pkgs/development/ocaml-modules/phylogenetics/default.nix

   1 { lib
   2 , buildDunePackage
   3 , fetchFromGitHub
   4 , ppx_deriving
   5 , bppsuite
   6 , alcotest
   7 , angstrom-unix
   8 , biocaml
   9 , core
  10 , gsl
  11 , lacaml
  12 , menhir
  13 , menhirLib
  14 , printbox-text
  15 }:
  16
  17 buildDunePackage rec {
  18   pname = "phylogenetics";
  19   version = "unstable-2022-05-06";
  20
  21   src = fetchFromGitHub {
  22     owner = "biocaml";
  23     repo = pname;
  24     rev = "cd7c624d0f98e31b02933ca4511b9809b26d35b5";
  25     sha256 = "sha256:0w0xyah3hj05hxg1rsa40hhma3dm1cyq0zvnjrihhf22laxap7ga";
  26   };
  27
  28   minimalOCamlVersion = "4.08";
  29   duneVersion = "3";
  30
  31   nativeCheckInputs = [ bppsuite ];
  32   checkInputs = [ alcotest ];
  33   nativeBuildInputs = [ menhir ];
  34   propagatedBuildInputs = [
  35     angstrom-unix
  36     biocaml
  37     core
  38     gsl
  39     lacaml
  40     menhirLib
  41     ppx_deriving
  42     printbox-text
  43   ];
  44
  45   checkPhase = ''
  46     runHook preCheck
  47     dune build @app/fulltest
  48     runHook postCheck
  49   '';
  50   doCheck = true;
  51
  52   meta = with lib; {
  53     description = "Algorithms and datastructures for phylogenetics";
  54     homepage = "https://github.com/biocaml/phylogenetics";
  55     license = licenses.cecill-b;
  56     maintainers = [ maintainers.bcdarwin ];
  57     mainProgram = "phylosim";
  58   };
  59 }