+/";
 267
 268       if (page.match(/listTypePages/)) {
 269         loadGenotypesListTypeSelectionPop(args);
 270       } else {
 271         window.location = page;
 272       }
 273     } else {
 274       window.location = window.location.href;
 275     }
 276   },
 277
 278   submitTraitSelections: function (page, args) {
 279     wrapTraitsForm();
 280
 281     if (args == "undefined") {
 282       document.getElementById("traits_selection_form").submit();
 283       document.getElementById("traits_selection_form").reset();
 284     } else {
 285       jQuery("#traits_selection_form").ajaxSubmit();
 286       jQuery("#traits_selection_form").resetForm();
 287     }
 288   },
 289
 290   wrapTraitsForm: function () {
 291     var popId = jQuery("#population_id").val();
 292     var protocolId = solGS.genotypingProtocol.getGenotypingProtocolId();
 293
 294     var formId = ' id="traits_selection_form"';
 295
 296     var action;
 297     var referer = window.location.href;
 298
 299     if (referer.match(/solgs\/populations\/combined\//)) {
 300       action = ' action="/solgs/models/combined/trials/' + popId + "/gp/" + protocolId + '"';
 301     }
 302
 303     if (referer.match(/solgs\/population\//)) {
 304       action = ' action="/solgs/traits/all/population/' + popId + "/gp/" + protocolId + '"';
 305     }
 306
 307     var method = ' method="POST"';
 308
 309     var traitsForm = "<form" + formId + action + method + ">" + "</form>";
 310
 311     jQuery("#population_traits_list").wrap(traitsForm);
 312   },
 313
 314   getProfileDialog: function (page, args) {
 315     var matchItems =
 316       "/solgs/population/" +
 317       "|solgs/trait/" +
 318       "|solgs/model/combined/trials/" +
 319       "|solgs/combined/model/\\d+|\\w+_\\d+/selection/" +
 320       "|solgs/selection/\\d+|\\w+_\\d+/model/";
 321
 322     if (page.match(matchItems)) {
 323       args = this.getArgsFromUrl(page, args);
 324     }
 325
 326     var form = this.getProfileForm(args);
 327     jQuery("<div />", { id: "email-form" })
 328       .html(form)
 329       .dialog({
 330         height: 400,
 331         width: 400,
 332         modal: true,
 333         title: "Info about the analysis",
 334         buttons: {
 335           Submit: {
 336             click: function (e) {
 337               var analysisProfile = solGS.submitJob.structureAnalysisProfile(page, args);
 338               solGS.submitJob.validateAnalysisInput(analysisProfile);
 339             },
 340             id: "submit_job",
 341             class: "btn btn-success",
 342             text: "Submit",
 343           },
 344
 345           Cancel: {
 346             click: function () {
 347               jQuery(this).dialog("close");
 348             },
 349             class: "btn btn-primary",
 350             text: "Cancel",
 351           },
 352         },
 353       });
 354   },
 355
 356   structureAnalysisProfile: function (page, args) {
 357     var userEmail = jQuery("#user_email").val();
 358     var analysisName = jQuery("#analysis_name").val();
 359     var analysisType = args.analysis_type;
 360     var userName = args.user_name;
 361     var dataSetType = args.data_set_type;
 362
 363     args["user_email"] = userEmail;
 364     args["analysis_name"] = analysisName;
 365     args["analysis_page"] = page;
 366
 367     var hostname = `${location.protocol}//${location.hostname}`;
 368     args['hostname'] = hostname;
 369
 370     args = JSON.stringify(args);
 371
 372     var analysisProfile = {
 373       user_name: userName,
 374       analysis_name: analysisName,
 375       analysis_page: page,
 376       analysis_type: analysisType,
 377       data_set_type: dataSetType,
 378       arguments: args,
 379     };
 380
 381     return analysisProfile;
 382   },
 383
 384   validateAnalysisInput: function (analysisProfile) {
 385     var analysisName = jQuery("#analysis_name").val();
 386
 387     if (!analysisName) {
 388       jQuery("#form-feedback-analysis-name").text("Analysis name is blank. Please give a name.");
 389     } else {
 390       var checkName = solGS.submitJob.checkAnalysisName(analysisName);
 391
 392       checkName.done(function (res) {
 393         if (res.analysis_exists) {
 394           jQuery("#analysis_name").css("border", "solid #FF0000");
 395
 396           jQuery("#form-feedback-analysis-name").text(
 397             "The same name exists for another analysis. Please give a new name."
