mason/locus/index.mas

   1 <%args>
   2
   3   $action => 'view'
   4   $locus
   5   $locus_id
   6   $user => undef
   7   $dbh
   8   $xrefs
   9
  10 </%args>
  11 <%once>
  12   use CXGN::Sunshine::Browser;
  13   use CXGN::Page::FormattingHelpers qw / html_optional_show info_table_html /;
  14 </%once>
  15
  16 <%perl>
  17
  18 my $user_type = $user ? $user->get_user_type : '';
  19 my $person_id = $user ? $user->get_sp_person_id : 0;
  20
  21 my $this_page = "/phenome/locus_display.pl?locus_id=$locus_id";
  22 my $locus_xml = $locus_id ? qq |<a href = "generic_gene_page.pl?locus_id=$locus_id">Download GMOD XML</a>|
  23   : qq |<span class="ghosted">Download GMOD XML</span>|;
  24 my $editor_note =
  25   qq |<a href="/phenome/editors_note.pl">Note to Editors</a>|;
  26 my $guide_html =
  27   qq|<a href="http://docs.google.com/View?docid=ddhncntn_0cz2wj6">Annotation guidelines</a>|;
  28
  29 my $common_name = $locus->get_common_name();
  30 my @owners = $locus->get_owners();
  31 my $owner_objects= $locus->get_owners(1);
  32
  33 my $locus_name = $locus->get_locus_name();
  34 my $owner;
  35 if ( $locus_name && ( $user_type eq 'curator' || $person_id && grep { $_ == $person_id } @owners  ) ) {  $owner = 1; }
  36 my $registry = $locus->get_associated_registry();
  37
  38 my @synonyms = $locus->get_locus_aliases('f','f');
  39 my @figures = $locus->get_figure_ids();
  40
  41 my $figure_subtitle =
  42   !(grep { /^$user_type$/ } ('curator', 'submitter', 'sequencer') ) ?
  43   "<span class= \"ghosted\">[Add notes, figures or images]</span> "
  44   : " <a href=\"/image/add?type_id=$locus_id&type=locus&action=new&refering_page=$this_page\">[ Add notes, figures or images]</a>" ;
  45
  46 my $ind_subtitle =
  47   !(grep { /^$user_type$/ } ('curator', 'submitter', 'sequencer') ) ?
  48   '<span class= "ghosted">[Associate accession]</span> '
  49   : '<a href="javascript:Tools.toggleContent(\'associateIndividualForm\', \'locus_accessions\')">[Associate accession]</a> ';
  50
  51 my @accessions = $locus->get_individuals();
  52
  53 my @alleles = $locus->get_alleles();    #array of allele objects
  54
  55 my $allele_subtitle =
  56   !(grep { /^$user_type$/ } ('curator', 'submitter', 'sequencer') ) ?
  57   '<span class="ghosted">[Add new Allele]</span>'
  58   : "<a href=\"/phenome/allele.pl?locus_id=$locus_id&amp;action=new\">[Add new allele]</a>";
  59
  60
  61 my $al_subtitle =
  62   !(grep { /^$user_type$/ } ('curator', 'submitter', 'sequencer') ) ?
  63   '<span class="ghosted">[Associate new locus]</span>'
  64   : '<a href="javascript:Tools.toggleContent(\'associateLocusForm\', \'locus2locus\');Tools.getOrganisms()">[Associate new locus]</a> ';
  65
  66 my $collapsed = $locus->count_associated_loci() ? 1 : 0 ;
  67
  68 my $network_sub = $collapsed ?
  69   "View <b>$locus_name</b> relationships in the stand-alone <a href=\"/tools/networkbrowser/?type=locus&name=$locus_id\">network browser</a>" : '';
  70
  71 #get list of current unigenes
  72 my @unigenes= $locus->get_unigenes({ current=>1});
  73
  74
  75 my $new_unigene_link =
  76   !(grep { /^$user_type$/ } ('curator', 'submitter', 'sequencer') ) ?
