MACS3/README.md

   1 # Directories
   2
   3 ## Commands
   4
   5 The *Commands* directory  contains source codes for all subcommands.
   6
   7 1. callpeak_cmd.py
   8 2. bdgpeakcall_cmd.py
   9 3. bdgbroadcall_cmd.py
  10 4. bdgcmp_cmd.py
  11 5. bdgdiff_cmd.py
  12 6. bdgopt_cmd.py
  13 7. cmbreps_cmd.py
  14 8. diffpeak_cmd.py
  15 9. filterdup_cmd.py
  16 10. pileup_cmd.py
  17 11. predictd_cmd.py
  18 12. randsample_cmd.py
  19 13. refinepeak_cmd.py
  20 14. callvar_cmd.py
  21
  22 ## IO
  23
  24 The *IO* directory contains Python and Cython source codes for *read* and *write* data files.
  25
  26 1. BedGraphIO.pyx
  27 2. OutputWriter.py
  28 3. Parser.pyx
  29 4. PeakIO.pyx
  30
  31 ## Signal
  32
  33 The *Signal* directory contains Python, Cython and C source codes for data transformation and calculation.
  34
  35 1. BedGraph.pyx
  36 2. CallPeakUnit.pyx
  37 3. FixWidthTrack.pyx
  38 4. PairedEndTrack.pyx
  39 5. Pileup.pyx
  40 6. Prob.pyx
  41 7. ScoreTrack.pyx
  42 8. Signal.pyx
  43 9. cPosValCalculation.c, cPosValCalculation.h, cPosValCalculation.pxd
  44 10. PeakModel.pyx
  45 11. PeakDetect.pyx
  46
  47 ## Utilities
  48
  49 The *Utilities* directory contains source codes to validate command line options and to provide constants (including version number and buffer size).
  50
  51 1. Constants.py
  52 2. OptValidator.py