pkgs/by-name/sp/splitcode/package.nix

   1 {
   2   lib,
   3   stdenv,
   4   fetchFromGitHub,
   5   cmake,
   6   libcxx,
   7   zlib,
   8 }:
   9 let
  10   version = "0.30.0";
  11 in
  12 stdenv.mkDerivation {
  13   pname = "splitcode";
  14   inherit version;
  15
  16   src = fetchFromGitHub {
  17     owner = "pachterlab";
  18     repo = "splitcode";
  19     rev = "v${version}";
  20     hash = "sha256-g38pJFP9uA2P5ktogAPXKgPtsEJn5vtnK5HClqqezmg=";
  21   };
  22
  23   patches = [ ./add-stdint.patch ];
  24
  25   nativeBuildInputs = [ cmake ];
  26
  27   buildInputs = [
  28     libcxx
  29     zlib
  30   ];
  31
  32   doCheck = true;
  33   checkPhase = ''
  34     mkdir func_tests
  35     cp $src/func_tests/* ./func_tests/
  36     bash ./func_tests/runtests.sh
  37   '';
  38
  39   meta = {
  40     description = "Tool for flexible, efficient parsing, interpreting, and editing of technical sequences in sequencing reads";
  41     homepage = "https://github.com/pachterlab/splitcode";
  42     license = lib.licenses.bsd2;
  43     platforms = lib.platforms.all;
  44     maintainers = with lib.maintainers; [ zimward ];
  45     mainProgram = "splitcode";
  46   };
  47 }