mason/markers/cosii_orthologs.mas

   1
   2 <%doc>
   3
   4 =head1 NAME
   5
   6 /markers/cosii_orthologs.mas - a Mason component displaying information about cos ortholog markers
   7
   8 =head1 DESCRIPTION
   9
  10 parameters
  11
  12 =over 5
  13
  14 =item *
  15
  16 $marker - a CXGN::Marker object.
  17
  18 =back
  19
  20 =head1 AUTHOR
  21
  22 Lukas Mueller <lam87@cornell.edu>
  23
  24 =cut
  25
  26 </%doc>
  27
  28 <%args>
  29 $marker
  30 </%args>
  31
  32 <%perl>
  33
  34 use CXGN::Unigene::Tools;
  35
  36 my $marker_name = $marker->get_name();
  37 return '' unless $marker->is_in_collection('COSII');
  38
  39 my $cosii_data_files = cosii_data_files($marker, $c);
  40 my @unigenes = $marker->cosii_unigenes();
  41
  42 my $table_headings = [ 'Species', 'Copies', 'Sequence ID', 'CDS/Edited sequence', 'Peptide sequence', 'Predicted introns' ];
  43 my $table_data = [];
  44
  45 for my $unigene (@unigenes) {
  46
  47   $unigene->{copies} = {
  48          S => 'Single',
  49          M => 'Multiple',
  50   }->{ $unigene->{copies} } || 'No copy data found';
  51
  52   $unigene->{sequence_name} ||= CXGN::Marker::Tools::cosii_to_arab_name( $marker_name );
  53
  54   $unigene->{organism} ||= $unigene->{database_name};
  55
  56   if( $unigene->{unigene_id} ) {
  57
  58     if( $unigene->{organism}=~/Coffee/i ) {
  59
  60       my $new_sgn_id = CXGN::Unigene::Tools::cgn_id_to_sgn_id( $marker->{dbh}, $unigene->{unigene_id} );
  61       my $old_coffee_id = $unigene->{unigene_id};
  62       $unigene->{unigene_id} = qq|<a href="/search/unigene.pl?unigene_id=$new_sgn_id">$new_sgn_id (SGN)</a><br /><span class="ghosted">$old_coffee_id (CGN)</span>|;
  63     }
  64     else {
  65       $unigene->{unigene_id} = qq|<a href="/search/unigene.pl?unigene_id=$unigene->{unigene_id}">SGN-U$unigene->{unigene_id}</a>|;
  66     }
  67   }
  68   else {
  69     $unigene->{unigene_id} = 'Not available';
  70   }
  71
  72   my $organism_name_for_uri = URI::Escape::uri_escape( $unigene->{organism} );
  73   my( $ed_desc, $pep_desc, $int_desc ) = ( 'Edited', 'Peptide', 'Introns' );
  74
  75   my @row_data;
  76
  77   push @row_data, $unigene->{organism};
  78   push @row_data, $unigene->{copies};
  79
  80   if( $unigene->{organism}=~/Arabidopsis/i ) {
  81     push @row_data, CXGN::Marker::Tools::tair_gene_search_link($unigene->{sequence_name});
  82     $ed_desc  = 'CDS from TAIR';
  83     $pep_desc = 'Peptide from TAIR';
  84     $int_desc = 'Introns from TAIR';
  85   }
  86   else {
  87     push @row_data, $unigene->{unigene_id};
  88   }
  89
  90   if ($cosii_data_files->{edited_seq_files}->[0]) {
  91     for my $file (@{$cosii_data_files->{edited_seq_files}}) {
  92       push @row_data, qq|<a href="$file">$ed_desc</a>|;
  93     }
  94   }
  95   else {
  96     push @row_data, '-';
  97   }
  98
  99   if ( $cosii_data_files->{peptide_seq_files}->[0] ) {
 100     for my $file( @{$cosii_data_files->{peptide_seq_files}} ) {
 101         push @row_data, qq|<a href="$file">$pep_desc</a>|;
 102     }
 103   }
 104   else{
 105       push @row_data, '-';
 106   }
 107
 108   if( $cosii_data_files->{intron_seq_files}->[0] ) {
 109     for my $file( @{$cosii_data_files->{intron_seq_files}} ) {
 110       push @row_data, qq|<a href="$file">$int_desc</a>|;
 111     }
 112   }
 113   else{
 114       push @row_data, '-';
 115   }
 116
 117   push @$table_data, \@row_data;
 118 }
 119
 120 sub cosii_data_files {
 121     my ($marker, $conf) = @_;
 122
 123     unless($marker->is_in_collection('COSII')){return;}
 124     my $cosii_data_files={};
 125     my $seq_file_search_string=CXGN::Marker::Tools::cosii_name_to_seq_file_search_string($marker->name_that_marker());
 126     my $data_shared_website_path=$conf->{'static_datasets_path'};
 127     my $additional_data_files_string=`find $data_shared_website_path/cosii -type f -iregex ".*$seq_file_search_string.*"`;
 128     my @files=split("\n",$additional_data_files_string);
 129     my @edited_seq_files;
 130     my @peptide_seq_files;
 131     my @intron_seq_files;
 132     my @all_other_data_files;
 133     for my $file(@files) {
 134         my $data_shared_url=$conf->{'static_datasets_url'};
 135         $file=~s/$data_shared_website_path/$data_shared_url/;
 136         if($file=~/\.cds\.txt\.modify$/) {
 137             push(@edited_seq_files,$file);
 138         }
 139         elsif($file=~/\.pep\.txt$/) {
 140             push(@peptide_seq_files,$file);
 141         }
 142         elsif($file=~/\.intron.txt$/) {
 143             push(@intron_seq_files,$file);
 144         }
 145         else {
 146             push(@all_other_data_files,$file);
 147         }
 148     }
 149     $cosii_data_files->{edited_seq_files}=\@edited_seq_files;
 150     $cosii_data_files->{peptide_seq_files}=\@peptide_seq_files;
 151     $cosii_data_files->{intron_seq_files}=\@intron_seq_files;
 152     $cosii_data_files->{all_other_data_files}=\@all_other_data_files;
 153     $cosii_data_files->{all_files}=\@files;
 154     return $cosii_data_files;
 155 }
 156
 157 </%perl>
 158
 159 <&| /page/info_section.mas, title=>"Orthologs in this COSII group" &>
 160   <& /page/columnar_table.mas, headings => $table_headings, data => $table_data, __align => 'llcccc' &>
 161 </&>