mason/help/cosii_markers.mas

   1
   2   <center>
   3
   4
   5     <table summary="" width="720" cellpadding="0" cellspacing="0"
   6     border="0">
   7       <tr>
   8         <td>
   9           <center>
  10             <h3>Conserved Ortholog Set (COS) markers</h3>
  11           </center>
  12
  13           <p>We have used a computational method to screen the
  14           tomato EST database against the arabidopsis genome
  15           sequence in order to find a set of highly conserved,
  16           single copy genes which can be used as markers for
  17           comparative mapping between the tomato and arabidopsis
  18           genomes. Currently we have identified approximately 1000
  19           of these Conserved Ortholog Set (COS) markers.<br /></p>
  20
  21           <p>In this section of SGN, you will find sequence and
  22           clone information for each of these COS markers as well
  23           as their matching counterpart in the arabidopsis genome.
  24           We have surveyed these COS markers and mapped some of
  25           these COS markers on the tomato genome to provide a
  26           tomato: arabidopsis comparative map. This mapping
  27           information is available on SGN now.<br /></p>
  28
  29           <p>Because these COS markers are so highly conserved,
  30           they may also be useful for comparative mapping in other
  31           dicot species. The computational screen by how COS
  32           markers were identified is described below:</p>
  33
  34           <ul>
  35             <li>TBLASTX tomato ESTs against the arabidopsis genome
  36             (specifically, the BAC tiling path from TAIR)</li>
  37
  38             <li>Identify single best matches (&lt; e -15) between a
  39             single tomato EST (or associated contig) and a single
  40             BAC in Arabidopsis. Each tomato EST must pass the
  41             following criteria:
  42
  43               <ul>
  44                 <li>it hits an arabidopsis sequence at a
  45                 significance level of &lt; e -15</li>
  46
  47                 <li>it is determined to be NOT part of a domain
  48                 (where several solanaceous sequences hit the same
  49                 arabidopsis region)</li>
  50
  51                 <li>the next best Arabidopsis hit must be of lower
  52                 significance (delta e &gt; 10)</li>
  53               </ul>
  54             </li>
  55
  56             <li>ESTs that pass all these criteria are classified as
  57             conserved orthologs, all others are considered
  58             potentially paralogous and eliminated.</li>
  59           </ul><br />
  60
  61           <h4>Functional annotation of COS markers</h4>
  62
  63           <p>COS-markers were functionally annotated using the MIPS
  64           role categories as they were defined at the time of the
  65           analysis. As the functional role descriptions are subject
  66           to continued changes, a copy of the role categories and
  67           the COS-marker annotations as used in the analysis can be
  68           found below:<br /></p>
  69
  70           <p><a href="/documents/markers/role_categories.txt">MIPS role categories at
  71           time of COS marker annotation</a></p>
  72
  73           <h4>The list of COS markers is available in both online
  74           and plain text format</h4>
  75
  76           <p><a href="/search/markers/cos_list.pl">COS list
  77           online</a> - online format with links to sequences and
  78           tiling path.<br />
  79           <a href="/documents/markers/cos_list-old.txt">Old plain text download</a> - plain
  80           text format for download. <br />
  81           <a href="/documents/markers/cos_list.txt">Old plain text download 2</a> - plain
  82           text format for download.
  83           </p>
  84
  85           <p><strong>Note:</strong> for the tomato map position in
  86           the table linked above:</p>
  87
  88           <ul>
  89             <li>Copy No is how many copies the COS marker shows on
  90             a southern blot survey- S(single) is 1-2 copy, L(low)
  91             is 3-4 copy, M(multiple) means more than 4 copy.</li>
  92
  93             <li>Map position is where the COS marker mapped on the
  94             tomato: arabidopsis systeny map. For example, T1675 map
  95             position is 01.005, meaning Chromosome 1, 5 cM down
  96             from the top. Most of the COS markers have only one map
  97             position, if the COS marker has a second or third map
  98             position, then there were two or three alleles that
  99             could be mapped.</li>
 100           </ul><br />
 101           <br />
 102         </td>
 103       </tr>
 104     </table>
 105
 106   </center>