mason/locus/index.mas

   1 <%doc>
   2
   3 =head1 NAME
   4
   5 /locus/index.mas - a page for displaying locus details
   6
   7 =head1 DESCRIPTION
   8
   9 parameters:
  10
  11 =over 1
  12
  13 =item $locusref
  14
  15 a hashref with all the parameters needed for printing the locus page!
  16
  17  $locusref->{locus_id}
  18  $locusref->{locus}
  19  $locusref->{schema}
  20
  21  $locusref->{curator}  (boolean)
  22  $locusref->{submitter} (boolean)
  23  $locusref->{is_owner} (boolean)
  24
  25  locus_add_uri
  26  locus_autocomplete_uri => '/ajax/locus/autocomplete/'
  27  cvterm_add_uri
  28  cvterm_autocomplete_uri => '/ajax/cvterm/autocomplete/'
  29  trait_db_name   => 'SP'
  30 =back
  31
  32 =head1 AUTHOR
  33
  34 Naama Menda <nm249@cornell.edu>
  35
  36 =cut
  37
  38 </%doc>
  39
  40
  41 <%args>
  42   $locusref => undef
  43   $locus_add_uri => ''
  44   $locus_autocomplete_uri => undef
  45   $cvterm_add_uri => ''
  46   $cvterm_autocomplete_uri => undef
  47   $trait_db_name => 'SP'
  48   $blast_url => '/tools/blast/'
  49 </%args>
  50
  51 <%once>
  52   use CXGN::Sunshine::Browser;
  53   use CXGN::Page::FormattingHelpers qw / html_optional_show info_table_html /;
  54 </%once>
  55
  56 <%perl>
  57
  58 my $locus     = $locusref->{locus};
  59 my $locus_id  = $locusref->{locus_id};
  60 my $action    = $locusref->{action} || 'view';
  61 my $person_id = $locusref->{person_id};
  62 my $curator   = $locusref->{curator};
  63 my $submitter = $locusref->{submitter};
  64 my $sequencer = $locusref->{sequencer};
  65 my $is_owner  = $locusref->{is_owner};
  66 my $owners     = $locusref->{owners};
  67 my $dbh       = $locusref->{dbh};
  68 my $xrefs     = $locusref->{xrefs};
  69 my $feature   =  $locusref->{feature};
  70 my $src_feature = $locusref->{src_feature};
  71 my $dbxrefs     = $locusref->{dbxrefs};
  72 my $pubs        = $locusref->{pubs};
  73
  74 ###check these params
  75 # dbxrefs, unigenes , ontology
  76
  77 my $this_page = "/locus/$locus_id/view/";
  78
  79 my $locus_xml = $locus_id ? qq |<a href = "/phenome/generic_gene_page.pl?locus_id=$locus_id">Download GMOD XML</a>|
  80   : qq |<span class="ghosted">Download GMOD XML</span>|;
  81 my $editor_note =
  82   qq |<a href="/phenome/editors_note.pl">Note to Editors</a>|;
  83 my $guide_html =
  84   qq|<a href="http://docs.google.com/View?docid=ddhncntn_0cz2wj6">Annotation guidelines</a>|;
  85
  86 my $common_name = $locus->get_common_name();
  87 my @owners = $locus->get_owners();
  88 my $owner_objects= $locus->get_owners(1);
  89
  90 my $locus_name = $locus->get_locus_name();
  91
  92 my $registry = $locus->get_associated_registry();
  93 my $registry_subtitle =  $is_owner && $locus_id ?   '<a href="javascript:Tools.toggleContent(\'associateRegistryForm\', \'locus_registry\')">[Associate a registry name with this locus]</a> '
  94   : qq|<span class = "ghosted"> [Associate registry name]</span>| ;
  95
  96 my @synonyms = $locus->get_locus_aliases('f','f');
  97 my @figures = $locus->get_figure_ids();
  98
  99 my $figure_subtitle =
 100   $curator || $submitter || $sequencer ?
 101   " <a href=\"/image/add?type_id=$locus_id&type=locus&action=new&refering_page=$this_page\">[ Add notes, figures or images]</a>" : "<span class= \"ghosted\">[Add notes, figures or images]</span> " ;
 102
 103 my $stock_subtitle =   $curator || $submitter || $sequencer ?
