pkgs/development/python-modules/scikit-learn/default.nix

   1 { stdenv
   2 , lib
   3 , buildPythonPackage
   4 , fetchPypi
   5 , fetchpatch
   6 , gfortran
   7 , glibcLocales
   8 , numpy
   9 , scipy
  10 , pytestCheckHook
  11 , pytest-xdist
  12 , pillow
  13 , cython
  14 , joblib
  15 , llvmPackages
  16 , threadpoolctl
  17 , pythonOlder
  18 }:
  19
  20 buildPythonPackage rec {
  21   pname = "scikit-learn";
  22   version = "1.1.3";
  23   disabled = pythonOlder "3.6";
  24
  25   src = fetchPypi {
  26     inherit pname version;
  27     sha256 = "sha256-vvUZeKUewZl3cA/nuGrs6knIJYhPOBF1a3SjsVK7TjU=";
  28   };
  29
  30   buildInputs = [
  31     pillow
  32     glibcLocales
  33   ] ++ lib.optionals stdenv.cc.isClang [
  34     llvmPackages.openmp
  35   ];
  36
  37   nativeBuildInputs = [
  38     cython
  39     gfortran
  40   ];
  41
  42   propagatedBuildInputs = [
  43     numpy
  44     scipy
  45     numpy.blas
  46     joblib
  47     threadpoolctl
  48   ];
  49
  50   checkInputs = [ pytestCheckHook pytest-xdist ];
  51
  52   LC_ALL="en_US.UTF-8";
  53
  54   preBuild = ''
  55     export SKLEARN_BUILD_PARALLEL=$NIX_BUILD_CORES
  56   '';
  57
  58   doCheck = !stdenv.isAarch64;
  59
  60   disabledTests = [
  61     # Skip test_feature_importance_regression - does web fetch
  62     "test_feature_importance_regression"
  63
  64     # failing on macos
  65     "check_regressors_train"
  66     "check_classifiers_train"
  67     "xfail_ignored_in_check_estimator"
  68   ];
  69
  70   pytestFlagsArray = [
  71     # verbose build outputs needed to debug hard-to-reproduce hydra failures
  72     "-v"
  73     "--pyargs" "sklearn"
  74
  75     # NuSVC memmap tests causes segmentation faults in certain environments
  76     # (e.g. Hydra Darwin machines) related to a long-standing joblib issue
  77     # (https://github.com/joblib/joblib/issues/563). See also:
  78     # https://github.com/scikit-learn/scikit-learn/issues/17582
  79     # Since we are overriding '-k' we need to include the 'disabledTests' from above manually.
  80     "-k" "'not (NuSVC and memmap) ${toString (lib.forEach disabledTests (t: "and not ${t}"))}'"
  81   ];
  82
  83   preCheck = ''
  84     cd $TMPDIR
  85     export HOME=$TMPDIR
  86     export OMP_NUM_THREADS=1
  87   '';
  88
  89   pythonImportsCheck = [ "sklearn" ];
  90
  91   meta = with lib; {
  92     description = "A set of python modules for machine learning and data mining";
  93     changelog = let
  94       major = versions.major version;
  95       minor = versions.minor version;
  96       dashVer = replaceChars ["."] ["-"] version;
  97     in
  98       "https://scikit-learn.org/stable/whats_new/v${major}.${minor}.html#version-${dashVer}";
  99     homepage = "https://scikit-learn.org";
 100     license = licenses.bsd3;
 101     maintainers = with maintainers; [ davhau ];
 102   };
 103 }