  77   '<span class= "ghosted">[Associate new unigene]</span> '
  78   : '<a href="javascript:Tools.toggleContent(\'associateUnigeneForm\', \'unigenes\' )">[Associate new unigene]</a>';
  79
  80
  81 my %dbxrefs = $locus->get_all_dbxrefs();
  82
  83 my $tgrc;
  84 foreach ( @{ $dbxrefs{'tgrc'} } ) {
  85   if ( $_->[1] eq '0' ) {
  86     my $url       = $_->[0]->get_urlprefix() . $_->[0]->get_url();
  87     my $accession = $_->[0]->get_accession();
  88     $tgrc .=
  89       qq|<br>$locus_name is a <a href="$url$accession" target="blank">TGRC gene</a><br />|;
  90   }
  91 }
  92
  93 my @sorted_pubs =  defined @{ $dbxrefs{PMID} } ? sort { $a->[0]->get_accession() <=> $b->[0]->get_accession() } @{ $dbxrefs{PMID} } : () ;
  94
  95 my @sgn_ref =  defined ( @{ $dbxrefs{SGN_ref} } ) ? @{ $dbxrefs{SGN_ref} } : () ;
  96
  97 @sorted_pubs = ( @sorted_pubs, @sgn_ref );
  98 my $pub_count = scalar (@sorted_pubs) ;
  99
 100 my $pub_subtitle = !(grep { /^$user_type$/ } ('curator', 'submitter', 'sequencer') ) ?  qq|<span class=\"ghosted\">[Associate publication]</span>|
 101   : qq|<a href="/chado/add_publication.pl?type=locus&amp;type_id=$locus_id&amp;refering_page=$this_page&amp;action=new"> [Associate publication] </a>|;
 102
 103 $pub_subtitle .=
 104   qq | <a href="javascript:void(0)"onclick="window.open('locus_pub_rank.pl?locus_id=$locus_id','publication_list','width=600,height=400,status=1,location=1,scrollbars=1')">[Matching publications]</a> |;
 105
 106 my ($genbank, $gb_count);
 107 foreach  my $g  ( @{ $dbxrefs{'DB:GenBank_GI'} } )  {
 108   if ( $g->[1] eq '0' ) {
 109     my $url = $g->[0]->get_urlprefix() . $g->[0]->get_url();
 110     my $gb_accession =
 111       $locus->CXGN::Chado::Feature::get_feature_name_by_gi( $g->[0]->get_accession() );
 112     my $description = $g->[0]->get_description();
 113     $genbank .=
 114       qq|<a href="$url$gb_accession" target="blank">$gb_accession</a> $description<br />|;
 115     $gb_count++;
 116   }
 117 }
 118 my $seq_count = $gb_count + scalar(@unigenes);
 119
 120 my $ont_count = $locus->count_ontology_annotations();
 121
 122 my $ontology_subtitle =  !(grep { /^$user_type$/ } ('curator', 'submitter', 'sequencer') ) ?  qq |<span class = "ghosted"> [Add ontology annotations]</span> |
 123   :  qq|<a href="javascript:Tools.toggleContent('associateOntologyForm', 'locus_ontology')">[Add ontology annotations]</a> |;
 124
 125
 126 </%perl>
 127
 128 <& /util/import_javascript.mas, classes => ["Prototype", "jquery", "thickbox", "CXGN.Page.FormattingHelpers", "CXGN.Phenome.Locus", "CXGN.Phenome.Tools", "CXGN.Phenome.Locus.LocusPage", "CXGN.Sunshine.NetworkBrowser"] &>
 129
 130
 131 <& /locus/initialize.mas, locus_id => $locus_id  &>
 132
 133 <& /page/page_title.mas, title=> "$common_name locus ".$locus->get_locus_name &>
 134
 135 <&| /page/info_section.mas, title=>"Locus details" , subtitle => "$locus_xml | $editor_note | $guide_html" &>
 136
 137   <& /page/form.mas, object_type=>'locus', object_id=>"$locus_id", form_name=> 'locus_form', server_side_script => '/jsforms/locus_ajax_form.pl', form_div_name=>'locus_details', js_object_name=> 'locusForm', page_url => '/phenome/locus_display.pl'  &>
 138
 139 <table><tr><td>
 140       <table>
 141         <tr><td>
 142             <& /locus/registry.mas , person_id=>"$person_id", locus_id=>"$locus_id" , owner=>"$owner", registry=>"$registry" &>
 143               <& /locus/synonym.mas ,  locus_id=>"$locus_id" , synonyms=>\@synonyms &>
 144
 145 <% $tgrc %>
 146
 147   <& /locus/locus_editor.mas, owners=>$owner_objects  &>
 148   <a href="claim_locus_ownership.pl?locus_id=<% $locus_id %>&amp;action=confirm"> [Request editor privileges]</a><br /><br />
 149   <& /locus/edits_info.mas, locus=>$locus  &>
 150   </td></tr>
 151       </table>
 152     </td>
 153   <td><table><tr><td>
 154   <& /locus/map_location.mas, person_id=>"$person_id", locus=>$locus  &>
 155   </td></tr></table></td></tr>
 156 </table>
 157   </&>
 158
 159 % if($owner) {
 160     <&| /page/info_section.mas, title=>"Locus history", collapsible=>1, collapsed=>1 &>
 161       <& /locus/history.mas, locus=>$locus  &>
 162 </&>
 163
 164 % }
 165 % if ( $locus_name && ($user_type eq 'curator')) {
 166 <&| /page/info_section.mas, title=>"Curator tools",  collapsible=>1, collapsed=>1 &>
 167   <& /locus/merge_locus.mas , locus_id=>"$locus_id" , common_name=>"$common_name" &>