 104   '<a href="javascript:Tools.toggleContent(\'associateStockForm\', \'locus_accessions\')">[Associate accession]</a> ' :   '<span class= "ghosted">[Associate accession]</span> ';
 105
 106 my $accessions = $locus->get_stock_ids;
 107
 108 my @alleles = $locus->get_alleles(); #array of allele objects
 109
 110 my $allele_subtitle = $curator || $submitter || $sequencer  ?
 111   "<a href=\"/phenome/allele.pl?locus_id=$locus_id&amp;action=new\">[Add new allele]</a>" :
 112   '<span class="ghosted">[Add new Allele]</span>' ;
 113
 114 my $al_subtitle = $curator || $submitter || $sequencer  ?
 115   '<a href="javascript:Tools.toggleContent(\'associateLocusForm\', \'locus_network\');Tools.getOrganisms()">[Associate new locus]</a> ' :
 116   '<span class="ghosted">[Associate new locus]</span>' ;
 117
 118 my $collapsed = $locus->count_associated_loci() ? 1 : 0 ;
 119
 120 my $network_sub = $collapsed ?
 121   "View <b>$locus_name</b> relationships in the stand-alone <a href=\"/tools/networkbrowser/?type=locus&name=$locus_id\">network browser</a>" : '';
 122
 123 my $new_unigene_link =  $curator || $submitter || $sequencer  ?
 124   '<a href="javascript:Tools.toggleContent(\'associateUnigeneForm\', \'locus_unigenes\' )">[Associate new unigene]</a>' :
 125     '<span class= "ghosted">[Associate new unigene]</span> ';
 126 my $new_genbank_link = qq | <a href="/chado/add_feature.pl?type=locus;type_id=$locus_id;refering_page=$this_page;action=new">[Associate new genbank sequence]</a> | ;
 127 my %dbxrefs = $locus->get_all_dbxrefs();
 128
 129 my $tgrc;
 130 foreach ( @{ $dbxrefs{'tgrc'} } ) {
 131   if ( $_->[1] eq '0' ) {
 132     my $url       = $_->[0]->get_urlprefix() . $_->[0]->get_url();
 133     my $accession = $_->[0]->get_accession();
 134     $tgrc .=
 135       qq|<br>$locus_name is a <a href="$url$accession" target="blank">TGRC gene</a><br />|;
 136   }
 137 }
 138 my $tair;
 139 foreach ( @{ $dbxrefs{'TAIR locus'} } ) {
 140   if ( $_->[1] eq '0' ) {
 141     my $url       = $_->[0]->get_urlprefix() . $_->[0]->get_url();
 142     my $accession = $_->[0]->get_accession();
 143     $tair .=
 144       qq|<br>$locus_name is a <a href="$url$accession" target="blank">TAIR locus</a><br />|;
 145   }
 146 }
 147
 148 my $phylogenes;
 149 foreach ( @{ $dbxrefs{'PhyloGenes'} } ) {
 150   if ( $_->[1] eq '0' ) {
 151     my $url       = $_->[0]->get_urlprefix() . $_->[0]->get_url();
 152     my $accession = $_->[0]->get_accession();
 153     $phylogenes .=
 154       qq|<br>$locus_name is on <a href="$url$accession" target="blank">PhyloGenes</a><br />|;
 155   }
 156 }
 157
 158 my $tomDel;
 159 my ($chr, $pos, $jbrowse_url);
 160 my $tomDel_pub = qq|Please cite <a href ="https://doi.org/10.1101/2021.11.08.467620" target="blank">Razifard et al.|;
 161 foreach ( @{ $dbxrefs{'TomDel'} } ) {
 162   if ( $_->[1] eq '0' ) {
 163     my $url       = $_->[0]->get_urlprefix() . $_->[0]->get_url();
 164     my $accession = $_->[0]->get_accession();
 165     my $description = $_->[0]->get_description;
 166
 167     $description =~ /^chromosome (SL2.50ch\d{2}).*position: (\d[0-9]+)$/;
 168     $chr = $1;
 169     $pos = $2;
 170     $jbrowse_url = "https://solgenomics.net/jbrowse_solgenomics/?data=data/json/SL2.50&loc=$chr:$pos&tracks=DNA,gene_models,TomDelDB";
 171     $tomDel .=
 172       qq|<br /><a href="$url$accession" target="blank">TomDelDB genotype frequencies</a> in tomato populations. <a href="$jbrowse_url" target="blank">$description</a><br />|;
 173     $tomDel .= qq|$tomDel_pub<br />|;
 174     }
 175 }
 176 my $pub_subtitle = $curator || $submitter || $sequencer  ?
