mason/gem/experimental_design/experiment_composition.mas

   1 <%doc>
   2
   3 =head1 NAME
   4
   5  experiment_composition.mas
   6  Mason component to show experiment composition for experimental design web page.
   7
   8 =cut
   9
  10 =head1 VERSION
  11
  12 0.1
  13
  14 =cut
  15
  16 =head1 DESCRIPTION
  17
  18  Mason component to show experiment composition for experimental design web page.
  19
  20  - Mason root page = experimental_design_detail.mas
  21  - Perl controller = experimental_design.pl
  22
  23 =cut
  24
  25 =head 1 AUTHOR
  26
  27  Aureliano Bombarely (ab782@cornell.edu)
  28
  29 =cut
  30
  31 </%doc>
  32
  33
  34 <%args>
  35 $exp_list
  36 </%args>
  37
  38
  39 <%perl>
  40 use strict;
  41 use warnings;
  42
  43 use CXGN::GEM::Schema;
  44 use CXGN::Page::FormattingHelpers  qw/ info_section_html info_table_html columnar_table_html page_title_html html_break_string /;
  45
  46
  47 my $exp_comp_content;
  48
  49 ## If there aren't any experiment that comes from experimental design it will do nothing.
  50 ## The error message will returned by basic information
  51
  52 my @data;
  53 my $exp_composition_html;
  54
  55 my $default_message = '<span class="ghosted">data not available</span>';
  56
  57 my @exp_list = @{ $exp_list };
  58
  59 if (scalar(@exp_list) > 0) {
  60
  61     ## Get the schema
  62     my $schema = $exp_list[0]->get_schema();
  63
  64     foreach my $exp (@exp_list) {
  65         my $exp_id = $exp->get_experiment_id();
  66         my $exp_name = $exp->get_experiment_name();
  67         my $exp_link = '/gem/experiment.pl?id='.$exp_id;
  68         my $exp_html = "<a href=$exp_link>$exp_name</a>";
  69
  70         my (%ontologies, %cvterm_id);
  71         my @target_list = $exp->get_target_list();
  72         my @target_html_list;
  73
  74         foreach my $target (@target_list) {
  75             my $target_id = $target->get_target_id();
  76             my $target_name = $target->get_target_name();
  77             my $target_link = '/gem/target.pl?id='.$target_id;
  78             my $target_html = "<a href=$target_link>$target_name</a>";
  79             push @target_html_list, $target_html;
  80
  81             my %target_elements = $target->get_target_elements();
  82             my @sample_html_list;
  83
  84             foreach my $target_el_name (sort keys %target_elements) {
  85                 my %target_el_data = %{ $target_elements{$target_el_name} };
  86                 my $sample_id = $target_el_data{'sample_id'};
  87                 my $sample = CXGN::Biosource::Sample->new($schema, $sample_id);
  88                 my $sample_name = $sample->get_sample_name();
  89
  90                 my @dbxref_ids_list = $sample->get_dbxref_list();
  91
  92                 foreach my $dbxref_id (@dbxref_ids_list) {
  93                     my ($dbxref_row) = $schema->resultset('General::Dbxref')
  94                                               ->search( { dbxref_id => $dbxref_id } );
  95
  96                     my %dbxref_data = $dbxref_row->get_columns();
  97
  98                     my ($cvterm_row) = $schema->resultset('Cv::Cvterm')
  99                                               ->search( { dbxref_id => $dbxref_id } );
 100
 101                     if (defined $cvterm_row) {
 102                         my %cvterm_data = $cvterm_row->get_columns();
 103
 104                         my ($db_row) = $schema->resultset('General::Db')
 105                                               ->search( { db_id => $dbxref_data{'db_id'} } );
 106
 107                         my $ontology_id = $db_row->get_column('name') . ":" . $dbxref_data{'accession'};
 108                         my $ontology_name = $cvterm_data{'name'};
 109                         unless (defined $ontologies{$ontology_id}) {
 110                             $ontologies{$ontology_id} = $ontology_name;
 111                             $cvterm_id{$ontology_id} = $cvterm_data{'cvterm_id'};
 112                         }
 113                     }
 114                 }
 115             }
 116         }
 117         my @onto_html;
 118         foreach my $onto (sort keys %ontologies) {
 119             my $onto_link = '/cvterm/'.$cvterm_id{$onto}.'/view';
 120             my $onto_line = "<a href=$onto_link>$onto</a> ($ontologies{$onto})";
 121             push @onto_html, $onto_line;
 122         }
 123         my $onto_list = join('<br>', @onto_html) || $default_message;
 124         my $target_html_list = join('<br>', @target_html_list);
 125
 126         push @data, [$exp_html, $target_html_list, $onto_list];
 127     }
 128
 129     ## Use columnar table to give the html format. If don't exists any data, print message.
 130
 131     $exp_composition_html = columnar_table_html(  headings => [ 'Experiment', 'Target', 'Ontologies'],
 132                                                   data     => \@data,
 133                                                   __alt_freq => 2,
 134                                                   __align  => ['l', 'l', 'l'],
 135                                                );
 136     my $exp_n = scalar(@data);
 137     $exp_comp_content = info_section_html( title        => "Experiments (".$exp_n.")",
 138                                            contents     => $exp_composition_html,
 139                                            collapsible  => 1,
 140                                            collapsed    => 0, );
 141
 142
 143 }
 144
 145 </%perl>
 146
 147 <% $exp_comp_content %>
 148
 149 <&
 150    /util/import_javascript.mas,
 151    classes => 'CXGN.Effects'
 152 &>
 153