c_cpp/lib/htslib/test/tabix/tabix.tst

   1 #    Copyright (C) 2017 Genome Research Ltd.
   2 #
   3 #    Author: Robert Davies <rmd@sanger.ac.uk>
   4 #
   5 # Permission is hereby granted, free of charge, to any person obtaining a copy
   6 # of this software and associated documentation files (the "Software"), to deal
   7 # in the Software without restriction, including without limitation the rights
   8 # to use, copy, modify, merge, publish, distribute, sublicense, and/or sell
   9 # copies of the Software, and to permit persons to whom the Software is
  10 # furnished to do so, subject to the following conditions:
  11 #
  12 # The above copyright notice and this permission notice shall be included in
  13 # all copies or substantial portions of the Software.
  14 #
  15 # THE SOFTWARE IS PROVIDED "AS IS", WITHOUT WARRANTY OF ANY KIND, EXPRESS OR
  16 # IMPLIED, INCLUDING BUT NOT LIMITED TO THE WARRANTIES OF MERCHANTABILITY,
  17 # FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE AND NONINFRINGEMENT. IN NO EVENT SHALL
  18 # THE AUTHORS OR COPYRIGHT HOLDERS BE LIABLE FOR ANY CLAIM, DAMAGES OR OTHER
  19 # LIABILITY, WHETHER IN AN ACTION OF CONTRACT, TORT OR OTHERWISE, ARISING
  20 # FROM, OUT OF OR IN CONNECTION WITH THE SOFTWARE OR THE USE OR OTHER
  21 # DEALINGS IN THE SOFTWARE.
  22
  23 # First field:
  24 #   INIT = initialisation, not counted in testing
  25 #   P = expected to pass (zero return; expected output matches, if present)
  26 #   N = expected to return non-zero
  27 #   F = expected to fail
  28 #
  29 # Second field (P/N/F only):
  30 #   Filename of expected output.  If '.', output is not checked
  31 #
  32 # Rest:
  33 #   Command to execute.  $bgzip and $tabix are replaced with the path to
  34 # bgzip and tabix.
  35
  36 # TBI index on VCF
  37 INIT $bgzip -c vcf_file.vcf > vcf_file.tbi.tmp.vcf.gz
  38 P . $tabix -f -p vcf vcf_file.tbi.tmp.vcf.gz
  39 P vcf_file.1.3000151.out $tabix vcf_file.tbi.tmp.vcf.gz 1:3000151-3000151
  40 P vcf_file.2.3199812.out $tabix vcf_file.tbi.tmp.vcf.gz 2:3199812-3199812
  41
  42 # CSI index on VCF
  43 INIT $bgzip -c vcf_file.vcf > vcf_file.csi.tmp.vcf.gz
  44 P . $tabix -f -C -p vcf vcf_file.csi.tmp.vcf.gz
  45 P vcf_file.1.3000151.out $tabix vcf_file.csi.tmp.vcf.gz 1:3000151-3000151
  46 P vcf_file.2.3199812.out $tabix vcf_file.csi.tmp.vcf.gz 2:3199812-3199812
  47
  48 # VCF file with chromosome > 2^29-1 bases long
  49 # TBI cannot index this file, so building the index should fail
  50 INIT $bgzip -c large_chr.vcf > large_chr.tmp.vcf.gz
  51 N . $tabix -f -p vcf large_chr.tmp.vcf.gz
  52
  53 # CSI can handle positions > 2^29-1, so building should work
  54 P . $tabix -f -C -p vcf large_chr.tmp.vcf.gz
  55 P large_chr.20.1.2147483647.out $tabix large_chr.tmp.vcf.gz chr20:1-2147483647
  56
  57 # TBI index on BED
  58 INIT $bgzip -c bed_file.bed > bed_file.tbi.tmp.bed.gz
  59 P . $tabix -f -p bed bed_file.tbi.tmp.bed.gz
  60 P bed_file.Y.100200.out $tabix bed_file.tbi.tmp.bed.gz Y:100200-100200
  61
  62 # TBI index on GFF3
  63 INIT $bgzip -c gff_file.gff > gff_file.tbi.tmp.gff.gz
  64 P . $tabix -f -p gff gff_file.tbi.tmp.gff.gz
  65 P gff_file.X.2934832.2935190.out $tabix gff_file.tbi.tmp.gff.gz X:2934832-2935190