tools/blast/cmd.lst

   1 perl -lane '
   2 BEGIN { my ($last,%c)=($F[0]);}
   3 if ($F[0] eq $last) {
   4         if (keys %c < 3) {
   5                 (undef,$gi)=split "\\|",$F[1];
   6                 unless ($c{$F[1]}) {
   7                         chomp($a = `./getinfo.sh $gi`) or chomp($a =
   8 `./getinfo0.sh $gi`);
   9                         splice @F,2,0,$a;
  10                         print join "\t",@F;
  11                 }
  12                 ++$c{$F[1]};
  13         }
  14 } else {
  15         $last=$F[0];
  16         %c=();
  17         if (keys %c < 3) {
  18                 (undef,$gi)=split "\\|",$F[1];
  19                 chomp($a = `./getinfo.sh $gi`) or chomp($a =
  20 `./getinfo0.sh $gi`);
  21                 splice @F,2,0,$a;
  22                 print join "\t",@F;
  23                 ++$c{$F[1]};
  24         }
  25 }
  26 ' files/FC61L0PAAXX_L5_TUBhhsRBZDIAAPE_1.blast |les
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  28 perl -lane 'BEGIN {my %c} @a=split /\t/;$b=$a[2];@a=split /\|/,$b;$b=join "|",@a[0..2];++$c{$b};print STDERR join "\t",$F[0],$c{$b},$b; END {print STDERR "-" x 80; print "$c{$_}\t$_" for (sort keys %c);}' FC61L0PAAXX_L5_TUBhhsRBZDIAAPE.out |sort -n| tee FC61L0PAAXX_L5_TUBhhsRBZDIAAPE.stat
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