pkgs/development/python-modules/bx-python/default.nix

   1 { lib, fetchFromGitHub, buildPythonPackage, pythonOlder, numpy, cython, zlib, six
   2 , python-lzo, nose }:
   3
   4 buildPythonPackage rec {
   5   pname = "bx-python";
   6   version = "0.9.0";
   7   disabled = pythonOlder "3.6";
   8
   9   src = fetchFromGitHub {
  10     owner = "bxlab";
  11     repo = "bx-python";
  12     rev = "refs/tags/v${version}";
  13     sha256 = "sha256-Pi4hV3FatCXoXY3nNgqm5UfWYIrpP/v5PzzCi3gmIbE=";
  14   };
  15
  16   nativeBuildInputs = [ cython ];
  17   buildInputs = [ zlib ];
  18   propagatedBuildInputs = [ numpy six python-lzo ];
  19   checkInputs = [ nose ];
  20
  21   postInstall = ''
  22     cp -r scripts/* $out/bin
  23
  24     # This is a small hack; the test suit uses the scripts which need to
  25     # be patched. Linking the patched scripts in $out back to the
  26     # working directory allows the tests to run
  27     rm -rf scripts
  28     ln -s $out/bin scripts
  29   '';
  30
  31   meta = with lib; {
  32     homepage = "https://github.com/bxlab/bx-python";
  33     description =
  34       "Tools for manipulating biological data, particularly multiple sequence alignments";
  35     license = licenses.mit;
  36     maintainers = [ maintainers.jbedo ];
  37     platforms = [ "x86_64-linux" ];
  38   };
  39 }