R/FGI/rmd3/cmd.txt

   1 ./dostat.r -i _TabIn/msSNP.csv -m _TabIn/meta.txt -d files/database.csv -f files/allele_freq.csv -p out
   2
   3 ./doplot.r out/JK_report.csv out/JK_report.png
   4
   5 #convert -trim +repage out/JK_report.png out/JK_reportT.png
   6 convert -trim +repage -bordercolor none -border 0x20 out/JK_report.png out/JK_reportT.png
   7
   8 #Rscript --vanilla -e "rmarkdown::render('20200608rep.Rmd',output_format='all',output_dir='./pdf')"
   9 Rscript --vanilla -e "thePrefix='JK_report';rmarkdown::render('20200608rep.Rmd',output_dir='out',output_file=paste0(thePrefix,'.pdf'),quiet=T)"
  10
  11 mkdir pdf
  12 #qpdf --empty --pages *.pdf -- out.pdf
  13 qpdf --empty --pages inc/Cover.pdf out/JK_report.pdf -- pdf/JK_report.pdf
  14
  15
  16 ./doAll.r -i _TabIn/msSNP.csv -m _TabIn/meta.txt
  17
  18 ssh -i gbossh/id_ed25519 fgi@10.225.10.113 -p5922
  19
  20 cat _TabIn/meta.txt | iconv -f utf16; echo
  21
  22 ffmpeg -i '/Users/galaxy/Documents/Screen Recording 2020-07-14 at 14.03.12.mov' -c:v libx264 -preset slow  -profile:v high -level:v 4.0 -pix_fmt yuv420p -crf 24 -an  Output24.mp4
  23