 177   qq|<a href="/chado/add_publication.pl?type=locus&amp;type_id=$locus_id&amp;refering_page=$this_page&amp;action=new"> [Associate publication] </a>| :
 178   qq|<span class=\"ghosted\">[Associate publication]</span>|;
 179
 180 $pub_subtitle .=
 181   qq | <a href="javascript:void(0)"onclick="window.open('/phenome/locus_pub_rank.pl?locus_id=$locus_id','publication_list','width=600,height=400,status=1,location=1,scrollbars=1')">[Matching publications]</a> |;
 182
 183 my ($genbank, $gb_count);
 184 foreach  my $g  ( @{ $dbxrefs{'DB:GenBank_GI'} } )  {
 185   if ( $g->[1] eq '0' ) {
 186     my $url = $g->[0]->get_urlprefix() . $g->[0]->get_url();
 187     my $feature = CXGN::Chado::Feature->new_with_accession($dbh, $g->[0]->get_accession);
 188     my $gb_accession = $feature->get_name;
 189     my $description = $g->[0]->get_description();
 190     my $feature_seq = $feature->get_residues;
 191     my $blast_link = qq |
 192       <form style="display: inline" method="post" action="/tools/blast"><input type="hidden" name="seq" value=">$gb_accession ($description)\n$feature_seq" /><input style="padding: 1px; line-height: 0.8" type="submit" value="BLAST" /></form>
 193         |;
 194
 195     $genbank .=
 196       qq|<a href="$url$gb_accession" target="blank">$gb_accession</a> $description $blast_link<br />|;
 197     $gb_count++;
 198   }
 199 }
 200 my $ont_count = $locus->count_ontology_annotations();
 201
 202 my $ontology_subtitle = $curator || $submitter || $sequencer  ?
 203   qq|<a href="javascript:Tools.toggleContent('associate_cvterm_form', 'locus_ontology')">[Add ontology annotations]</a> | :
 204   qq |<span class = "ghosted"> [Add ontology annotations]</span> |;
 205
 206 </%perl>
 207
 208
 209 <& /util/import_javascript.mas, classes => ["jquery","jqueryui", "thickbox", "CXGN.Phenome.Locus", "CXGN.Phenome.Tools", "CXGN.Sunshine.NetworkBrowser"] &>
 210
 211
 212 <script language="javascript">
 213
 214    jQuery(document).ready(function() {
 215      jQuery("#genome_locus").autocomplete({
 216         source: '/ajax/locus/genome_autocomplete'
 217      });
 218   });
 219
 220 </script>
 221
 222
 223 <& /page/page_title.mas, title=> "$common_name locus ".$locus->get_locus_name &>
 224
 225
 226 <&| /page/info_section.mas, title=>"Locus details" , subtitle => "$locus_xml | $editor_note | $guide_html" &>
 227
 228
 229 <& /page/form.mas,
 230     object_type          => 'locus',
 231     object_id            => "$locus_id",
 232     form_name            => 'locus_form',
 233     server_side_script   => '/jsforms/locus_ajax_form.pl',
 234     form_div_name        => 'locus_details',
 235     js_object_name       => 'locusForm',
 236     page_url             => "/locus/$locus_id/view/",
 237     alternate_new_button => '<a class="btn btn-sm btn-default" href ="/locus/0/new">New</a>'
 238     &>
 239 <table><tr><td>
 240       <table>
 241         <tr><td>
 242
 243 <& /locus/synonym.mas ,  locus_id=>"$locus_id" , synonyms=>\@synonyms &>
 244 </td></tr>
 245
 246 <tr><td>
 247 <& /phenome/display_owners.mas,
 248          object_id => $locus_id,
 249          object_type => "locus"
 250 &>
 251 </td></tr>
 252 <tr><td>
 253 <& /phenome/assign_owner.mas,
 254    object_id     => $locus_id,
 255    object_type   => "locus",
 256    owner_add_uri => "/ajax/locus/assign_owner",
 257    show_form     => $curator
 258 &>
 259 </td></tr>
 260 <tr><td>
 261 % if ($locus_id && $person_id) {
