mason/tools/blast/index.mas

   1
   2 <%doc>
   3 </%doc>
   4
   5 <%args>
   6   $preselected_database => ''
   7   $preselected_category => ''
   8   $dataset_groups => []
   9   $databases => {}
  10   $programs
  11   @input_options => ()
  12   @parse_options => ()
  13   $preload_seq => ''
  14   $preload_id => ''
  15   $preload_type => ''
  16   $blast_db_icons
  17 </%args>
  18
  19 <%perl>
  20   use JSON::Any;
  21
  22   my $menus = {};
  23   foreach my $d (keys(%$databases)) {
  24      $menus->{$d} = $m->scomp('/page/html_select.mas', name=>"database", params=>"class\=\"form-control input-sm blast_select_box\"", id=>"database", choices => [ @{$databases->{$d}} ], selected=> $preselected_database );
  25   }
  26
  27   my $substitution_matrix_select = $m->scomp('/page/html_select.mas',
  28      name=>"matrix",
  29      params=>"class\=\"form-control input-sm blast_select_box\"",
  30      id=>"matrix",
  31      choices => [  [ 'BLOSUM62', 'BLOSUM62 (default)' ],
  32                    [ 'BLOSUM80', 'BLOSUM80 (recent divergence)' ],
  33                  [ 'BLOSUM45', 'BLOSUM45 (ancient divergence)' ],
  34                  'PAM30',
  35                  'PAM70',
  36   ]);
  37
  38   #print STDERR "INPUT OPTIONS: ".Data::Dumper::Dumper(\@input_options);
  39   my $input_options_select = $m->scomp('/page/html_select.mas', name=>'input_options', params=>"class\=\"form-control input-sm blast_select_box\"", id=>'input_options',
  40     choices => \@input_options, selected=>$preload_type,
  41   );
  42
  43   # array with the preselected output formats
  44   my @parse_options_selected = ();
  45   foreach my $po (@parse_options) {
  46     if ($po->[0] eq "SGN") {
  47       push @parse_options_selected, $po;
  48     }
  49     # if (($po->[0] ne "Basic") && ($po->[0] ne "Table") && ($po->[0] ne "Coverage") && ($po->[0] ne "SGN")) {
  50     #   push @parse_options_selected, $po;
  51     # }
  52   }
  53
  54   # output formats alphabetically sorted
  55   my $parse_options_select = $m->scomp('/page/html_select.mas', name=>'parse_options', id=>'parse_options', params=>"size = \"6\" class\=\"form-control input-sm blast_select_box\"", choices => [sort (map { $_->[0] } @parse_options) ], multiple=>1, selected=> [ sort ( map { $_->[0] } @parse_options_selected) ] );
  56
  57   # print STDERR "OUTPUT OPTIONS: ".(join ", ", (sort (map { $_->[0] } @parse_options) ))."\n";
  58   # print STDERR "OUTPUT SELECTED: ".(join ", ", (sort (map { $_->[0] } @parse_options_selected) ))."\n";
  59
  60   my $db_type = {};
  61
  62   foreach my $g (keys %$databases) {
  63     foreach my $d (@{$databases->{$g}}) {
  64        $db_type->{$d->[0]} = $d->[2];
  65     }
  66   }
  67   my $database_type_json = JSON::Any->encode($db_type);
  68
  69   #print STDERR Data::Dumper::Dumper($database_type_json);
  70
  71   my $q_type = {};
  72   my $q_example = {};
  73
  74   foreach my $t (@input_options) {
  75     $q_type->{$t->[1]} = $t->[2];
  76     $q_example->{$t->[1]} = $t->[3];
  77   }
  78
  79   #print STDERR Data::Dumper::Dumper($q_type);
  80   my $input_option_json = JSON::Any->encode($q_type);
  81   my $input_example_json = JSON::Any->encode($q_example);
  82
  83   my $preload = "";
  84   if ($preload_id && $preload_type) {
  85     $preload = $preload_id;
  86   }
  87
  88   if ($preload_seq) {
  89     $preload = $preload_seq;
  90   }
  91
  92   #print STDERR "MENUS: ".Data::Dumper::Dumper($menus);
  93
  94 </%perl>
  95
  96 <& /util/import_javascript.mas, classes => [ 'CXGN.Blast' , 'jqueryui'] &>
  97
  98 <& /page/page_title.mas, title=>"BLAST" &>
  99
 100 <&| /page/info_section.mas, id=>"input_parameter_section", title=>"Input parameters", collapsible=>1, collapsed=>0, subtitle=>'<a class="btn btn-link pull-right" href="/help/tools/blast" target="_blank">Help <span class="glyphicon glyphicon-question-sign"></span></a>' &>
 101   <input type="hidden" name="outformat" value="0" />
 102
 103   <div class="form-group form-inline">
 104         <label class="blast_select_label" for="dataset_select">Categories &nbsp; </label>
 105
 106     <& /page/html_select.mas, name=>'Datasets', choices=> $dataset_groups, id=>"dataset_select", name=>"dataset_select", params=>"class\=\"form-control input-sm blast_select_box\"", selected=>"$preselected_category" &>
 107
 108 % if ($blast_db_icons) {
 109 <!-- images to get direct access to the model plant dbs. db_id is the blast_db_id on the SGN database -->
 110 <img class="fruit_icon" height="25" src="/documents/img/blast_icons/tomato.png" db_id="28" title="Tomato current DB">
 111 <img class="fruit_icon" height="18" src="/documents/img/blast_icons/potato.png" db_id="10" title="Potato current DB">