 398           );
 399         } else {
 400           var email = jQuery("#user_email").val();
 401           var emailPass = solGS.submitJob.checkEmail(email);
 402
 403           if (emailPass) {
 404             jQuery("#email-form").dialog("close");
 405             solGS.submitJob.saveAnalysisProfile(analysisProfile);
 406           }
 407         }
 408       });
 409     }
 410
 411     checkName.fail(function (res) {
 412       var message =
 413         "Error occured submitting the job. Please contact the developers." +
 414         "\n\nHint: " +
 415         response.result;
 416       solGS.alertMessage(message);
 417     });
 418   },
 419
 420   checkEmail: function (email) {
 421     var emailPass;
 422     var emailRegex = /^[a-zA-Z0-9._-]+@[a-zA-Z0-9.-]+\.[a-zA-Z]{2,4}$/i;
 423     if (!email.match(emailRegex)) {
 424       jQuery("#user_email").css("border", "solid #FF0000");
 425
 426       jQuery("#form-feedback-user-email").text("Please provide a proper email address.");
 427
 428       emailPass = 0;
 429     } else {
 430       emailPass = 1;
 431     }
 432
 433     return emailPass;
 434   },
 435
 436   checkAnalysisName: function (name) {
 437     var analysisName = jQuery.ajax({
 438       dataType: "json",
 439       type: "POST",
 440       data: { name: name },
 441       url: "/solgs/check/analysis/name",
 442     });
 443
 444     return analysisName;
 445   },
 446
 447   getArgsFromUrl: function (url, args) {
 448     var referer = document.URL;
 449     var host = window.location.protocol + "//" + window.location.host;
 450     referer = referer.replace(host, "");
 451
 452     if (args === undefined) {
 453       args = {};
 454     }
 455
 456     if (window.Prototype) {
 457       delete Array.prototype.toJSON;
 458     }
 459
 460     if (url.match(/solgs\/trait\//)) {
 461       var urlStr = url.split(/\/+/);
 462
 463       args["trait_id"] = [urlStr[3]];
 464       args["training_pop_id"] = [urlStr[5]];
 465       args["analysis_type"] = "training_model";
 466       args["data_set_type"] = "single_population";
 467     } else if (url.match(/solgs\/model\/combined\/trials\//)) {
 468       var urlStr = url.split(/\/+/);
 469
 470       var traitId = [];
 471       var populationId = [];
 472       var comboPopsId = [];
 473       var protocolId;
 474
 475       if (referer.match(/solgs\/search\/trials\/trait\//)) {
 476         populationId.push(urlStr[5]);
 477         comboPopsId.push(urlStr[5]);
 478         traitId.push(urlStr[7]);
 479         protocolId = urlStr[9];
 480       } else if (referer.match(/solgs\/populations\/combined\//)) {
 481         populationId.push(urlStr[5]);
 482         comboPopsId.push(urlStr[5]);
 483         traitId.push(urlStr[7]);
 484         protocolId = urlStr[9];
 485       }
 486
 487       args["trait_id"] = traitId;
 488       args["training_pop_id"] = populationId;
 489       args["combo_pops_id"] = comboPopsId;
 490       args["analysis_type"] = "training_model";
 491       args["data_set_type"] = "combined_populations";
 492       args["genotyping_protocol_id"] = protocolId;
 493     } else if (url.match(/solgs\/population\//)) {
 494       var urlStr = url.split(/\/+/);
 495
 496       args["training_pop_id"] = [urlStr[3]];
 497       args["analysis_type"] = "training_dataset";
 498       args["data_set_type"] = "single_population";
 499       args["genotyping_protocol_id"] = urlStr[5];
 500     } else if (url.match(/solgs\/selection\//)) {
 501       var traitId = jQuery("#trait_id").val();
 502       var modelId = jQuery("#model_id").val();
