R/FGI/rmd1/20200517rep.Rmd

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   2 title: "DNA身份证检测报告"
   3 author:
   4   - 深圳华大法医科技有限公司
   5   - 其他作者
   6 date: \today
   7 documentclass: ctexrep
   8 output:
   9   rticles::ctex:
  10     fig_caption: yes
  11     number_sections: yes
  12     toc: yes
  13     keep_tex: yes
  14   html_document:
  15     toc: true
  16     theme: united
  17 ---
  18
  19 ```{r include = FALSE}
  20 knitr::opts_chunk$set(echo = FALSE)
  21 ```
  22
  23 \chapter{章节标题 居中}
  24
  25 # 标题一 居中
  26
  27 ## 标题二 顶格的1.1
  28
  29 目录到标题二为止。
  30
  31 ### 标题三 顶格的1.1.1
  32
  33 #### 标题四 顶格的1.1.1.1
  34
  35 ##### 标题五 缩进两格的1.1.1.1.1
  36
  37 `ctexrep`模式下有chapter。标题页后自动分页。
  38
  39 `ctexart`模式下从标题一开始，不能使用`\chapter`。可以用`\newpage`手动分页。
  40
  41 TeX的格式可以参见<http://mirrors.ibiblio.org/CTAN/language/chinese/ctex/ctex.pdf>。
  42
  43 PDF的生成方法为，在R中运行：
  44
  45 ```R
  46 rmarkdown::render('20200517rep.Rmd',output_format='all',output_dir='./out')
  47 ```
  48
  49 需要R包：`library(rmarkdown)`与`library(rticles)`。
  50 需要安装LaTeX与pandoc。
  51
  52 SNP标记匹配结果如表 1.1。【(ref:tables-Result)引用好像用不了，就直接用顺序编号了。】
  53
  54 ```{r tables-Result}
  55 myResult=read.csv('20200517rep.csv', colClasses=c(身份证号='character'))
  56 #myResult=read.csv('20200517rep.csv', colClasses='character')
  57 knitr::kable(myResult, caption = 'SNP标记匹配结果表')
  58 ```
  59
  60 ```{r eval=FALSE, echo = TRUE}
  61 write.csv(myResult,'t.csv',row.names=F)
  62 tt=read.csv('t.csv', colClasses=c(身份证号='character'))
  63 write.csv(tt,'t2.csv',row.names=F)
  64 ```
  65
  66 ```csv
  67 $ cat t.csv
  68 "Rank","身份证号","相同标记数","不同标记数","未覆盖标记数","似然比"
  69 1,"888888777777771111",6,11,3,0.95
  70 2,"111111222222223333",7,22,4,0.91
  71 3,"111111444444442222",8,33,5,0.87
  72 4,"13233423",9,44,6,0.83
  73 5,"3242434234",10,55,7,0.79
  74 ```
  75
  76 ## 配置：
  77
  78 ```bash
  79 apt install r-base-core r-cran-tcltk2 pandoc
  80 apt install texlive-latex-recommended texlive-latex-extra
  81 apt install texlive-xetex texlive-lang-chinese
  82 ```
  83 可能还需要其他的包。我今天临晨就装了这些。
  84
  85 ## 使用
  86
  87  * 文字部分找人写好，图片“inc/CODIS-and-Chromosome-Loc.jpg”需要更换成57个SNP的。
  88  * 使用R脚本生成”20200517rep.csv“文件，“20200517rep.Rmd”的内容相对固定，可以考虑直接`printf()`出来。
  89  * 然后，R脚本执行`rmarkdown::render('20200517rep.Rmd',output_format='all',output_dir='./out')`，就可以生成pdf版与网页版了。
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  91 # 前言
  92
  93 本报告由FGI出具。
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  95 使用的标记如图 1.1。
  96
  97 ```{r, out.width='75%', fig.align='center', fig.cap='STR标记位置图'}
  98 knitr::include_graphics('inc/CODIS-and-Chromosome-Loc.jpg')
  99 ```
 100
 101 \newpage
 102 测试。
 103
 104 write.csv(iris[1:5, ],file='tmp.csv')
 105
 106 ```{r eval=FALSE}
 107 write.csv(iris[1:5, ],file='tmp.csv')
 108 xx=read.csv('tmp.csv')
 109 ```
 110
 111 \begin{equation}
 112   E=mc^2
 113   (\#eq:emc)
 114 \end{equation}
 115
 116 Some text.
 117
 118 (ref:cool-plot) A boxplot of the data `iris` in **base** R.
 119
 120 ```{r cool-plot, fig.cap='(ref:cool-plot)'}
 121 boxplot(Sepal.Length ~ Species, data = iris)
 122 ```
 123
 124 ```{r message = FALSE, warning = FALSE}
 125 library(viridis)
 126 ```
 127
 128 The code below demonstrates the Magma palette in the [viridis](https://github.com/sjmgarnier/viridis) package. It displays a contour map of the Maunga Whau volcano in Auckland, New Zealand.
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 130 ## Magma colors
 131
 132 ```{r fig.cap = "The Maunga Whau volcano, Auckland."}
 133 image(volcano, col = viridis(200, option = "A"))
 134 ```
 135
 136 HR1
 137
 138 ---
 139
 140 HR2
 141
 142 ```{r tables-mtcars}
 143 knitr::kable(iris[1:5, ], caption = 'A caption')
 144 ```