c_cpp/etc/KaKs_Calculator/README

   1 KaKs_Calculator, Version 1.2 (Apr. 2006)
   2
   3 KaKs_Calculator is a program that applies model selection and model averaging
   4 in calculating nonsynonymous (Ka) and synonymous (Ks) substitution rates. In
   5 addition, several currently acknowledged methods for estimating Ka and Ks are
   6 also incorporated into KaKs_Calculator.
   7
   8 bin/: Executables, Setup application
   9 doc/: Documentation
  10 examples/: an example of axt sequence file
  11 src/: Source codes
  12
  13 Kaks_Calculator is freely available for academic use only at
  14
  15         http://evolution.genomics.org.cn/software.htm
  16
  17 Please cite:
  18
  19         Zhang, Z., J. Li, X.Q. Zhao, J. Wang, G.K. Wong, and J. Yu. 2006. KaKs_Calculator: calculating Ka and Ks through model selection and model averaging. Genomics Proteomics Bioinformatics 4: 259-263.
  20
  21 Future Work:
  22
  23 Estimate Ka and Ks on clusters based on MCMC/ML within Protein Tertiary Structure.
  24
  25
  26 Please send bugs or advice to Zhang Zhang at zhang.zhang@yale.edu
  27
  28
  29 Previous Address:
  30 Zhang Zhang, Ph.D.
  31 Department of Bioinformatics
  32 Beijing Institute of Genomics, Chinese Academy of Sciences
  33 Airport Industrial Zone B6, ShunYi District
  34 Beijing 101300
  35 Email: zhangzhang@genomics.org.cn
  36 http://evolution.genomics.org.cn
  37
  38 Present Address:
  39 Zhang Zhang, Ph.D.
  40 Department of Ecology and Evolutionary Biology
  41 Yale University
  42 P.O. Box 208106
  43 OML 226, 165 Prospect Street
  44 New Haven, CT 06520
  45 Email: zhang.zhang@yale.edu
  46 Tel: 203-432-0943
  47 http://www.yale.edu/townsend/
  48
  49 //Last Update: Sep. 12, 2008