mason/gem/template/basic_template_info.mas

   1 <%doc>
   2
   3 =head1 NAME
   4
   5  basic_template_info.mas
   6  Mason component to show the basic information for template web page.
   7
   8 =cut
   9
  10 =head1 VERSION
  11
  12 0.1
  13
  14 =cut
  15
  16 =head1 DESCRIPTION
  17
  18  Mason component to show the basic information for template web page.
  19
  20  - Mason root page = template_detail.mas
  21  - Perl controller = template.pl
  22
  23 =cut
  24
  25 =head 1 AUTHOR
  26
  27  Aureliano Bombarely (ab782@cornell.edu)
  28
  29 =cut
  30
  31 </%doc>
  32
  33
  34 <%args>
  35 $template
  36 </%args>
  37
  38
  39 <%perl>
  40
  41 use strict;
  42 use warnings;
  43
  44 use CXGN::GEM::Schema;
  45 use CXGN::Chado::Dbxref;
  46 use CXGN::Page::FormattingHelpers  qw/ info_section_html info_table_html columnar_table_html page_title_html html_break_string /;
  47
  48 my $basic_info_content;
  49 my $element_info_content;
  50 my $template_accession;
  51
  52 my $default_message = '<span class="ghosted">data not available</span>';
  53
  54 ## If there aren't any template that comes from template_detail.mas, it will return a message.
  55
  56 if (defined $template->get_template_id() ) {
  57
  58     ## Get the template object
  59
  60     my $template_name = $template->get_template_name();
  61     $template_accession = $template_name;
  62
  63     my $template_type = $template->get_template_type();
  64
  65     ## Get the schema object
  66
  67     my $schema = $template->get_schema();
  68
  69     ## Get the platform link:
  70
  71     my $platform = $template->get_platform();
  72
  73     my $platform_id = $platform->get_platform_id();
  74     my $platform_name = $platform->get_platform_name();
  75     my $platform_link = '/gem/platform.pl?id='.$platform_id;
  76     my $platform_html = "<a href=$platform_link>$platform_name</a><br>";
  77
  78     ## Get dbiref links
  79
  80     my @dbirefs = $template->get_dbiref_obj_list();
  81     my @dbiref_html_list = ();
  82
  83     foreach my $dbiref (@dbirefs) {
  84         my $accession = $dbiref->get_accession();
  85         my @dbipath = $dbiref->get_dbipath_obj()
  86                              ->get_dbipath();
  87
  88         my $dbipath = join('.', @dbipath);
  89
  90         ## Define dbiref_html as accession and change depending of the dbiref type
  91
  92         my $dbiref_html = $accession;
  93
  94         if ($dbipath eq 'sgn.unigene.unigene_id') {
  95             unless ($accession =~ m/SGN-U/) {
  96                 $dbiref_html = '<a href=/search/unigene.pl?unigene_id=SGN-U' . $accession . '>SGN-U' . $accession . '</a>';
  97             }
  98             else {
  99                 $dbiref_html = '<a href=/search/unigene.pl?unigene_id=' . $accession . '>' . $accession . '</a>';
 100             }
 101         }
 102         elsif ($dbipath eq 'sgn.est.est_id') {
 103             unless ($accession =~ m/SGN-E/) {
 104                 $dbiref_html = '<a href=/search/est.pl?est_id=SGN-E' . $accession . '>SGN-E' . $accession . '</a>';
 105             }
 106             else {
 107                 $dbiref_html = '<a href=/search/est.pl?est_id=SGN-U' . $accession . '>SGN-E' . $accession . '</a>';
 108             }
 109         }
 110         push @dbiref_html_list, $dbiref_html;
 111     }
 112     my $dbiref_html_list = join('<br>', @dbiref_html_list) || $default_message;
 113
 114
 115     ## Get the external links
 116
 117     my @dbxref_list_id = $template->get_dbxref_list();
 118     my @dbxref_html_list = ();
 119
 120     foreach my $dbxref_id (@dbxref_list_id) {
 121         my ($dbxref_row) = $schema->resultset('General::Dbxref')
 122                                   ->search({ dbxref_id => $dbxref_id });
 123
 124         if (defined $dbxref_row) {
 125             my ($db_row) = $schema->resultset('General::Db')
 126                                   ->search({ db_id => $dbxref_row->get_column('db_id') });
 127
 128             my $db_name = $db_row->get_column('name');
 129
 130             ## Filter the db names
 131             if ($db_name =~ m/DB:GenBank_Accession/i ) {
 132                 $db_name = 'GenBank';
 133             }
 134
 135             my $dbxref_link = $db_row->get_column('urlprefix') . $db_row->get_column('url') . $dbxref_row->get_column('accession');
 136             my $dbxref_html = $db_name . ": <a href=$dbxref_link>".$dbxref_row->get_column('accession')."</a>";
 137             push @dbxref_html_list, $dbxref_html;
 138         }
 139     }
 140
 141     my $dbxref_html_list = join('<br>', @dbxref_html_list) || $default_message;
 142
 143     ## Create the HTML table
 144
 145     $basic_info_content = <<HTML;
 146
 147     <table width="100%">
 148            <tr> <td width="25%"> <b>Template name:</b>              </td> <td> $template_name </td></tr>
 149            <tr> <td width="25%"> <b>Template type:</b>              </td> <td> $template_type </td></tr>
 150            <tr> <td width="25%"> <b>Platform:</b>                   </td> <td> $platform_html</td></tr>
 151            <tr> <td width="25%"> <b>Internal db links:</b>             </td> <td> $dbiref_html_list</td></tr>
 152            <tr> <td width="25%"> <b>External db links:</b>             </td> <td> $dbxref_html_list</td></tr>
 153     </table>
 154
 155     <br>
 156
 157 HTML
 158
 159
 160 } else {
 161    $basic_info_content = "<big>There aren't any template data for the specified parameters.</big>";
 162 }
 163
 164 my $basic_info_html;
 165 if (defined $template_accession) {
 166    $basic_info_html = "<center><big><b>Expression Template: $template_accession</b></big></center><br>";
 167 }
 168 $basic_info_html .= info_section_html( title => "Template Basic Information", contents => $basic_info_content );
 169
 170
 171 </%perl>
 172
 173 <% $basic_info_html %>
 174
 175 <&
 176    /util/import_javascript.mas,
 177    classes => 'CXGN.Effects'
 178 &>