mason/locus/map_location.mas

   1 <%doc>
   2
   3 =head1 NAME
   4
   5 /locus/map_location.mas - a component for displaying locus chromosome/map/marker location/s
   6
   7 =head1 DESCRIPTION
   8
   9 parameters:
  10
  11 =over 2
  12
  13 =item $locus
  14
  15 =item $person_id
  16
  17
  18 =back
  19
  20 =head1 AUTHOR
  21
  22 Naama Menda <nm249@cornell.edu>
  23
  24 =cut
  25
  26 </%doc>
  27
  28
  29
  30 <%args>
  31
  32 $person_id
  33 $locus
  34
  35 </%args>
  36
  37
  38 <%perl>
  39
  40
  41 use CXGN::Phenome::Locus;
  42 use CXGN::Marker;
  43 use CXGN::Cview::MapFactory;
  44 use CXGN::Cview::ChrMarkerImage;
  45
  46
  47
  48 my $maps = 1;
  49 my $lg_name = $locus->get_linkage_group();
  50 my $arm     = $locus->get_lg_arm();
  51 my $location_html = qq|<table><tr>|;
  52
  53 my @locus_marker_objs = $locus->get_locus_markers();    #array of locus_marker objects
  54 foreach my $lmo (@locus_marker_objs) {
  55   my $marker_id = $lmo->get_marker_id();    #{marker_id};
  56   my $marker = CXGN::Marker->new( $locus->get_dbh(), $marker_id ); #a new marker object
  57   my $marker_name = $marker->name_that_marker();
  58   my $experiments = $marker->current_mapping_experiments();
  59   if (    $experiments
  60           and @{$experiments}
  61           and grep { $_->{location} } @{$experiments} )
  62     {
  63       my $count = 1;
  64       for my $experiment ( @{$experiments} ) {
  65         if ( my $loc = $experiment->{location} ) {
  66           my $map_version_id = $loc->map_version_id();
  67           my $lg_name        = $loc->lg_name();
  68           if ($map_version_id) {
  69             my $map_factory =
  70               CXGN::Cview::MapFactory->new( $locus->get_dbh() );
  71             my $map = $map_factory->create(
  72                                            { map_version_id => $map_version_id } );
  73             my $map_version_id = $map->get_id();
  74             my $map_name       = $map->get_short_name();
  75             my $chromosome =
  76               CXGN::Cview::ChrMarkerImage->new(
  77                  "", 250, 150, $locus->get_dbh(), $lg_name, $map, $marker_name,
  78                  $c->get_conf("basepath"),  $c->get_conf('tempfiles_subdir')."/cview",
  79                   );
  80             my ( $image_path, $image_url ) =
  81               $chromosome->get_image_filename();
  82             my $chr_link =
  83               qq|<img src="$image_url" usemap="#map$count" border="0" alt="" />|;
  84             $chr_link .=
  85               $chromosome->get_image_map("map$count") . "<br />";
  86             $chr_link .= $map_name;
  87             $count++;
  88             if ($maps > 2) {
  89               $maps = 1;
  90               $location_html .= "</tr><tr>" ;
  91             }
  92             $maps++;
  93             $location_html .= "<td>" . $chr_link . "</td>";
  94           }
  95         }
  96       }
  97     }
  98 }
  99
 100 #draw chromosome with marker-range for loci w/o associated marker, only a chromosome arm annotation
 101 if ( scalar(@locus_marker_objs) == 0 && $lg_name ) {
 102   my $organism = $locus->get_common_name();
 103   my %org_hash = (
 104                   'Tomato'   => 9,    #F2 2000 map
 105                   'Potato'   => 3,
 106                   'Eggplant' => 6,
 107                   'Pepper'   => 10
 108                  );
 109   my $map_id      = $org_hash{$organism};
 110   my $map_factory = CXGN::Cview::MapFactory->new( $locus->get_dbh() );
 111
 112   my $map = $map_factory->create( { map_id => $map_id } );
 113   if ($map) {
 114     my $map_name = $map->get_short_name();
 115     my ( $north, $south, $center ) = $map->get_centromere($lg_name);
 116
 117     my $dummy_name;
 118     $dummy_name = "$arm arm" if $arm;
 119     my $chr_image =
 120       CXGN::Cview::ChrMarkerImage->new( "", 250, 150, $locus->get_dbh(),
 121                                                   $lg_name, $map, $dummy_name, $c->get_conf("basepath"), $c->get_conf('tempfiles_subdir')."/cview");
 122
 123      my ($chr) = $chr_image->get_chromosomes();
 124
 125     my $range_marker = CXGN::Cview::Marker::RangeMarker->new($chr);
 126     my ( $offset, $nrange, $srange );
 127     if ( $arm eq 'short' ) {
 128       $offset = $nrange = $srange = $center / 2;
 129     }
 130     elsif ( $arm eq 'long' ) {
 131       my $stelomere = $chr->get_length();
 132       $offset = ( $center + $stelomere ) / 2;
 133       $nrange = $srange = ( $stelomere - $center ) / 2;
 134     }
 135     $range_marker->set_offset($offset);    #center of north/south arm
 136     $range_marker->set_north_range($nrange);
 137     $range_marker->set_south_range($srange);
 138     $range_marker->set_marker_name($dummy_name);
 139     if ( !$dummy_name ) { $range_marker->hide_label(); }
 140     $range_marker->set_label_spacer(20);
 141     $range_marker->get_label()->set_name($dummy_name);
 142     $range_marker->get_label->set_stacking_level(2);
 143     $chr->add_marker($range_marker);
 144     my ( $image_path, $image_url ) = $chr_image->get_image_filename();
 145     my $chr_link =
 146       qq|<img src="$image_url" usemap="#chr_arm_map" border="0" alt="" />|;
 147     $chr_link .= $chr_image->get_image_map("chr_arm_map") . "<br />";
 148     $chr_link .= $map_name;
 149     $location_html .= "<td>" . $chr_link . "</td>";
 150   }
 151 }
 152 $location_html .= "</tr></table>";
 153
 154
 155 </%perl>
 156
 157
 158 <% $location_html %>