etc/gatk-wdl/fm2/hello.wdl

   1 task hello {
   2   String pattern
   3   File in
   4
   5   command {
   6     egrep '${pattern}' '${in}'
   7   }
   8
   9   runtime {
  10     #docker: "broadinstitute/my_image"
  11   }
  12
  13   output {
  14     Array[String] matches = read_lines(stdout())
  15   }
  16 }
  17
  18 workflow wf {
  19   call hello
  20 }
  21