mason/markers/cosii_files.mas

   1
   2 <%doc>
   3
   4 =head1 NAME
   5
   6 /markers/cosii_files.mas - a Mason component displaying information about cosii associated information in files
   7
   8 =head1 DESCRIPTION
   9
  10 parameters
  11
  12 =over 5
  13
  14 =item *
  15
  16 $marker - a CXGN::Marker object.
  17
  18 =back
  19
  20 =head1 AUTHOR
  21
  22 Lukas Mueller <lam87@cornell.edu>
  23
  24 =cut
  25
  26 </%doc>
  27
  28 <%args>
  29 $marker
  30 </%args>
  31
  32 <%perl>
  33
  34 use CXGN::Accession::Tools;
  35
  36 my $marker_name = $marker->get_name();
  37 my $dbh = $marker->{dbh};
  38   unless($marker->is_in_collection('COSII')){return'';}
  39 my($html,$html1,$html2,$html3,$html4,$html5,$html6)=('','','','','','');
  40 my $header = "<hr />";
  41 my $cosii_files=cosii_data_files( $marker, $c->config )->{all_other_data_files};
  42
  43 for my $additional_data_file(sort {$a cmp $b} @{$cosii_files}) {
  44   my $description='';
  45   my $real_location=$additional_data_file;
  46   my $data_shared_website_path=$c->config->{'static_datasets_path'};
  47   $real_location=~s/$data_shared_website_path//;
  48   $real_location=URI::Escape::uri_escape($real_location);
  49   my $display_name=$additional_data_file;
  50   my $view_link='';
  51   if($additional_data_file=~/([^\/]+)$/){$display_name=$1;}
  52   if($display_name=~/\.blastx$/) {
  53     $description = 'BLASTX result of original unigene sequences against Arabidopsis protein database';
  54     $html1.="<a href=\"$additional_data_file\">$description</a><br />";
  55   }
  56   elsif($display_name=~/[^FRfr]+\.cds\.fasta$/) {
  57     $description = 'Alignment of Arabidopsis CDS and edited Asterid unigenes, FASTA';
  58     $html2.="<a href=\"$additional_data_file\">$description</a><br />";
  59   }
  60   elsif($display_name=~/\.aligned2aa$/) {
  61     $description= 'Alignment of DNA and translated peptides from Arabidopsis CDS and edited Asterid unigenes, plain text';
  62     $html2.="<a href=\"$additional_data_file\">$description</a><br />";
  63   }
  64   elsif($display_name=~/\.pep\.aln$/) {
  65     $description = 'Alignment of translated peptides from Arabidopsis CDS and edited Asterid unigenes, ClustalW';
  66     $html2.="<a href=\"$additional_data_file\">$description</a><br />";
  67   }
  68   elsif($display_name=~/\.pep\.fasta$/) {
  69     $description='Alignment of translated peptides from Arabidopsis CDS and edited Asterid unigenes, FASTA';
  70     $html2.="<a href=\"$additional_data_file\">$description</a><br />";
  71   }
  72   elsif($display_name=~/\.cds\.nex$/) {
  73     $description='Input file for PAUP, NEXUS format';
  74     $html3.="<a href=\"$additional_data_file\">$description</a><br />";
  75   }
  76   elsif($display_name=~/\.ml\.tre$/) {
  77     $description='Phylogenetic tree';
  78     $html3.="<a href=\"$additional_data_file\">$description</a><br />";
  79     my $file_url=URI::Escape::uri_escape($additional_data_file);
  80     $html3.="<a href=\"$additional_data_file\">$description</a>&nbsp;&nbsp;&nbsp;|&nbsp;&nbsp;&nbsp;<a href=\"/tools/tree_browser/?shared_file=$file_url\">[View]</a><br />";
  81   }
  82   elsif($display_name=~/\.cds\.fasta$/) {
  83     $description = 'Amplicon sequence alignment, FASTA';
  84     $html4.="<a href=\"$additional_data_file\">$description</a><br />";
  85   }
  86   elsif($display_name=~/\.txt$/ or $display_name=~/\.seq$/) {
  87     $description=&_cosii_additional_description($dbh, $display_name).", plain text";
  88     $html4.="<a href=\"$additional_data_file\">$description</a><br />";
  89   }
  90   elsif($display_name=~/\.pdf$/) {
  91     $description=&_cosii_additional_description($dbh, $display_name).", PDF chromatogram";
  92     $html4.="<a href=\"$additional_data_file\">$description</a><br />";
  93   }
  94   elsif($display_name=~/\.ab1$/) {
  95     $description=&_cosii_additional_description($dbh, $display_name).", AB1 chromatogram";
  96     $view_link=" - <a href=\"/tools/trace_view.pl?file=$real_location\">[View]</a>";
  97     $html4.="<a href=\"$additional_data_file\">$description</a> $view_link<br />";
  98   }
  99   elsif($display_name=~/\.cds\.txt$/) {
 100     $description = 'Original unigene seqs and Arabidopsis CDS seq, FASTA';
 101     #display nothing
 102   }
 103   else {
 104     $description=$display_name;
 105     $html6.="<a href=\"$additional_data_file\">$description</a><br />";
 106   }
 107 }
 108
 109 my $html7 = &cosii_files_html_2($dbh, $marker_name);
 110
 111 if($html1){$html.=$header.$html1;}
 112 if($html2){$html.=$header.$html2;}
 113 if($html3){$html.=$header.$html3;}
 114 if($html4){$html.=$header.$html4;}
 115 if($html5){$html.=$header.$html5;}
 116 if($html6){$html.=$header.$html6;}
 117 if($html7){$html.=$html7;}
 118 if($html){$html.=$header;}
 119 if($html) {
