c_cpp/lib/htslib/test/tabix/vcf_file.vcf

   1 ##fileformat=VCFv4.1
   2 ##INFO=<ID=TEST,Number=1,Type=Integer,Description="Testing Tag">
   3 ##FORMAT=<ID=TT,Number=A,Type=Integer,Description="Testing Tag, with commas and \"escapes\" and escaped escapes combined with \\\"quotes\\\\\"">
   4 ##INFO=<ID=DP4,Number=4,Type=Integer,Description="# high-quality ref-forward bases, ref-reverse, alt-forward and alt-reverse bases">
   5 ##FORMAT=<ID=GT,Number=1,Type=String,Description="Genotype">
   6 ##FORMAT=<ID=GQ,Number=1,Type=Integer,Description="Genotype Quality">
   7 ##FORMAT=<ID=DP,Number=1,Type=Integer,Description="Read Depth">
   8 ##FORMAT=<ID=GL,Number=G,Type=Float,Description="Genotype Likelihood">
   9 ##FILTER=<ID=q10,Description="Quality below 10">
  10 ##FILTER=<ID=test,Description="Testing filter">
  11 ##contig=<ID=1,assembly=b37,length=249250621>
  12 ##contig=<ID=2,assembly=b37,length=249250621>
  13 ##contig=<ID=3,assembly=b37,length=198022430>
  14 ##contig=<ID=4,assembly=b37,length=191154276>
  15 ##reference=file:///lustre/scratch105/projects/g1k/ref/main_project/human_g1k_v37.fasta
  16 ##readme=AAAAAA
  17 ##readme=BBBBBB
  18 ##INFO=<ID=AC,Number=A,Type=Integer,Description="Allele count in genotypes">
  19 ##INFO=<ID=AN,Number=1,Type=Integer,Description="Total number of alleles in called genotypes">
  20 ##INFO=<ID=INDEL,Number=0,Type=Flag,Description="Indicates that the variant is an INDEL.">
  21 ##INFO=<ID=STR,Number=1,Type=String,Description="Test string type">
  22 #CHROM  POS     ID      REF     ALT     QUAL    FILTER  INFO    FORMAT  A       B
  23 1       3000150 .       C       T       59.2    PASS    AN=4;AC=2       GT:GQ   0/1:245 0/1:245
  24 1       3000151 .       C       T       59.2    PASS    AN=4;AC=2       GT:DP:GQ        0/1:32:245      0/1:32:245
  25 1       3062915 id3D    GTTT    G       12.9    q10     DP4=1,2,3,4;AN=4;AC=2;INDEL;STR=test    GT:GQ:DP:GL     0/1:409:35:-20,-5,-20   0/1:409:35:-20,-5,-20
  26 1       3062915 idSNP   G       T,C     12.6    test    TEST=5;DP4=1,2,3,4;AN=3;AC=1,1  GT:TT:GQ:DP:GL  0/1:0,1:409:35:-20,-5,-20,-20,-5,-20    2:0,1:409:35:-20,-5,-20
  27 1       3106154 .       CAAA    C       342     PASS    AN=4;AC=2       GT:GQ:DP        0/1:245:32      0/1:245:32
  28 1       3106154 .       C       CT      59.2    PASS    AN=4;AC=2       GT:GQ:DP        0/1:245:32      0/1:245:32
  29 1       3157410 .       GA      G       90.6    q10     AN=4;AC=4       GT:GQ:DP        1/1:21:21       1/1:21:21
  30 1       3162006 .       GAA     G       60.2    PASS    AN=4;AC=2       GT:GQ:DP        0/1:212:22      0/1:212:22
  31 1       3177144 .       G       T       45      PASS    AN=4;AC=2       GT:GQ:DP        0/0:150:30      1/1:150:30
  32 1       3177144 .       G       .       45      PASS    AN=4;AC=0       GT:GQ:DP        0/0:150:30      0/0:150:30
  33 1       3184885 .       TAAAA   TA,T    61.5    PASS    AN=4;AC=2,2     GT:GQ:DP        1/2:12:10       1/2:12:10
  34 2       3199812 .       G       GTT,GT  82.7    PASS    AN=4;AC=2,2     GT:GQ:DP        1/2:322:26      1/2:322:26
  35 3       3212016 .       CTT     C,CT    79      PASS    AN=4;AC=2,2     GT:GQ:DP        1/2:91:26       1/2:91:26
  36 4       3258448 .       TACACACAC       T       .       PASS    AN=4;AC=2       GT:GQ:DP        0/1:325:31      0/1:325:31