etc/gatk-wdl/fm2/workflow_output_paths.wdl

   1 version 1.0
   2
   3 task text_to_file {
   4     input {
   5         String text
   6         String filepath
   7     }
   8     command {
   9         mkdir -p $( dirname ~{filepath} )
  10         echo '~{text}' > ~{filepath}
  11     }
  12     output {
  13         File text_file = filepath
  14     }
  15     runtime {
  16         #docker: "ubuntu:latest"
  17     }
  18 }
  19
  20 workflow Gutenberg {
  21     call text_to_file as set_type {
  22         input:
  23             text="The type is set, let us print something",
  24             filepath="typeset.txt"
  25     }
  26     call text_to_file as great_press {
  27         input:
  28             text="This press is working great!",
  29             filepath="greatpress/typeset.txt"
  30     }
  31     output {
  32         File typeset = set_type.text_file
  33         File press_is_great = great_press.text_file
  34     }
  35 }