 112 <img class="fruit_icon" height="25" src="/documents/img/blast_icons/pepper.png" db_id="21" title="Pepper current DB">
 113 <img class="fruit_icon" height="25" src="/documents/img/blast_icons/eggplant.png" db_id="29" title="Eggplant current DB">
 114 <img class="fruit_icon" height="25" src="/documents/img/blast_icons/benth.png" db_id="9" title="N.benthamiana current DB">
 115 % }
 116
 117 <br>
 118
 119     <label class="blast_select_label" for="database_select">Database &nbsp; </label>
 120
 121     <span id='database_select' ></span><a style="font-size: 80%" title="View details of each database" href="/tools/blast/dbinfo">db details</a>
 122     <br>
 123
 124     <label class="blast_select_label" for="program_select">Program &nbsp; </label>
 125     <& /page/html_select.mas, name=>'program_select', id=>'program_select', params=>"class\=\"form-control input-sm blast_select_box\"", choices=>$programs &>
 126     <br>
 127
 128     <label class="blast_select_label" for="input_example">Query &nbsp; </label>
 129     <% $input_options_select %><a id="input_example" style="font-size: 80%;cursor:pointer;">Show example</a>
 130   </div>
 131
 132     <textarea name="sequence" id="sequence" class="form-control" rows="8" cols="80"><% $preload %></textarea></td></tr>
 133     <br>
 134
 135         <div style="text-align: center">
 136           <button class="btn btn-primary" id="submit_blast_button" type="submit" name="search" value="Search">BLAST</button>
 137         </div>
 138         <br />
 139
 140 <&| /page/info_section.mas, title=>"Advanced Options", collapsible=>1, collapsed =>1, is_subsection=>"1" &>
 141
 142         <& /page/info_table.mas, title=>'', data => [
 143           'Expect (e-value) Threshold' => '<input id="evalue" class="blast_select_box form-control" type="text" size="6" value="1e-10" name="expect" />',
 144           'Substitution Matrix' => $substitution_matrix_select,
 145                 'Output Options' => $parse_options_select,
 146           'Max. hits to show' => '<input id="maxhits" class="blast_select_box form-control" type="text" name="maxhits" size="6" value="20" />',
 147           'Filters' => '<div class="checkbox"><label><input type="checkbox" name="filterq" checked="1" /> Filter Low complexity</label>',
 148           __multicol => 2,
 149           __border => 0,
 150           __tableattrs => 'width="80%"',
 151         ]
 152         &>
 153
 154 </&>
 155
 156 </&>
 157
 158 <&| /page/info_section.mas, title=>"Extract sequences from BLAST databases", collapsible=>1, collapsed =>1 &>
 159 <br>
 160 <div class="form-inline form-group" style="width:100%">
 161   <input class="form-control" value="putrescine" id="blast_desc"/>
 162   <button id="search_by_desc" class="btn btn-primary">Search</button>
 163   </div>
 164   <div class="well well-sm">Select a BLAST database and paste a gene name or description. Eg: Solyc07g063040 or ribulose</div>
 165 </&>
 166
 167 <&| /page/info_section.mas, title=>"Results", collapsible=>1, collapsed=>0, subtitle=>'<a id="download_table" class="download_tag" target="_blank" href="javascript:download_table();" title="Download results in tabular format">Table&#8675;</a>&nbsp;&nbsp;<a id="download_basic" class="download_tag" target="_blank" href="javascript:download();" title="Download results in basic format">Basic&#8675;</a>' &>
 168 <table>
 169   <tr><td><div id="prereqs"></div></td></tr>
 170   <tr><td><div id="Overview_output"></div></td></tr>
 171   <tr><td><div id="Coverage_output"></div></td></tr>
 172   <tr><td><div id="Table_output" style="min-width:900px;"></div></td></tr>
 173   <tr><td><div id="SGN_output"></div></td></tr>
 174   <tr><td><div id="Bioperl_output"></div></td></tr>
 175   <tr><td><div id="Basic_output"></div></td></tr>
 176 </table>
 177 </&>
 178
 179 <div id="jobid" style="display:none;"></div>
 180
 181 <div class="modal fade" id="myModal" role="dialog">
 182   <div class="modal-dialog modal-sm">
 183
 184     <!-- Modal content-->
 185     <div class="modal-content">
 186       <div class="modal-header">
 187         <h4 class="modal-title">BLAST status</h4>
 188       </div>
 189       <div class="modal-body">
 190         <center>
 191           <img src="/img/wheel.gif" />
 192           <p id="bs_working_msg"></p>
 193         </center>
 194       </div>
 195     </div>
 196
 197   </div>
 198 </div>
 199
 200
 201 <div class="modal fade" id="search_modal" role="dialog">
 202   <div class="modal-dialog modal-lg">
 203
 204     <!-- Modal content-->
 205   <div class="modal-content">
 206     <div class="modal-header">
 207       <button type="button" class="close" data-dismiss="modal">&times;</button>
 208       <h4 class="modal-title">Search Result</h4>
 209     </div>
 210
 211     <div class="modal-body">
