BioInfo/BS-Seq/bwa-meth/example/README.md

   1 These commands can be run from this directory once `bwa-meth` is installed
   2
   3 1. Index The Reference.
   4 2. Align the Reads.
   5
   6 ```Shell
   7
   8 # rm ref.fa.bwameth.*
   9 bwameth.py index ref.fa
  10 bwameth.py --reference ref.fa t_R1.fastq.gz t_R2.fastq.gz -t 12 | samtools view -b - > bwa-meth.bam
  11
  12 ```
  13
  14 Then check the alignments:
  15
  16 ```Shell
  17 samtools flagstat bwa-meth.bam
  18 ```
  19
  20     92791 + 0 in total (QC-passed reads + QC-failed reads)
  21     0 + 0 duplicates
  22     92723 + 0 mapped (99.93%:nan%)
  23     92791 + 0 paired in sequencing
  24     46399 + 0 read1
  25     46392 + 0 read2
  26     92276 + 0 properly paired (99.44%:nan%)
  27     92652 + 0 with itself and mate mapped
  28     71 + 0 singletons (0.08%:nan%)
  29     0 + 0 with mate mapped to a different chr
  30     0 + 0 with mate mapped to a different chr (mapQ>=5)
  31
  32
  33 From here, it is recommended to use [PileOMeth](https://github.com/dpryan79/PileOMeth) for extraction and tabulation of the methylation.
  34