 262   <a href="/phenome/claim_locus_ownership.pl?locus_id=<% $locus_id %>&amp;action=confirm"> [Request editor privileges]</a><br /><br />
 263 % } elsif ( $locus_id ) {
 264   <span class="ghosted">[log-in to request editor privileges]</span><br />
 265 %}
 266 <& /locus/edits_info.mas, locus=>$locus  &>
 267         </td></tr>
 268       </table>
 269     </td>
 270     <td><table><tr><td>
 271  <& /locus/map_location.mas, person_id=>"$person_id", locus=>$locus  &>
 272   </td></tr></table></td></tr>
 273 </table>
 274
 275 </&>
 276
 277
 278 % if($locus_id) {
 279
 280
 281 <&| /page/info_section.mas,
 282     title     => "Links to external databases",
 283     subtitle  => "",
 284     id        => "locus_dbxrefs",
 285     collapsible => 1,
 286     is_subsection => 1,
 287   &>
 288
 289 <% $tgrc %>
 290 <% $tair %>
 291 <% $phylogenes %>
 292 <% $tomDel %>
 293
 294 </&>
 295
 296 <&| /page/info_section.mas,
 297     title       => "Registry name: $registry",
 298     subtitle    => $registry_subtitle,
 299     id          => "locus_registry",
 300     collapsible => 1,
 301     is_subsection => 1,
 302     &>
 303     <& /locus/registry.mas , person_id=>"$person_id", locus_id=>"$locus_id", registry => $registry , is_owner => $is_owner &>
 304 </&>
 305
 306 % if($is_owner) {
 307 <&| /page/info_section.mas, title=>"Locus history", collapsible=>1, collapsed=>1 &>
 308        <& /locus/history.mas, locus=>$locus  &>
 309 </&>
 310
 311 % }
 312 % if ( $locus_name && $curator ) {
 313   <&| /page/info_section.mas, title=>"Curator tools",  collapsible=>1, collapsed=>1 &>
 314        <& /locus/merge_locus.mas , locus_id=>"$locus_id" , common_name=>"$common_name" &>
 315
 316   </&>
 317 % }
 318
 319  <&| /page/info_section.mas, title=>"Notes and figures (" .  scalar(@figures)  . ")", subtitle => "$figure_subtitle", collapsible=>1, collapsed=>1 &>
 320    <& /image/print_images.mas , images=>\@figures , dbh=>$dbh &>
 321
 322 </&>
 323
 324 %#<&| /page/info_section.mas, title=>"eFP Browser links" &>
 325 %#
 326 %#   <& /locus/efp_browser_links.mas, locus => $locus &>
 327
 328 %#</&>
 329
 330  <&| /page/info_section.mas, title=>"Accessions and images (" .  scalar(@$accessions)  . ")", subtitle => "$stock_subtitle", id=>"locus_accessions", collapsible=>1, collapsed=>1 &>
 331     <& /phenome/associate_accession_form.mas , locus_id=>$locus_id, person_id=>$person_id &>
 332       <& /phenome/associated_accessions.mas , accessions=>$accessions, dbh=>$dbh &>
 333
 334  </&>
 335
 336 <&| /page/info_section.mas, title=>"Alleles (" .  scalar(@alleles)  . ")", subtitle => "$allele_subtitle", collapsible=>1, collapsed=>1 &>
 337
 338    <& /phenome/allele.mas, alleles=>\@alleles, user_id=>$person_id, curator=>$curator &>
 339
 340 </&>
 341
 342
 343 <&| /page/info_section.mas,
 344   title       => "Associated loci (" .  $locus->count_associated_loci() . ")",
 345   subtitle    => "$al_subtitle",
 346   id          =>"locus_network",
 347   collapsible =>1,
 348   collapsed   =>1 &>
 349
 350     <& /locus/associate_locus.mas, locus_id=>$locus_id &>
 351      <& /locus/network.mas , locus_id => $locus_id  &>
 352
 353 </&>
 354
 355 <&| /page/info_section.mas,
 356    title       => "Associated loci - graphical view",
 357    subtitle    => $network_sub,
 358    collapsible => 1,
 359    collapsed   => $collapsed,
 360    id          => "graphic_locus_network" &>
 361
 362 % print CXGN::Sunshine::Browser::include_on_page( 'locus', $locus_id ) if $network_sub ;
 363
 364 </&>
 365
 366
 367 <&| /page/info_section.mas,
