perl/etc/justonce/oyk/bin/ggplot_bar.depth.forPCR.R

   1 library(ggplot2)
   2 library(splines)
   3 args <- commandArgs(trailingOnly = TRUE)
   4
   5 input <- args[1]
   6 output <- args[2]
   7
   8 #pdf(file=output,height=6.18,width=10)
   9 pdf(output)
  10 raw.tab <- read.table(file=input,sep ="\t",header = T)
  11 input.tab <- subset(raw.tab, select = -1 )
  12 name <- names(input.tab)
  13
  14
  15 for (i in 1:ncol(input.tab)){
  16 #       input.tab[is.na(input.tab)] <- -1
  17         invalues <- log10(input.tab[,i])
  18 #       invalues <- input.tab[,i]
  19         print(
  20                 ggplot(data=input.tab,aes(x=invalues)) +
  21                 geom_histogram(position="dodge", bins = 200,na.rm = TRUE, color="darkblue", fill="lightblue") +
  22                 labs(title=name[i],x="log10(Depth)",y="Number of SNP",size=20) +
  23 #               theme_bw() +
  24 #               theme(panel.grid.major = element_blank(),panel.grid.minor = element_blank()) +
  25                 theme(panel.grid.major = element_blank(), panel.grid.minor = element_blank(),panel.background = element_blank(), axis.line = element_line(colour = "black")) +
  26                 scale_y_continuous(breaks=seq(0,10000,100)) +
  27                 theme(axis.title.x = element_text(size = 10, color = "black", face = "italic", vjust = 0.5, hjust = 0.5)) +
  28                 theme(axis.title.y = element_text(size = 10, color = "black", face = "italic", vjust = 0.5, hjust = 0.5)) +
  29                 theme(axis.text.x = element_text(size = 8, color = "black", face = "bold", vjust = 0.5, hjust = 0.5)) +
  30                 theme(axis.text.y = element_text(size = 8, color = "black", face = "bold", vjust = 0.5, hjust = 0.5)) +
  31                 theme(legend.text = element_text(size = 8, color = "black", face = "bold", vjust = 0.5, hjust = 0.5))
  32         )
  33 }
  34 dev.off()