modified: src1/input.c
[GalaxyCodeBases.git] / c_cpp / lib / htslib / test / tabix / gff_file.gff
blobeb86185bdd6dbfbbe700f8c8b8a704a5a8f1c0cc
1 ##gff-version 3
2 ##sequence-region X 1 156040895
3 # arylsulfatase E transcript ENST00000540563, Vega annotations downloaded
4 # from EnsEMBL and sorted into ascending chromosome order.
6 # GFF3 specification:
7 # https://github.com/The-Sequence-Ontology/Specifications/blob/master/gff3.md
9 X       Vega    exon    2934816 2935190 .       -       .       Name=OTTHUME00001604789;Parent=OTTHUMT00000055643
10 X       Vega    gene    2934816 2964270 .       -       .       ID=OTTHUMG00000137358;Name=OTTHUMG00000137358;biotype=protein_coding
11 X       Vega    transcript      2934816 2964270 .       -       .       ID=OTTHUMT00000055643;Name=OTTHUMT00000055643;Parent=OTTHUMG00000137358;biotype=protein_coding
12 X       Vega    CDS     2934832 2935190 .       -       .       Name=OTTHUMP00000022851;Parent=OTTHUMT00000055643
13 X       Vega    intron  2935191 2936741 .       -       .       Name=intron00049;Parent=OTTHUMT00000055643
14 X       Vega    CDS     2936742 2936863 .       -       .       Name=OTTHUMP00000022851;Parent=OTTHUMT00000055643
15 X       Vega    exon    2936742 2936863 .       -       1       Name=OTTHUME00001604793;Parent=OTTHUMT00000055643
16 X       Vega    intron  2936864 2938094 .       -       .       Name=intron00048;Parent=OTTHUMT00000055643
17 X       Vega    CDS     2938095 2938257 .       -       .       Name=OTTHUMP00000022851;Parent=OTTHUMT00000055643
18 X       Vega    exon    2938095 2938257 .       -       2       Name=OTTHUME00001604790;Parent=OTTHUMT00000055643
19 X       Vega    intron  2938258 2943064 .       -       .       Name=intron00047;Parent=OTTHUMT00000055643
20 X       Vega    CDS     2943065 2943199 .       -       .       Name=OTTHUMP00000022851;Parent=OTTHUMT00000055643
21 X       Vega    exon    2943065 2943199 .       -       1       Name=OTTHUME00001604796;Parent=OTTHUMT00000055643
22 X       Vega    intron  2943200 2945997 .       -       .       Name=intron00046;Parent=OTTHUMT00000055643
23 X       Vega    CDS     2945998 2946134 .       -       .       Name=OTTHUMP00000022851;Parent=OTTHUMT00000055643
24 X       Vega    exon    2945998 2946134 .       -       1       Name=OTTHUME00001604791;Parent=OTTHUMT00000055643
25 X       Vega    intron  2946135 2949303 .       -       .       Name=intron00045;Parent=OTTHUMT00000055643
26 X       Vega    CDS     2949304 2949727 .       -       .       Name=OTTHUMP00000022851;Parent=OTTHUMT00000055643
27 X       Vega    exon    2949304 2949727 .       -       2       Name=OTTHUME00001604792;Parent=OTTHUMT00000055643
28 X       Vega    CDS     2949623 2949727 .       -       .       Name=OTTHUMP00000022852;Parent=OTTHUMT00000055644
29 X       Vega    exon    2949623 2949727 .       -       1       Name=OTTHUME00002367917;Parent=OTTHUMT00000055644
30 X       Vega    transcript      2949623 2964264 .       -       .       ID=OTTHUMT00000055644;Name=OTTHUMT00000055644;Parent=OTTHUMG00000137358;biotype=protein_coding
31 X       Vega    intron  2949728 2953142 .       -       .       Name=intron00044;Parent=OTTHUMT00000055643
32 X       Vega    intron  2949728 2953142 .       -       .       Name=intron00054;Parent=OTTHUMT00000055644
33 X       Vega    exon    2952831 2952992 .       -       .       Name=OTTHUME00000241561;Parent=OTTHUMT00000055642
34 X       Vega    transcript      2952831 2953228 .       -       .       ID=OTTHUMT00000055642;Name=OTTHUMT00000055642;Parent=OTTHUMG00000137358;biotype=processed_transcript
35 X       Vega    intron  2952993 2953142 .       -       .       Name=intron00055;Parent=OTTHUMT00000055642
36 X       Vega    CDS     2953143 2953265 .       -       .       Name=OTTHUMP00000022851;Parent=OTTHUMT00000055643
37 X       Vega    CDS     2953143 2953265 .       -       .       Name=OTTHUMP00000022852;Parent=OTTHUMT00000055644