 120   print  CXGN::Page::FormattingHelpers::blue_section_html('Other COSII sequence data',$html);
 121 }
 122 else{ print '';}
 123
 124 sub cosii_files_html_2 {
 125   my $dbh = shift;
 126   my $marker_name = shift;
 127
 128
 129     $marker_name =~ s/C2_At//;
 130     my $html;
 131
 132     my $table = "forward_amplicon_sequence_markers";
 133
 134     my $select = "select ending from $table where marker_name = '$marker_name' order by ending;";
 135
 136     my $sth = $dbh->prepare("$select");
 137     $sth->execute;
 138
 139     while (my $ending = $sth->fetchrow()) {
 140         $html .= &get_information($dbh, $marker_name, $ending);
 141     }
 142
 143     $sth->finish;
 144
 145     return $html;
 146 }
 147
 148
 149 sub get_information {
 150     my ($dbh, $marker,$ending) = @_;
 151
 152     my $cosii_file = $c->config->{'cosii_files'};
 153
 154     my $table = "forward_amplicon_sequence_information";
 155     my $html;
 156
 157     my ($number, $dashnumber, $parennumber) = "";
 158     if ($ending =~ /(\w+)-(\d+)/) {
 159         $ending = $1;
 160         $number = $2;
 161         $dashnumber = "-$number";
 162         $parennumber = " ($number)";
 163     }
 164     my $select = "select organism_name, accession_id, plant_number "
 165         . "from $table where ending = '$ending';";
 166     my $sth = $dbh->prepare("$select");
 167     $sth->execute;
 168     my ($organism, $accession, $plant) = $sth->fetchrow();
 169
 170     ($plant eq '0') ? ($plant="") : ($plant = " plant #$plant");
 171         ($accession eq '0') ? ($accession="") : ($accession=" $accession");
 172
 173     my $ab1 = "$cosii_file/ab1/$marker-$ending$dashnumber.ab1";
 174     my $seq = "$cosii_file/seq/$marker-$ending$dashnumber.seq";
 175     my $text = "Forward amplicon sequence for $organism$accession$plant$parennumber,";
 176
 177     $html .= "<a href=\"$ab1\">$text AB1 chromatogram</a> - "
 178         . "<a href=\"/tools/trace_view.pl?file=$ab1\">[View]</a><br />"
 179         . "<a href=\"$seq\">$text plain text</a><br />";
 180     $sth->finish;
 181
 182     return $html;
 183 }
 184
 185 sub _cosii_additional_description {
 186     my($dbh, $display_name)=@_;
 187     my $additional_description='';
 188     if($display_name=~/([FRfr])(\d+)[\-\.]/) {
 189         my $direction=$1;
 190         my $accession_abbr=$2;
 191
 192         if($direction=~/[fF]/){$additional_description='Forward';}
 193         if($direction=~/[rR]/){$additional_description='Reverse';}
 194         if($accession_abbr) {
 195             my @accession_ids=CXGN::Accession::Tools::partial_name_to_ids($dbh,$accession_abbr);
 196             if(@accession_ids==1) {
 197                 my $accession_object=CXGN::Accession->new($dbh,$accession_ids[0]);
 198                 $additional_description.=' amplicon sequence for '.$accession_object->verbose_name();
 199             }
 200             else {
 201                 $additional_description.=" sequence for $accession_abbr";
 202             }
 203         }
 204     }
 205     else {
 206         $additional_description=$display_name;
 207     }
 208     return $additional_description;
 209 }
 210
 211
 212
 213 sub cosii_data_files {
 214     my ($marker, $conf) = @_;
 215
 216     unless($marker->is_in_collection('COSII')){return;}
 217     my $cosii_data_files={};
 218     my $seq_file_search_string=CXGN::Marker::Tools::cosii_name_to_seq_file_search_string($marker->name_that_marker());
 219     my $data_shared_website_path=$conf->{'static_datasets_path'};
 220     my $additional_data_files_string=`find $data_shared_website_path/cosii -type f -iregex ".*$seq_file_search_string.*"`;
 221     my @files=split("\n",$additional_data_files_string);
 222     my @edited_seq_files;
 223     my @peptide_seq_files;
 224     my @intron_seq_files;
 225     my @all_other_data_files;
 226     for my $file(@files) {
 227         my $data_shared_url=$conf->{'static_datasets_url'};
 228         $file=~s/$data_shared_website_path/$data_shared_url/;
 229         if($file=~/\.cds\.txt\.modify$/) {
 230             push(@edited_seq_files,$file);
 231         }
 232         elsif($file=~/\.pep\.txt$/) {
 233             push(@peptide_seq_files,$file);
 234         }
 235         elsif($file=~/\.intron.txt$/) {
 236             push(@intron_seq_files,$file);
 237         }
 238         else {
 239             push(@all_other_data_files,$file);
 240         }
 241     }
 242     $cosii_data_files->{edited_seq_files}=\@edited_seq_files;
 243     $cosii_data_files->{peptide_seq_files}=\@peptide_seq_files;
 244     $cosii_data_files->{intron_seq_files}=\@intron_seq_files;
 245     $cosii_data_files->{all_other_data_files}=\@all_other_data_files;
 246     $cosii_data_files->{all_files}=\@files;
 247     return $cosii_data_files;
 248 }
 249
 250
 251 </%perl>
 252
 253 <% $html %>