pkgs/development/python-modules/pot/default.nix

   1 { lib
   2 , autograd
   3 , buildPythonPackage
   4 , cupy
   5 , cvxopt
   6 , cython
   7 , fetchPypi
   8 , matplotlib
   9 , numpy
  10 , tensorflow
  11 , pymanopt
  12 , pytestCheckHook
  13 , pythonOlder
  14 , scikit-learn
  15 , scipy
  16 , enableDimensionalityReduction ? false
  17 , enableGPU ? false
  18 }:
  19
  20 buildPythonPackage rec {
  21   pname = "pot";
  22   version = "0.8.2";
  23   format = "setuptools";
  24
  25   disabled = pythonOlder "3.6";
  26
  27   src = fetchPypi {
  28     pname = "POT";
  29     inherit version;
  30     sha256 = "sha256-PKmuPI83DPy7RkOgHHPdPJJz5NT/fpr123AVTzTLwgQ=";
  31   };
  32
  33   nativeBuildInputs = [
  34     numpy
  35     cython
  36   ];
  37
  38   propagatedBuildInputs = [
  39     numpy
  40     scipy
  41   ] ++ lib.optionals enableGPU [
  42     cupy
  43   ] ++ lib.optionals enableDimensionalityReduction [
  44     autograd
  45     pymanopt
  46   ];
  47
  48   checkInputs = [
  49     cvxopt
  50     matplotlib
  51     numpy
  52     tensorflow
  53     scikit-learn
  54     pytestCheckHook
  55   ];
  56
  57   postPatch = ''
  58     substituteInPlace setup.cfg \
  59       --replace " --cov-report= --cov=ot" "" \
  60       --replace " --durations=20" "" \
  61       --replace " --junit-xml=junit-results.xml" ""
  62     substituteInPlace setup.py \
  63       --replace '"oldest-supported-numpy", ' ""
  64
  65     # we don't need setup.py to find the macos sdk for us
  66     sed -i '/sdk_path/d' setup.py
  67   '';
  68
  69   # To prevent importing of an incomplete package from the build directory
  70   # instead of nix store (`ot` is the top-level package name).
  71   preCheck = ''
  72     rm -r ot
  73   '';
  74
  75   disabledTests = [
  76     # GPU tests are always skipped because of sandboxing
  77     "warnings"
  78     # Fixture is not available
  79     "test_conditional_gradient"
  80     "test_convert_between_backends"
  81     "test_emd_backends"
  82     "test_emd_emd2_types_devices"
  83     "test_emd1d_type_devices"
  84     "test_emd2_backends"
  85     "test_factored_ot_backends"
  86     "test_free_support_barycenter_backends"
  87     "test_func_backends"
  88     "test_generalized_conditional_gradient"
  89     "test_line_search_armijo"
  90     "test_loss_dual"
  91     "test_max_sliced_backend"
  92     "test_plan_dual"
  93     "test_random_backends"
  94     "test_sliced_backend"
  95     "test_to_numpy"
  96     "test_wasserstein_1d_type_devices"
  97     "test_wasserstein"
  98     "test_weak_ot_bakends"
  99     # TypeError: Only integers, slices...
 100     "test_emd1d_device_tf"
 101   ];
 102
 103   disabledTestPaths = [
 104     # AttributeError: module pytest has no attribute skip_backend
 105     "test/test_bregman.py"
 106     "test/test_da.py"
 107     "test/test_utils.py"
 108     "test/test_gromov.py"
 109     "test/test_helpers.py"
 110     "test/test_unbalanced.py"
 111   ] ++ lib.optionals (!enableDimensionalityReduction) [
 112     "test/test_dr.py"
 113   ];
 114
 115   pythonImportsCheck = [
 116     "ot"
 117     "ot.lp"
 118   ];
 119
 120   meta = with lib; {
 121     description = "Python Optimal Transport Library";
 122     homepage = "https://pythonot.github.io/";
 123     license = licenses.mit;
 124     maintainers = with maintainers; [ yl3dy ];
 125   };
 126 }