R/FGI/fm2/bplot.R

   1 library(tidyverse)
   2 #library(Cairo)
   3
   4 if (0) {
   5         indat <- read.delim('e5.snp.txt', encoding="UTF-8")
   6         for (ncol in 1:nrow(indat)) {
   7                 for (nrow in 5:ncol(indat)) {
   8                         tmp <- unlist(strsplit(indat[ncol,nrow],','))
   9                         indat[ncol,nrow] <- tmp[length(tmp)]
  10                 }
  11         }
  12         write.csv(indat,'e5.depth.csv')
  13 }
  14
  15 snpdat <- read.csv('e5.depth.csv', encoding="UTF-8")
  16 plotdat <- pivot_longer(snpdat, cols = starts_with("rs"), names_to = "SNPs",values_to = "Depth")
  17
  18 PlotPointsize <- 12
  19 cairo_pdf('boxType.pdf', pointsize = PlotPointsize)     # Not working on macOS, either cairo_pdf or CairoPDF.
  20 ggplot(plotdat, aes(TypeCN, Depth)) + geom_boxplot(colour = rainbow(length(unique(plotdat$Type))))
  21 dev.off()
  22
  23 pdf('boxSample.pdf', pointsize = PlotPointsize, width=32, height=16)
  24 ggplot(plotdat, aes(ID, Depth)) + geom_boxplot(colour = rainbow(length(unique(plotdat$ID))))
  25 dev.off()
  26
  27 pdf('boxTypeL10.pdf', pointsize = PlotPointsize)
  28 ggplot(plotdat, aes(Type, Depth)) + geom_boxplot(colour = rainbow(length(unique(plotdat$Type)))) + scale_y_continuous(trans='log10')
  29 dev.off()
  30
  31 pdf('boxSampleL10.pdf', pointsize = PlotPointsize, width=32, height=16)
  32 ggplot(plotdat, aes(ID, Depth)) + geom_boxplot(colour = rainbow(length(unique(plotdat$ID)))) + scale_y_continuous(trans='log10')
  33 dev.off()