38 X       Vega    exon    2953143 2953228 .       -       .       Name=OTTHUME00000241571;Parent=OTTHUMT00000055642
39 X       Vega    exon    2953143 2953265 .       -       1       Name=OTTHUME00001604788;Parent=OTTHUMT00000055643
40 X       Vega    exon    2953143 2953265 .       -       1       Name=OTTHUME00001604788;Parent=OTTHUMT00000055644
41 X       Vega    intron  2953266 2955415 .       -       .       Name=intron00043;Parent=OTTHUMT00000055643
42 X       Vega    intron  2953266 2955415 .       -       .       Name=intron00053;Parent=OTTHUMT00000055644
43 X       Vega    CDS     2955416 2955537 .       -       .       Name=OTTHUMP00000022851;Parent=OTTHUMT00000055643
44 X       Vega    CDS     2955416 2955537 .       -       .       Name=OTTHUMP00000022852;Parent=OTTHUMT00000055644
45 X       Vega    exon    2955416 2955537 .       -       1       Name=OTTHUME00001604794;Parent=OTTHUMT00000055643
46 X       Vega    exon    2955416 2955537 .       -       1       Name=OTTHUME00001604794;Parent=OTTHUMT00000055644
47 X       Vega    intron  2955538 2958273 .       -       .       Name=intron00042;Parent=OTTHUMT00000055643
48 X       Vega    intron  2955538 2958273 .       -       .       Name=intron00052;Parent=OTTHUMT00000055644
49 X       Vega    CDS     2958274 2958435 .       -       .       Name=OTTHUMP00000022851;Parent=OTTHUMT00000055643
50 X       Vega    CDS     2958274 2958435 .       -       .       Name=OTTHUMP00000022852;Parent=OTTHUMT00000055644
51 X       Vega    exon    2958274 2958435 .       -       2       Name=OTTHUME00001604795;Parent=OTTHUMT00000055643
52 X       Vega    exon    2958274 2958435 .       -       2       Name=OTTHUME00001604795;Parent=OTTHUMT00000055644
53 X       Vega    exon    2958411 2958435 .       -       .       Name=OTTHUME00000241567;Parent=OTTHUMT00000055641
54 X       Vega    transcript      2958411 2964264 .       -       .       ID=OTTHUMT00000055641;Name=OTTHUMT00000055641;Parent=OTTHUMG00000137358;biotype=processed_transcript
55 X       Vega    intron  2958436 2959602 .       -       .       Name=intron00058;Parent=OTTHUMT00000055641
56 X       Vega    intron  2958436 2960377 .       -       .       Name=intron00041;Parent=OTTHUMT00000055643
57 X       Vega    intron  2958436 2960377 .       -       .       Name=intron00051;Parent=OTTHUMT00000055644
58 X       Vega    exon    2959603 2959888 .       -       .       Name=OTTHUME00000241555;Parent=OTTHUMT00000055641
59 X       Vega    intron  2959889 2960377 .       -       .       Name=intron00057;Parent=OTTHUMT00000055641
60 X       Vega    CDS     2960378 2960400 .       -       .       Name=OTTHUMP00000022851;Parent=OTTHUMT00000055643
61 X       Vega    CDS     2960378 2960400 .       -       .       Name=OTTHUMP00000022852;Parent=OTTHUMT00000055644
62 X       Vega    exon    2960378 2960420 .       -       2       Name=OTTHUME00001604787;Parent=OTTHUMT00000055643
63 X       Vega    exon    2960378 2960420 .       -       .       Name=OTTHUME00000241553;Parent=OTTHUMT00000055641
64 X       Vega    exon    2960378 2960468 .       -       2       Name=OTTHUME00000241569;Parent=OTTHUMT00000055644
65 X       Vega    intron  2960421 2964223 .       -       .       Name=intron00040;Parent=OTTHUMT00000055643
66 X       Vega    intron  2960421 2964223 .       -       .       Name=intron00056;Parent=OTTHUMT00000055641
67 X       Vega    intron  2960469 2964223 .       -       .       Name=intron00050;Parent=OTTHUMT00000055644
68 X       Vega    exon    2964224 2964264 .       -       .       Name=OTTHUME00000241556;Parent=OTTHUMT00000055641
69 X       Vega    exon    2964224 2964264 .       -       .       Name=OTTHUME00000241556;Parent=OTTHUMT00000055644
70 X       Vega    exon    2964224 2964270 .       -       .       Name=OTTHUME00001604786;Parent=OTTHUMT00000055643