 168     <& /phenome/assign_owner.mas , object_id=>"$locus_id" , object_type=>"locus" &>
 169
 170 </&>
 171 % }
 172
 173 <&| /page/info_section.mas, title=>"Notes and figures (" .  scalar(@figures)  . ")", subtitle => "$figure_subtitle", collapsible=>1, collapsed=>1 &>
 174   <& /phenome/print_images.mas , images=>\@figures , dbh=>$dbh &>
 175
 176 </&>
 177
 178 <&| /page/info_section.mas, title=>"Accessions and images (" .  scalar(@accessions)  . ")", subtitle => "$ind_subtitle", id=>"locus_accessions", collapsible=>1, collapsed=>1 &>
 179   <& /phenome/associate_accession_form.mas , locus_id=>$locus_id, person_id=>$person_id &>
 180     <& /phenome/associated_accessions.mas , accessions=>\@accessions, dbh=>$dbh &>
 181
 182 </&>
 183
 184 <&| /page/info_section.mas, title=>"Alleles (" .  scalar(@alleles)  . ")", subtitle => "$allele_subtitle", collapsible=>1, collapsed=>1 &>
 185
 186   <& /phenome/allele.mas, alleles=>\@alleles, user=>$user &>
 187
 188 </&>
 189
 190
 191 <&| /page/info_section.mas, title=>"Associated loci (" .  $locus->count_associated_loci() . ")", subtitle => "$al_subtitle", id=>"locus2locus", collapsible=>1, collapsed=>1 &>
 192
 193   <& /locus/associate_locus.mas, locus_id=>$locus_id &>
 194     <& /locus/network.mas  &>
 195
 196 </&>
 197
 198 <&| /page/info_section.mas, title=>"Associated loci - graphical view", subtitle=>$network_sub, collapsible=>1, collapsed=>$collapsed &>
 199
 200 %  print CXGN::Sunshine::Browser::include_on_page( 'locus', $locus_id ) if $network_sub ;
 201
 202 </&>
 203
 204
 205 <&| /page/info_section.mas,
 206     title       => "SolCyc links",
 207   id          => "solcyc",
 208   collapsible => 1,
 209   collapsed   => 1,
 210   &>
 211   <& /locus/solcyc.mas , locus_id=>$locus_id  &>
 212
 213 </&>
 214
 215
 216 <&| /page/info_section.mas, title=>"Sequence annotations ($seq_count)" , collapsible=>1, collapsed=>1 &>
 217
 218    <&| /page/info_section.mas, title => "Gene model matches",
 219        collapsible   => 1,
 220        collapsed     => 0,
 221        is_subsection => 1,
 222     &>
 223
 224        <& /locus/locus_gene_model_matches.mas, locus => $locus, xrefs => $xrefs &>
 225
 226    </&>
 227
 228
 229    <&| /page/info_section.mas, title => "SGN Unigenes",
 230        id => 'unigenes',
 231        subtitle => $new_unigene_link,
 232        collapsible => 1,
 233        collapsed =>  0 ,
 234        is_subsection => 1,
 235     &>
 236         <& /locus/associate_unigene.mas, locus_id=>$locus_id &>
 237         <& /locus/locus_unigenes.mas &>
 238     </&>
 239
 240     <&| /page/info_section.mas, title => "GenBank accessions",
 241              subtitle => <<"",
 242 <a href="/chado/add_feature.pl?type=locus;type_id=$locus_id;refering_page=$this_page;action=new">[Associate new genbank sequence]</a>
 243
 244              collapsible => 1,
 245              collapsed =>  0 ,
 246              is_subsection => 1,
 247         &>
 248         <% $genbank %>
 249    </&>
 250
 251    <&| /page/info_section.mas,
 252        title         => "Other genome matches",
 253        collapsible   => 1,
 254        collapsed     => 1,
 255        is_subsection => 1,
 256     &>
 257
 258        <& /locus/locus_genomic_annotations.mas, locus => $locus &>
 259
 260    </&>
 261
 262 </&>
 263
 264 <&| /page/info_section.mas, title=>"Literature annotations ($pub_count)" , subtitle=>$pub_subtitle, id=>"publications" , collapsible=>1, collapsed=>1 &>
 265
 266 % my $pub_count = 0;
 267 % foreach my $d ( @sorted_pubs ) {
 268 %  if ( $d->[1] eq '0') { #if the dbxref is not obsolete
 269 %   my $pub = CXGN::Chado::Publication->new($dbh, $d->[0]->get_publication()->get_pub_id() );
 270   <& /chado/publication.mas, pub=>$pub, count=>$pub_count++, db=>$d->[0]->get_db_name(), accession=>$d->[0]->get_accession() &>
 271     <br >
 272 %  }
 273 % }
 274
 275 </&>
 276
 277 <& /locus/ontology.mas,
 278         title     => "Ontology annotations ($ont_count)" ,
 279         subtitle  => $ontology_subtitle,
 280         collapsed => 1,
 281         locus_id  => $locus_id,
 282 &>
 283
 284 <&| /page/info_section.mas,
 285      title       => 'Related views',
 286      collapsible => 1,
 287  &>
 288
 289      <& /sitefeatures/mixed/xref_set/link.mas,
 290         xrefs => [ grep { $_->feature->feature_name ne 'gbrowse2' } @$xrefs ],
 291       &>
 292
 293 </&>
 294
 295 <& /page/comments.mas, object_type=>'locus', object_id=>$locus_id, referer=>$this_page &>