pkgs/development/python-modules/pydicom/default.nix

   1 { lib
   2 , stdenv
   3 , buildPythonPackage
   4 , fetchFromGitHub
   5 , pythonOlder
   6 , pytestCheckHook
   7 , numpy
   8 , pillow
   9 , setuptools
  10 }:
  11
  12 let
  13   pname = "pydicom";
  14   version = "2.3.0";
  15
  16   src = fetchFromGitHub {
  17     owner = "pydicom";
  18     repo = "pydicom";
  19     rev = "v${version}";
  20     hash = "sha256-CAQWaBkzecJ1VXQ5BnAUjmBMjh0I8y+gT7I4P4o2gqI=";
  21   };
  22
  23   # Pydicom needs pydicom-data to run some tests. If these files aren't downloaded
  24   # before the package creation, it'll try to download during the checkPhase.
  25   test_data = fetchFromGitHub {
  26     owner = "pydicom";
  27     repo = "pydicom-data";
  28     rev = "bbb723879690bb77e077a6d57657930998e92bd5";
  29     hash = "sha256-dCI1temvpNWiWJYVfQZKy/YJ4ad5B0e9hEKHJnEeqzk=";
  30   };
  31
  32 in
  33 buildPythonPackage {
  34   inherit pname version src;
  35   disabled = pythonOlder "3.6";
  36
  37   format = "setuptools";
  38
  39   propagatedBuildInputs = [
  40     numpy
  41     pillow
  42     setuptools
  43   ];
  44
  45   checkInputs = [
  46     pytestCheckHook
  47   ];
  48
  49   # Setting $HOME to prevent pytest to try to create a folder inside
  50   # /homeless-shelter which is read-only.
  51   # Linking pydicom-data dicom files to $HOME/.pydicom/data
  52   preCheck = ''
  53     export HOME=$TMP/test-home
  54     mkdir -p $HOME/.pydicom/
  55     ln -s ${test_data}/data_store/data $HOME/.pydicom/data
  56   '';
  57
  58   disabledTests = [
  59     # tries to remove a dicom inside $HOME/.pydicom/data/ and download it again
  60     "test_fetch_data_files"
  61   ] ++ lib.optionals stdenv.isAarch64 [
  62     # https://github.com/pydicom/pydicom/issues/1386
  63     "test_array"
  64   ] ++ lib.optionals stdenv.isDarwin [
  65     # flaky, hard to reproduce failure outside hydra
  66     "test_time_check"
  67   ];
  68
  69   pythonImportsCheck = [
  70     "pydicom"
  71   ];
  72
  73   meta = with lib; {
  74     description = "Python package for working with DICOM files";
  75     homepage = "https://pydicom.github.io";
  76     license = licenses.mit;
  77     maintainers = with maintainers; [ bcdarwin ];
  78   };
  79 }