_posts/2012-06-09-on-casava.md

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   3 date: 'Sat 2012-06-09 14:57:02 +0800'
   4 slug: "on-casava"
   5 title: "On CASAVA"
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   7 category: BioInformatics
   8 tags: [Galaxy_Original, illumina, CASAVA]
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  10 {% include JB/setup %}
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  12 官网注册帐号后就可以下载，最新的1.8.2已经支持每个样品输出一组FastQ文件。
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  14 编译安装运行都不需要root权限，以前在BIOPIC听她们说跑CASAVA必须root权限我还奇怪了些许……
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  16 贴个命令行备案：
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  18         /opt/CASAVA/bin/configureBclToFastq.pl --input-dir /bak/seqdata/original/120523_SN483_0244_BC0M01ACXX/Data/Intensities/BaseCalls --output-dir /bak/seqdata/raw/120523_SN483_0244_BC0M01ACXX --sample-sheet /bak/seqdata/original/0244_BC0M01ACXX-SS.csv --no-eamss --with-failed-reads --fastq-cluster-count -1 --mismatches 1 --tiles s_[78] 2>do.err
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  20         cd /bak/seqdata/raw/120523_SN483_0244_BC0M01ACXX
  21         make -j23 -l23.5 >make.txt 2>make.err &
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  23 `--fastq-cluster-count -1`就是设置只输出一组`.fq.gz`的。其实`/Data/Intensities/BaseCalls/`下的`.bcl`文件已经是只有最好碱基(2bit)与质量值(6bit)的东西了，所以，安装通常的RTA直接在Windows下出碱基来看的话，CASAVA就是转格式与按index拆分而已。那个`--mismatches 1`就是设置index上的mismatch数，默认是0。
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  25 不过`./Data/Intensities/L00[1-8]/s_*.clocs`是CASAVA需要的，只是旁边的`*.cif`和`*_T.FWHMMap`可以不要。
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  27 `make`时其实只会每个fq出一个进程，就是说，PE的FlowCell最多16进程同时跑。
  28 由于`.bcl`文件是每Cycle一个，所以内存够大的话，缓存能把运行时间缩小5倍多（大致估的）。
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  30 然后，运行时看到：
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  32         [configureBclToFastq.pl] WARNING: 'LocationFileType' element not found in .../Data/Intensities/BaseCalls/../RTAConfiguration.xml
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  34 网上找到 [解答](http://seqanswers.com/forums/showthread.php?t=13172 "CASAVA v1.8 (Bcl to Fastq)")：
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  36 > I actually asked tech support about this, here is their answer:
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  38         Hi Louis,
  39         This warning message you see is due to a slight incompatibility between RTA/OLB versions and CASAVA 1.8 standard requirements and there should not be any issues during data analysis as it is not an error message.
  40
  41         Regards,
  42         Sid
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  45         -----<Email Received>-----
  46         From: ..
  47         Sent: 6/26/2011 12:18 PM PDT
  48         To: techsupport@illumina.com
  49         CC:
  50         Subject: configureBclToFastq.pl warning
  51
  52         When running configureBclToFastq.pl I got this:
  53
  54         WARNING: 'LocationFileType' element not found in
  55         /data/hiseq67/110617_SN909_0050_BD040RACXX_0047HS11B/Data/Intensities/BaseCalls/../RTAConfiguration.xml
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  57
  58         What can we do to remove this warning?
  59         It's not an important warning but I just want to make sure we fill out
  60         everything in case.
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  62         Thanks
  63         Louis