 503       var urlStr = url.split(/\/+/);
 504
 505       var dataSetType;
 506
 507       if (referer.match(/solgs\/model\/combined\/trials\/|solgs\/models\/combined\//)) {
 508         dataSetType = "combined_populations";
 509       } else if (referer.match(/solgs\/trait\/|solgs\/traits\/all\/population\//)) {
 510         dataSetType = "single_population";
 511       }
 512
 513       args["trait_id"] = [traitId];
 514       args["training_pop_id"] = [urlStr[5]];
 515       args["selection_pop_id"] = [urlStr[3]];
 516       args["analysis_type"] = "selection_prediction";
 517       args["data_set_type"] = dataSetType;
 518     } else if (url.match(/solgs\/combined\/model\//)) {
 519       var urlStr = url.split(/\/+/);
 520       //var protocolId = urlStr[10];
 521       var dataSetType = "combined_populations";
 522
 523       args["training_pop_id"] = [urlStr[4]];
 524       args["selection_pop_id"] = [urlStr[6]];
 525       args["trait_id"] = [urlStr[8]];
 526       args["analysis_type"] = "selection_prediction";
 527       args["data_set_type"] = dataSetType;
 528     }
 529
 530     var trainingTraitsIds = jQuery("#training_traits_ids").val();
 531
 532     if (trainingTraitsIds) {
 533       trainingTraitsIds = trainingTraitsIds.split(",");
 534       args["training_traits_ids"] = trainingTraitsIds;
 535       args["trait_id"] = trainingTraitsIds;
 536     }
 537
 538     var protocolId = args.genotyping_protocol_id;
 539     if (!protocolId) {
 540       protocolId = solGS.genotypingProtocol.getGenotypingProtocolId();
 541     }
 542
 543     var popDesc = jQuery("#training_pop_desc").val();
 544
 545     args["training_pop_desc"] = jQuery("#training_pop_desc").val();
 546     args["selection_pop_desc"] = jQuery("#selection_pop_desc").val();
 547     args["genotyping_protocol_id"] = protocolId;
 548     args["referer"] = referer;
 549
 550     return args;
 551   },
 552
 553   getProfileForm: function (args) {
 554     var email = "";
 555     if (args.user_email) {
 556       email = args.user_email;
 557     }
 558
 559     var firstName = "";
 560     if (args.first_name) {
 561       firstName = args.first_name;
 562     }
 563
 564     var emailForm =
 565       '<form><div class="form-group">' +
 566       '<label for="first_name">Name:</label>' +
 567       '<input type="text" class="form-control" id="first_name"  value="' +
 568       firstName +
 569       '"/>' +
 570       "</div>" +
 571       '<div class="form-group">' +
 572       '<label for="analysis_name">Analysis name:</label>' +
 573       '<input type="text" class="form-control" id="analysis_name">' +
 574       '<div style="color:red" id="form-feedback-analysis-name"> </div>' +
 575       "</div>" +
 576       '<div class="form-group">' +
 577       '<label for="user_email">Email:</label>' +
 578       '<input type="email" class="form-control" id="user_email" value="' +
 579       email +
 580       '"/>' +
 581       '<div style="color:red" id="form-feedback-user-email"> </div>' +
 582       "</div>" +
 583       "</form>";
 584
 585     return emailForm;
 586   },
 587
 588   saveAnalysisProfile: function (profile) {
 589     jQuery.ajax({
 590       type: "POST",
 591       dataType: "json",
 592       data: profile,
 593       url: "/solgs/save/analysis/profile/",
 594       success: function (response) {
 595         if (response.result) {
 596           solGS.submitJob.runAnalysis(profile);
 597         } else {
 598           var message = "Failed saving your analysis profile.";
 599           solGS.alertMessage(message);
