etc/snakemake/config/config.yaml

   1 fqs: files.lst
   2
   3 ChipType: Dual   # Solo, DualUpper, DualLower, Dual = DualBoth
   4 defaultChipID: dChip01
   5 STARref: mouse  # human or mouse
   6 umilength: 10
   7 PEmode: normal  # normal or dark
   8
   9 # step1 seq
  10 fst:
  11   qualified_quality_phred: 20
  12   unqualified_percent_limit: 30
  13   n_base_limit: 1
  14   length_required: 30
  15   bclength: 30
  16   verify30bp: no
  17   dumpAllZones: no
  18
  19 # step2 seq
  20 sndBC:
  21   qualified_quality_phred: 20
  22   unqualified_percent_limit: 30
  23   n_base_limit: 1
  24   length_required: 30
  25   bclength: 30
  26
  27 sndRNA:
  28   qualified_quality_phred: 20
  29   unqualified_percent_limit: 30
  30   n_base_limit: 5
  31   length_required: 50
  32   complexity_threshold: 30
  33   cutDownAdapters: no
  34   EnableSoloCBwhitelist: yes
  35
  36 pseudo_cell:
  37   # binsize=400 # 100um x 100um
  38   # binsize=40  # 10um x 10 um
  39   # binsize=100 # 25um x 25 um
  40   binsize:
  41     - 400
  42     - 100
  43     - 40