tools/lh3misc/README

   1 .
   2 |-- README                     # README
   3 |-- biodb                      # interface to biological databases
   4 |   `-- batchUCSC.pl           #   batch UCSC data retrieval; http://lh3lh3.users.sourceforge.net/ucsc-mysql.shtml
   5 |-- klib.lua                   # the klib Lua library (from http://bit.ly/klibgit)
   6 |-- math                       # mathematics
   7 |   |-- matmul_SSE             #   matrix multiplication in a few languages; plus SSE example
   8 |   |   |-- matmul-double.c    #     double numbers
   9 |   |   |-- matmul.c           #     float numbers; plus SSE implementation
  10 |   |   |-- matmul.js          #     javascript implementation
  11 |   |   |-- matmul.lua         #     lua implementation
  12 |   |   `-- matmul.pl          #     perl implementation
  13 |   |-- lsoda.c                #   LSODA ODE solver
  14 |   `-- unequal-jk.c           #   block Jackknife; requiring klib/ksort.h
  15 |-- popgen                     # population genetics
  16 |   `-- genetic_dist.js        #   compute the genetic distance from deCODE genetic maps
  17 |-- seq                        # sequence analysis
  18 |   |-- seqbility              #   unitilities to compute mappability http://bit.ly/snpable
  19 |   |   |-- apply_mask_l.c     #     apply a mask to a list of sites
  20 |   |   |-- apply_mask_s.c     #     apply a mask to a sequence
  21 |   |   |-- gen_mask.c         #     generate a mask from a raw mask
  22 |   |   |-- gen_raw_mask.pl    #     generate a raw mask from BWA SAM output
  23 |   |   |-- splitfa.c          #     split a reference sequence to overlapping short mers
  24 |   |   |-- uniq-dist-acc.pl   #     get the accumulative distribution from uniq-dist output
  25 |   |   |-- uniq-dist-cmp.pl   #     compare to uniq-dist output
  26 |   |   |-- uniq-dist.c        #     compute the distance between adjacent loci in unique regions
  27 |   |   `-- [...]
  28 |   |-- seqtk                  #   toolkit for manipulation FASTA/Q files
  29 |   |   `-- [...]
  30 |   |-- bc2rg.lua              #   generate the RG SAM tag from the BC tag
  31 |   |-- bioutils.lua           #   collection of bioinfo related (tiny) utilites
  32 |   `-- sam2bp.lua             #   collect break points from a SAM file containing split hits
  33 `-- sys                        # system related programs
  34     `-- asub                   #   array job submiter