 600         }
 601       },
 602       error: function () {
 603         var message = "Error occured calling the function to save your analysis profile.";
 604         solGS.alertMessage(message);
 605       },
 606     });
 607   },
 608
 609   runAnalysis: function (profile) {
 610     jQuery.ajax({
 611       dataType: "json",
 612       type: "POST",
 613       data: profile,
 614       url: "/solgs/run/saved/analysis/",
 615       success: function (res) {
 616         if (res.result.match(/Submitted/)) {
 617           solGS.submitJob.submissionFeedback(res.arguments);
 618         } else {
 619           var message =
 620             "Error occured submitting the job. Please contact the developers." +
 621             "\n\nHint: " +
 622             res.result;
 623           solGS.alertMessage(message);
 624         }
 625       },
 626       error: function (response) {
 627         var message =
 628           "Error occured submitting the job. Please contact the developers." +
 629           "\n\nHint: " +
 630           res.result;
 631         solGS.alertMessage(message);
 632       },
 633     });
 634   },
 635
 636   submissionFeedback: function (args) {
 637     args = JSON.parse(args);
 638     var analysisType = args.analysis_type;
 639     analysisType = analysisType.replace(/\s+|-/g, "_");
 640
 641     solGS.submitJob.goToPage("/solgs/submission/feedback/?job=" + analysisType);
 642   },
 643
 644   selectTraitMessage: function () {
 645     var message =
 646       '<p style="text-align:justify;">' +
 647       "Please select one or more traits to build prediction models.</p>";
 648
 649     jQuery("<div />")
 650       .html(message)
 651       .dialog({
 652         height: 200,
 653         width: 400,
 654         modal: true,
 655         title: "Prediction Modeling Message",
 656         buttons: {
 657           Yes: {
 658             text: "OK",
 659             class: "btn btn-success",
 660             id: "select_trait_message",
 661             click: function () {
 662               jQuery(this).dialog("close");
 663             },
 664           },
 665         },
 666       });
 667   },
 668 };
 669
 670 solGS.waitPage = function (page, args) {
 671   solGS.submitJob.waitPage(page, args);
 672 };
 673
 674 jQuery(document).ready(function () {
 675   jQuery("#runGS").on("click", function () {
 676     if (window.Prototype) {
 677       delete Array.prototype.toJSON;
 678     }
 679
 680     var traitIds = jQuery("#traits_selection_div :checkbox").fieldValue();
 681     var popId = jQuery("#training_pop_id").val();
 682     var protocolId = solGS.genotypingProtocol.getGenotypingProtocolId();
 683
 684     if (traitIds.length) {
 685       var page;
 686       var analysisType;
 687       var dataSetType;
 688
 689       var referer = window.location.href;
 690
 691       if (referer.match(/solgs\/populations\/combined\//)) {
 692         dataSetType = "combined_populations";
 693       }
 694
 695       if (referer.match(/solgs\/population\//)) {
 696         dataSetType = "single_population";
 697       }
 698
 699       if (traitIds.length == 1) {
 700         analysisType = "training_model";
 701
 702         if (referer.match(/solgs\/populations\/combined\//)) {
 703           page =
 704             "/solgs/model/combined/trials/" + popId + "/trait/" + traitIds[0] + "/gp/" + protocolId;
 705         } else if (referer.match(/solgs\/population\//)) {
 706           page = "/solgs/trait/" + traitIds[0] + "/population/" + popId + "/gp/" + protocolId;
 707         }
