mason/help/fish_submission.mas

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   2 <& /page/page_title.mas, title=>"FISH Data Submission Help" &>
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   4 <p>This document describes what we at SGN are prepared to accept for FISH
   5 experiment data. Please <a href="/contact/form">contact us</a> if you have any questions about these guidelines.</p>
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   8 <p>When submitting spreads, the preferred folder layout looks like this:</p>
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  10 <pre>&lt;chromosome arm&gt;/&lt;BACS on arm&gt;/&lt;spreads for BAC&gt;/&lt;files for spread&gt;</pre>
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  12 <p>For example, a single spread for a BAC on chromosome 11's long arm would
  13 be:</p>
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  15 <pre>
  16   Tomato_11Q/
  17   Tomato_11Q/BAC_323E19/
  18   Tomato_11Q/BAC_323E19/Spread_127/
  19   Tomato_11Q/BAC_323E19/Spread_127/127_composite.jpg
  20   Tomato_11Q/BAC_323E19/Spread_127/127_phase.jpg
  21   Tomato_11Q/BAC_323E19/Spread_127/127_fluorescence.jpg
  22 </pre>
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  24 <p>Other spreads for BAC 323E19 would be beside Spread_127 in the
  25 BAC_323E19 folder, other BACs on Tomato's 11Q arm would be beside
  26 BAC_323E19 in the Tomato_11Q folder, and BACs on other chromosome arms
  27 would be in folders beside Tomato_11Q.</p>
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  29 <p>The "Spread" IDs above are arbitrary, but it's best if the submitter
  30 uses different IDs for each spread, across their entire FISHing project
  31 (we assume that the lab already uses unique identifiers for their
  32 experiements, so we can just use those identifiers, for simplicity).</p>
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  34 <p>Each spread's folder must have at least the 3 image files.  We'll also
  35 store any additional per-spread datafiles beside the JPGs in the
  36 Spread_NNN folders.</p>
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  38 <p><em>Note</em> If possible, when multiple BACs occur in the same
  39 spread, make two distinct folders with a copy of each image in each
  40 folder (e.g., have two folders "Spread_15" and "Spread_16", rather
  41 than putting the images in a single folder called
  42 &quot;Spreads_15_and_16&quot; or something).</p>
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  44 <p>For each upload of several spreads, a single spreadsheet with at
  45 least the following columns (columns of other data will be ignored):</p>
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  47 <pre>
  48   BAC ID      Spread   BAC % from kc
  49   ------      ------   -------------
  50   323E19       127       86.99
  51   323E19       128       87.73
  52   323E19       129       88.27
  53   323E19       130       90.60
  54   323E19       131       90.58
  55   323E19       132       90.01
  56   323E19       133       86.37
  57   323E19       134       84.70
  58 </pre>
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  60 </div>