mason/transcript/unigene_build/history_unigene_build_info.mas

   1 <%doc>
   2
   3 =head1 NAME
   4
   5  basic_unigene_build_info.mas
   6  Mason code to show history data for unigene_build web_page.
   7
   8 =cut
   9
  10 =head1 VERSION
  11
  12 0.1
  13
  14 =cut
  15
  16 =head1 SYNOPSIS
  17
  18 <& '/transcript/unigene_build/history_unigene_build_info.mas', schema => $schema, unigene_build => $unigene_build &>
  19
  20 where: $schema, a DBIx::Class::Schema object with the classes of SGN::Schema
  21        $unigene_build, an CXGN::Transcript::UnigeneBuild object
  22
  23 =cut
  24
  25 =head1 DESCRIPTION
  26
  27  It is a MASON module for the unigene_build.pl script to show information about the history of the unigene builds
  28
  29 =cut
  30
  31 =head 1 AUTHOR
  32
  33  Aureliano Bombarely (ab782@cornell.edu)
  34
  35 =cut
  36
  37 </%doc>
  38
  39
  40 <%args>
  41 $schema
  42 $unigene_build
  43 </%args>
  44
  45
  46 <%perl>
  47 use strict;
  48 use warnings;
  49
  50 use SGN::Schema;
  51 use CXGN::Transcript::UnigeneBuild;
  52 use CXGN::Page::FormattingHelpers  qw/ info_section_html info_table_html columnar_table_html page_title_html html_break_string /;
  53
  54
  55 my $history_html;
  56
  57 ## If there aren't any unigene_build that comes from unigene_build_detail it will do nothing.
  58 ## The error message will returned by basic information
  59
  60 my $unigene_build_id = $unigene_build->get_unigene_build_id();
  61
  62 ## Get the organism group id to use in a search
  63
  64 my $organism_group_id = $unigene_build->get_organism_group_id();
  65 my $group_name = $unigene_build->get_organism_group_name();
  66
  67 my @unigene_data;
  68 if (defined $organism_group_id) {
  69
  70    ## Get the data from the sgn.method table
  71
  72    my @unigene_build_rows = $schema->resultset('UnigeneBuild')->search({ organism_group_id => $organism_group_id },
  73                                                                        { order_by => 'build_date' } );
  74    foreach my $unigene_build_row (@unigene_build_rows) {
  75        my %unigene_data = $unigene_build_row->get_columns();
  76        my $build_name = $group_name . '#' . $unigene_data{'build_nr'};
  77        my $status = '<font color="red"><i>Deprecated</i></font>';
  78        if ($unigene_data{'status'} eq 'C') {
  79            $status = '<font color="green"><b>CURRENT</b></font>';
  80        } elsif ($unigene_data{'status'} eq 'P') {
  81            $status = '<font color="orange"><i>Previous</i></font>';
  82        }
  83
  84        my $build_link = '<a href=/search/unigene_build.pl?id=' . $unigene_data{'unigene_build_id'} . '>' . $build_name . '</a>';
  85        if ($unigene_data{'unigene_build_id'} == $unigene_build_id) {
  86            push @unigene_data, [$unigene_data{'unigene_build_id'}, '<b>' . $build_link . '</b>', $status, $unigene_data{'build_date'}];
  87        } else {
  88            push @unigene_data, [$unigene_data{'unigene_build_id'}, $build_link, $status, $unigene_data{'build_date'}];
  89        }
  90    }
  91    ## Create the HTML table
  92
  93    $history_html = columnar_table_html( headings => ['Unigene build id', 'Build Name', 'Status', 'Date'],
  94                                         data    => \@unigene_data );
  95
  96 } else {
  97     $history_html = 'None history was found associated to this unigene build';
  98 }
  99
 100 my $history_content;
 101 if (defined $unigene_build_id) {
 102     $history_content = info_section_html( title         => "Unigene Build History",
 103                                            contents     => $history_html,
 104                                            collapsible  => 1,
 105                                            collapsed    => 0, );
 106
 107 }
 108
 109 </%perl>
 110
 111 <% $history_content %>