 708       } else {
 709         analysisType = "multiple_models";
 710
 711         if (referer.match(/solgs\/populations\/combined\//)) {
 712           page = "/solgs/models/combined/trials/" + popId;
 713         } else {
 714           page = "/solgs/traits/all/population/" + popId;
 715         }
 716       }
 717
 718       var args = {
 719         trait_id: traitIds,
 720         training_traits_ids: traitIds,
 721         training_pop_id: [popId],
 722         analysis_type: analysisType,
 723         data_set_type: dataSetType,
 724       };
 725
 726       solGS.submitJob.waitPage(page, args);
 727     } else {
 728       solGS.submitJob.selectTraitMessage();
 729     }
 730   });
 731 });
 732
 733 solGS.alertMessage = function (msg, msgTitle, divId) {
 734   if (!msgTitle) {
 735     msgTitle = "Message";
 736   }
 737
 738   if (!divId) {
 739     divId = "error_message";
 740   }
 741
 742   jQuery("<div />", { id: divId })
 743     .html(msg)
 744     .dialog({
 745       height: "auto",
 746       width: "auto",
 747       modal: true,
 748       title: msgTitle,
 749       buttons: {
 750         OK: {
 751           click: function () {
 752             jQuery(this).dialog("close");
 753             //window.location = window.location.href;
 754           },
 755           class: "btn btn-success",
 756           text: "OK",
 757         },
 758       },
 759     });
 760 };
 761
 762 solGS.getTraitDetails = function (traitId) {
 763   if (!traitId) {
 764     traitId = jQuery("#trait_id").val();
 765   }
 766
 767   if (traitId) {
 768     jQuery.ajax({
 769       dataType: "json",
 770       type: "POST",
 771       data: { trait_id: traitId },
 772       url: "/solgs/details/trait/" + traitId,
 773       success: function (trait) {
 774         jQuery(document.body).append(
 775           '<input type="hidden" id="trait_name" value="' + trait.name + '"></input>'
 776         );
 777         jQuery(document.body).append(
 778           '<input type="hidden" id="trait_abbr" value="' + trait.abbr + '"></input>'
 779         );
 780       },
 781     });
 782   }
 783 };
 784
 785 solGS.getTrainingTraitsIds = function () {
 786   var trainingTraitsIds = jQuery("#training_traits_ids").val();
 787   var trainingTraitsCode = jQuery("#training_traits_code").val();
 788   var traitId = jQuery("#trait_id").val();
 789
 790   if (trainingTraitsIds) {
 791     trainingTraitsIds = trainingTraitsIds.split(",");
 792
 793   } else if (traitId) {
 794     trainingTraitsIds = [traitId];
 795   }
 796
 797   return trainingTraitsIds;
 798 };
 799
 800 solGS.getModelArgs = function () {
 801   var args = this.getTrainingPopArgs();
 802   var trainingTraitsIds = this.getTrainingTraitsIds();
 803
 804   if (trainingTraitsIds) {
 805     args["training_traits_code"] = jQuery("#training_traits_code").val();
 806     args["training_traits_ids"] = trainingTraitsIds;
 807   }
 808
 809   if (trainingTraitsIds.length == 1) {
 810     args["trait_id"] = trainingTraitsIds[0];
 811   }
 812
 813   return args;
 814 };
 815
 816 solGS.selectMenuModelArgs = function() {
 817     var modelArgs = this.getModelArgs();
 818
 819     return {
 820       id: modelArgs.training_pop_id,
 821       name: modelArgs.training_pop_name,
 822       pop_type: "training",
 823     };
 824 };
 825
 826 solGS.getSelectionPopArgs = function () {
 827   var args = this.getModelArgs();
 828   var selPopGenoProtocolId = jQuery("#selection_pop_genotyping_protocol_id").val();
 829   var selPopId = jQuery("#selection_pop_id").val();
 830
 831   if (!selPopGenoProtocolId) {
