released/pIRS.old/stat_illumina_reads/gcvgstater/readme.txt

   1 illumia_reads_parameter_stator
   2         by Hu Xuesong @ BGI <huxuesong@genomics.org.cn>
   3
   4 GC-Depth Stat:
   5 1. run soap and soap.coverage to get .depthsingle file(s). gzip is OK to over it.
   6 2. run gc_coverage_bias on all depthsingle files. You will get gc-depth stat by 1 GC% and other files.
   7 3. run gc_coverage_bias_plot on the gc-depth stat file. You'll get PNG plot and a .gc file by 5 GC%.
   8 4. Manually check the .gc file for any abnormal levels due to the lower depth on certain GC% windows.
   9
  10 Error Matrix Stat:
  11 1. run soap or bwa to get .{soap,single} or .sam file(s).
  12 2. run error_matrix_calculator on those file(s). You will get *.{count,ratio}.matrix .
  13 3. You can use error_matrix_merger to merge several .{count,ratio}.matrix files.
  14    However, it is up to you to keep the read length matches.
  15
  16 Insert size & mapping ratio stat:
  17 1. run soap or bwa to get .{soap,single} or .sam file(s).
  18 2. run alignment_stator *.
  19 * alignment_stator cannot stat. mapping ratio for sam files now.
  20
  21 c7618d69b6a8786715431fbfc33dc20e *alignment_stator
  22 c7618d69b6a8786715431fbfc33dc20e *alignment_stator.pl
  23 6f68d7dfc60a523557953f67b3281f97 *error_matrix_analyzer
  24 6f68d7dfc60a523557953f67b3281f97 *error_matrix_analyzer.pl
  25 8b921ff206f40fc608f06abb126842b0 *error_matrix_calculator
  26 8b921ff206f40fc608f06abb126842b0 *error_matrix_calculator.pl
  27 101728bda732f984c05513671785881b *error_matrix_merger
  28 101728bda732f984c05513671785881b *error_matrix_merger.pl
  29 e5a51d46f5f676057e4123136ba4cae2 *gc_coverage_bias
  30 e0ef280b60477f828bff8d0653dc4e9c *gc_coverage_bias_plot
  31 e0ef280b60477f828bff8d0653dc4e9c *gc_coverage_bias_plot.pl
  32 78f578c83fed400dca2fb23c6e5068d8 *readme.txt