 212       <p id="search_output" style="max-height:300px;overflow:scroll;"></p>
 213     </div>
 214
 215     <div class="modal-footer">
 216       <button type="button" class="btn btn-default" data-dismiss="modal">Close</button>
 217     </div>
 218   </div>
 219
 220   </div>
 221 </div>
 222
 223
 224
 225 <script>
 226
 227
 228 jQuery(document).ready(function() {
 229
 230         //function to select category and database when click on fruit images
 231         jQuery('.fruit_icon').click( function() {
 232                 var db_id = jQuery(this).attr('db_id');
 233
 234                 jQuery('#dataset_select').val(db_id);
 235                 swap_menu(db_id);
 236         });
 237
 238         swap_menu(jQuery('#dataset_select').find(':selected').attr('value'));
 239
 240         jQuery('#sequence').attr('spellcheck',false);
 241
 242         jQuery('#dataset_select').change( function() {
 243           var selectedId = jQuery('#dataset_select').find(':selected').attr('value');
 244           swap_menu(selectedId);
 245         });
 246
 247         var input_examples = eval(<% $input_example_json %>);
 248         var database_types = eval (<% $database_type_json %>);
 249         var input_option_types = eval(<% $input_option_json %>);
 250
 251         jQuery('#input_example').click( function() {
 252           jQuery('#sequence').html( input_examples[jQuery('#input_options').val() ] );
 253         });
 254
 255         jQuery('#submit_blast_button').click( function() {
 256                 var pasted_seq = jQuery('#sequence').val();
 257
 258                 if (pasted_seq.match(/>/)) {
 259                         var seq_num = pasted_seq.match(/>/g);
 260
 261                         if (seq_num.length <= 20 ) {
 262                           run_blast(database_types, input_option_types);
 263                         } else {
 264                                 alert("Please, do not run more than 20 sequences");
 265                         }
 266                 } else {
 267                         run_blast(database_types, input_option_types);
 268                 }
 269         });
 270
 271         //search blastdb by description
 272         jQuery('#search_by_desc').click( function() {
 273                 var database = jQuery('#database').val();
 274                 var blast_desc = jQuery('#blast_desc').val();
 275                 // alert("db: "+database+", blast_desc: "+blast_desc);
 276     disable_ui();
 277
 278                 jQuery.ajax( {
 279                         url: '/tools/blast/desc_search/',
 280                         method: 'POST',
 281                         data: {'blast_desc':blast_desc, 'database': database},
 282                         success: function(response) {
 283         enable_ui();
 284         $('#search_output').html(response.output_seq);
 285         $('#search_modal').modal("show");
 286
 287                         },
 288                         error: function(response) {
 289                                 alert("An error occurred. The service may not be available right now.");
 290                                 enable_ui();
 291                                 return;
 292                         }
 293                 });
 294
 295         });
 296
 297         function swap_menu(group_id) {
 298           var menu_html = eval( <% JSON::Any->encode($menus) %>);
 299           jQuery('#database_select').html(menu_html[group_id]);
 300         }
 301
 302 });
 303
 304 </script>
 305
 306
 307 <!-- STYLE -->
 308 <style>
 309
 310 h1 {
 311   display:none;
 312 }
 313
 314 .seq_map {
 315         color: #777777;
 316         width: 700px;
 317         position:relative;
 318         overflow: auto;
 319         align: left;
 320 }
 321
 322 .blast_select_box {
 323   width:300px;
 324   margin-right:10px;
 325 }
 326
 327 .blast_select_label {
 328   width:100px;
 329   margin-right:10px;
 330   line-height: 32px;
 331 }
 332
 333 .ui-dialog {
 334         position:relative;
 335 }
 336
 337 #region_square {
 338         position:absolute;
 339         vertical-align:middle;
 340 }
 341 .help_dialog {
 342         color:blue;
 343         cursor:pointer
 344 }
 345 #desc_dialog {
 346         overflow: auto;
 347         position: relative;
 348 }
 349 .help_box {
 350         background-color:#EEEEFE;
 351         border-color:#AAA;
 352         border-width:2px;
 353         border-style:solid;
 354         border-radius:5px;
 355         padding-left: 10px;
 356         padding-right: 10px;
 357 }
 358
 359 #sequence {
 360   min-height: 80px;
 361   max-height: 300px;
 362 /*  min-width: 700px;*/
 363   max-width: 98%;
 364 }
 365
 366
 367 .download_tag {
 368   display:none;
 369 }
 370
 371 </style>