 832     selPopGenoProtocolId = jQuery("#genotyping_protocol_id").val();
 833   }
 834   if (selPopGenoProtocolId) {
 835     args["selection_pop_genotyping_protocol_id"] = selPopGenoProtocolId;
 836     args["selection_pop_id"] = selPopId;
 837   }
 838
 839   return args;
 840 };
 841
 842 solGS.getTrainingPopArgs = function () {
 843   var args = {
 844     training_pop_id: jQuery("#training_pop_id").val(),
 845     training_pop_name: jQuery("#training_pop_name").val(),
 846     genotyping_protocol_id: jQuery("#genotyping_protocol_id").val(),
 847     data_set_type: jQuery("#data_set_type").val(),
 848     analysis_type: jQuery("#analysis_type").val(),
 849   };
 850
 851   return args;
 852 };
 853
 854 solGS.getPopulationDetails = function () {
 855   var trainingPopId = jQuery("#population_id").val();
 856   var trainingPopName = jQuery("#population_name").val();
 857
 858   if (!trainingPopId) {
 859     trainingPopId = jQuery("#training_pop_id").val();
 860     trainingPopName = jQuery("#training_pop_name").val();
 861   }
 862
 863   var selectionPopId = jQuery("#selection_pop_id").val();
 864   var selectionPopName = jQuery("#selection_pop_name").val();
 865
 866   if (!trainingPopId) {
 867     trainingPopId = jQuery("#model_id").val();
 868     traininPopName = jQuery("#model_name").val();
 869   }
 870
 871   var comboPopsId = jQuery("#combo_pops_id").val();
 872
 873   var dataSetType;
 874
 875   if (comboPopsId) {
 876     dataSetType = "combined_populations";
 877     trainingPopId = comboPopsId;
 878   } else {
 879     dataSetType = "single_population";
 880   }
 881
 882   var protocolId = jQuery("#genotyping_protocol_id").val();
 883   return {
 884     training_pop_id: trainingPopId,
 885     population_name: trainingPopName,
 886     training_pop_name: trainingPopName,
 887     selection_pop_id: selectionPopId,
 888     selection_pop_name: selectionPopName,
 889     combo_pops_id: comboPopsId,
 890     data_set_type: dataSetType,
 891     genotyping_protocol_id: protocolId,
 892   };
 893 };
 894
 895 solGS.showMessage = function (divId, msg) {
 896   divId = divId.match(/#/) ? divId : "#" + divId;
 897
 898   jQuery(divId).html(msg).show().delay(4000).fadeOut("slow");
 899 };
 900
 901 solGS.checkPageType = function () {
 902   var pageType = jQuery.ajax({
 903     dataType: "json",
 904     type: "POST",
 905     data: { page: document.URL },
 906     url: "/solgs/check/page/type",
 907   });
 908
 909   return pageType;
 910 };
 911
 912
 913 solGS.blockSolgsSearchInterface = function () {
 914
 915         jQuery("#solgs_search_interfaces").hide();
 916
 917 };
 918
 919
 920 //executes two functions alternately
 921 jQuery.fn.alternateFunctions = function (a, b) {
 922   return this.each(function () {
 923     var clicked = false;
 924     jQuery(this).bind("click", function () {
 925       if (clicked) {
 926         clicked = false;
 927         return b.apply(this, arguments);
 928       }
 929       clicked = true;
 930       return a.apply(this, arguments);
 931     });
 932   });
 933 };
 934
 935 jQuery.fn.doesExist = function () {
 936   return jQuery(this).length > 0;
 937 };
 938
 939 jQuery(document).on("keyup", "#user_email", function (e) {
 940   jQuery("#user_email").css("border", "solid #96d3ec");
 941
 942   jQuery("#form-feedback-user-email").empty();
 943 });
 944
 945 jQuery(document).on("keyup", "#analysis_name", function (e) {
 946   jQuery("#analysis_name").css("border", "solid #96d3ec");
 947
 948   jQuery("#form-feedback-analysis-name").empty();
 949 });