etc/salus/spacemake.yaml

   1 name: spacemake
   2 channels:
   3     - bih-cubi
   4     - conda-forge
   5     - bioconda
   6     - defaults
   7 dependencies:
   8     - python>=3.6,<3.12
   9     - snakemake>=5.32.0,<6.4.0
  10     - star>=2.7.1a
  11     - samtools>=1.13
  12     - sambamba>=0.6.8
  13     - bowtie2>=2.3.4
  14     - bcl2fastq2>=2.19
  15     - fastqc>=0.11.9
  16     - pip>=21.1
  17     - r-base>=4.0.3
  18     - r-rmarkdown>=2.7
  19     - r-tidyverse>=1.3.1
  20     - r-kableextra>=1.3.4
  21     - r-cowplot>=1.1.1
  22     - r-pals>=1.7
  23     - r-hexbin
  24     - r-scales
  25     - pysam>=0.16.0.1
  26     - pot
  27     - openjdk<11.1
  28     - pigz
  29     - opencv
  30     - pandas>=1.3.0,<=1.5.1
  31     - scanpy>=1.8.1
  32     - leidenalg>=0.8.1
  33     - numpy>=1.18.1
  34     - more-itertools>=8.7.0
  35     - biopython>=1.78
  36     - scipy>=1.5.0
  37     - scikit-misc>=0.1.3
  38     - scikit-learn>=0.23.1
  39     - squidpy>=1.0.0
  40     - recommonmark
  41     - matplotlib
  42     - anndata
  43     - pip:
  44         - novosparc
  45         - spacemake