 368   title       => "SolCyc links",
 369   id          => "solcyc_links",
 370   collapsible => 1,
 371   collapsed   => 1,
 372   &>
 373 % ## solcyc links are generated from the unigenes function in the ajax/locus controller ##
 374    <div id="solcyc" >[loading...]</div>
 375 </&>
 376
 377
 378 <&| /page/info_section.mas, title=>"Sequence annotations" , collapsible=>1, collapsed=>0 &>
 379    <&| /page/info_section.mas, title => "Genome features",
 380         collapsible   => 1,
 381         collapsed     => 0,
 382         is_subsection => 1,
 383     &>
 384 %if ($feature) {
 385       <& /locus/print_mrna_features.mas,
 386         feature   => $feature,
 387         blast_url => $blast_url,
 388     &>
 389 %}
 390    </&>
 391
 392     <&| /page/info_section.mas, title => "Gene model matches",
 393         collapsible   => 1,
 394         collapsed     => 0,
 395         is_subsection => 1,
 396     &>
 397        <& /feature/jbrowse_exact_match.mas, feature=> $feature, src_feature=> $src_feature &>
 398    </&>
 399
 400    <&| /page/info_section.mas, title => "SGN Unigenes",
 401         id => 'locus_unigenes',
 402         subtitle => $new_unigene_link,
 403         collapsible => 1,
 404         collapsed =>  1 ,
 405         is_subsection => 1,
 406    &>
 407       <& /locus/associate_unigene.mas,
 408          locus_id    => $locus_id,
 409          common_name => $common_name,
 410          current     => 1
 411       &>
 412       <& /locus/locus_unigenes.mas, locus_id  => $locus_id  &>
 413   </&>
 414
 415   <&| /page/info_section.mas, title => "GenBank accessions",
 416               subtitle => $new_genbank_link,
 417               collapsible => 1,
 418               collapsed =>  1 ,
 419               is_subsection => 1,
 420   &>
 421          <% $genbank %>
 422  </&>
 423
 424    <&| /page/info_section.mas,
 425        title         => "Other genome matches",
 426        collapsible   => 1,
 427        collapsed     => 1,
 428        is_subsection => 1,
 429     &>
 430
 431         <& /locus/locus_genomic_annotations.mas, locus => $locus &>
 432
 433    </&>
 434
 435 </&>
 436
 437 <&| /page/info_section.mas, title=>"Literature annotations [" . scalar(@$pubs) ."]" , subtitle=>$pub_subtitle, id=>"publications" , collapsible=>1, collapsed=>1 &>
 438
 439 % foreach my $pub ( @$pubs ) {
 440   <& /chado/publication.mas, pub=>$pub &>
 441   <br >
 442 % }
 443
 444 </&>
 445
 446
 447 <&| /page/info_section.mas,
 448   title       =>"Ontology annotations ($ont_count)",
 449   id          => "locus_ontology",
 450   collapsible => 1,
 451   collapsed   => 1,
 452   subtitle    => $ontology_subtitle &>
 453   <& /ontology/associate_ontology.mas,
 454     trait_db_name => $trait_db_name,
 455     object_id     => $locus_id ,
 456     object_name   => "locus",
 457     cvterm_add_uri=> $cvterm_add_uri,
 458     ontology_url  => "/locus/$locus_id/ontologies/",
 459     reference_uri => "/locus/$locus_id/references",
 460     evidence_with_uri => "/locus/$locus_id/evidences",
 461     show_form     => $is_owner  &>
 462 </&>
 463
 464 <&| /page/info_section.mas,
 465      title       => 'Related views',
 466      collapsible => 1,
 467 &>
 468
 469      <& /sitefeatures/mixed/xref_set/link.mas,
 470         xrefs => [ grep { $_->feature->feature_name ne 'gbrowse2' } @$xrefs ],
 471       &>
 472
 473 </&>
 474
 475 <& /page/comments.mas, object_type=>'locus', object_id=>$locus_id, referer=>$this_page &>
 476
 477 % }