mason/markers/ssr.mas

   1
   2 <%doc>
   3
   4 =head1 NAME
   5
   6 /markers/ssr.mas - a Mason component displaying information about ssr markers
   7
   8 =head1 DESCRIPTION
   9
  10 parameters
  11
  12 =over 5
  13
  14 =item *
  15
  16 $marker - a CXGN::Marker object.
  17
  18 =back
  19
  20 =head1 AUTHOR
  21
  22 Lukas Mueller <lam87@cornell.edu>
  23
  24 Based on old SGN code.
  25
  26 =cut
  27
  28 </%doc>
  29
  30 <%args>
  31 $marker
  32 </%args>
  33
  34 <%perl>
  35
  36   if (!$marker->ssr_data()) { return; }
  37
  38 my $marker_id = $marker->marker_id();
  39
  40 my $html = "";
  41 #my $query = 'SELECT repeat_motif, reapeat_nr FROM ssr_repeats WHERE marker_id='.$marker_id;
  42 #my $repeats = $dbh->selectall_arrayref($query);
  43 my $contig_page='/search/unigene.pl?type=legacy&';
  44 my $est_page='/search/est.pl?request_type=automatic&amp;request_from=1&amp;request_id=';
  45 my $ssr_page='/search/markers/markerinfo.pl?marker_id=';
  46 #my @ssr_list;
  47
  48 my ($ssr_id, $ssr_name, $est_trace, $start_primer, $end_primer, $pcr_length, $ann_high, $ann_low) = $marker->ssr_data();
  49
  50
  51
  52   $ann_high ||= "n/a";
  53   $ann_low ||= "n/a";
  54   # Get the repeat motifs.
  55 #  my @repeat_motifs=();
  56 #  my @repeat_numbers=();
  57
  58    $html.="<br /><b>Annealing temperatures:</b> <b>Low:</b> " . $ann_low . " <b>High:</b> " . $ann_high;
  59
  60 my @motifs = $marker->ssr_motif_info($ssr_id);
  61 foreach my $m (@motifs) {
  62   my ($motif, $r_nr)  = ($m->[0], $m->[1]);
  63
  64   $html.="<br /><b>Repeat motif:</b> <span class=\"sequence\">$motif</span>&nbsp;&nbsp;&nbsp;<b>Repeat number:</b> $r_nr";
  65 }
  66 $html.="<br /><b>Forward primer:</b> <span class=\"sequence\">$start_primer</span>";
  67 $html.="<br /><b>Reverse primer:</b> <span class=\"sequence\">$end_primer</span>";
  68 $html.="<br /><b>Predicted size:</b> $pcr_length";
  69
  70 if($html) {
  71   $html =  CXGN::Page::FormattingHelpers::info_section_html(title=>'SSR info',contents=>$html)
  72 }
  73 else {
  74   $html = '';
  75 }
  76
  77
  78 </%perl>
  79
  80 <% $html %>