.github/workflows/build-and-test-MACS3-non-x64.yml

   1 # This workflow will install Python dependencies, run tests and lint with a single version of Python
   2 # For more information see: https://help.github.com/actions/language-and-framework-guides/using-python-with-github-actions
   3
   4 name: MACS3 CI non x64
   5
   6 on: [push, pull_request]
   7
   8 jobs:
   9   build_job:
  10     runs-on: ubuntu-20.04
  11     name: Build on ${{ matrix.arch }}
  12     strategy:
  13       matrix:
  14         include:
  15           - arch: aarch64
  16             distro: bullseye
  17           - arch: armv7
  18             distro: bullseye
  19           - arch: ppc64le
  20             distro: bullseye
  21           - arch: s390x
  22             distro: bullseye
  23     steps:
  24       - name: Checkout MACS
  25         uses: actions/checkout@v3
  26         with:
  27           submodules: 'true'
  28       - name: Set up arch and run (bullseye Python 3.9)
  29         uses: uraimo/run-on-arch-action@v2
  30         id: build
  31         with:
  32           arch: ${{ matrix.arch }}
  33           distro: ${{ matrix.distro }}
  34
  35           githubToken: ${{ github.token }}
  36
  37           # The shell to run commands with in the container
  38           shell: /bin/bash
  39
  40           # Mount the current working directory (with checked-out codes) as /MACS3 in the container
  41           dockerRunArgs: |
  42             -v "${PWD}:/MACS3" -u macs3
  43
  44           # Create an artifacts directory on runner
  45
  46           # Install some dependencies in the container. This speeds up builds if
  47           # you are also using githubToken. Any dependencies installed here will
  48           # be part of the container image that gets cached, so subsequent
  49           # builds don't have to re-install them. The image layer is cached
  50           # publicly in your project's package repository, so it is vital that
  51           # no secrets are present in the container state or logs.
  52           install: |
  53             useradd -m macs3
  54             mkdir -p /MACS3
  55             chown -R macs3:macs3 /MACS3
  56             # install dependencies
  57             apt-get update -qq -y
  58             apt-get install apt-utils
  59             apt-get install -yq libblas3 liblapack3 libblas-dev liblapack-dev
  60             # we rely on Debian/Linux python packages for numpy/scipy/sklearn
  61             apt-get install -yq python3 python3-pip python3-virtualenv python3-wheel python3-numpy python3-scipy python3-sklearn cython3
  62             apt-get install -yq procps zlib1g zlib1g-dev gfortran
  63           run: |
  64             echo `uname -a`
  65             cd /home/macs3/
  66
  67             # let's create virtualenv
  68             virtualenv --system-site-packages macsenv
  69             source macsenv/bin/activate
  70
  71             # copy source code over
  72             cp -r /MACS3 .
  73             cd MACS3
  74
  75             # let's make sure this file is gone...
  76             rm -f no-global-site-packages.txt
  77
  78             # upgrade pip
  79             pip install --progress-bar off --upgrade pip
  80
  81             # install dependencies that are not in Debian/Linux
  82             pip install --upgrade-strategy only-if-needed --progress-bar off Cython
  83             pip install --upgrade-strategy only-if-needed --progress-bar off hmmlearn
  84             pip install --upgrade-strategy only-if-needed --progress-bar off cykhash
  85             pip install --upgrade --progress-bar off pytest
  86
  87
  88             # install MACS3; only-if-needed won't try to upgrade Debian/Linux python3 libs
  89             pip install --upgrade-strategy only-if-needed --no-build-isolation --progress-bar off .
  90
  91             # run test
  92             pytest --runxfail && cd test && ./cmdlinetest-nohmmratac macs3
  93