pkgs/development/python-modules/numcodecs/default.nix

   1 {
   2   lib,
   3   stdenv,
   4   buildPythonPackage,
   5   fetchpatch,
   6   fetchPypi,
   7   setuptools,
   8   setuptools-scm,
   9   cython,
  10   numpy,
  11   msgpack,
  12   py-cpuinfo,
  13   pytestCheckHook,
  14   python,
  15   pythonOlder,
  16 }:
  17
  18 buildPythonPackage rec {
  19   pname = "numcodecs";
  20   version = "0.12.1";
  21   pyproject = true;
  22
  23   disabled = pythonOlder "3.8";
  24
  25   src = fetchPypi {
  26     inherit pname version;
  27     hash = "sha256-BdkaQzcz5+7yaNfoDsImoCMtokQolhSo84JpAa7BCY4=";
  28   };
  29
  30   patches = [
  31     # https://github.com/zarr-developers/numcodecs/pull/487
  32     (fetchpatch {
  33       name = "fix-tests.patch";
  34       url = "https://github.com/zarr-developers/numcodecs/commit/4896680087d3ff1f959401c51cf5aea0fd56554e.patch";
  35       hash = "sha256-+lMWK5IsNzJ7H2SmLckgxbSSRIIcC7FtGYSBKQtuo+Y=";
  36     })
  37   ];
  38
  39   nativeBuildInputs = [
  40     setuptools
  41     setuptools-scm
  42     cython
  43     py-cpuinfo
  44   ];
  45
  46   propagatedBuildInputs = [ numpy ];
  47
  48   optional-dependencies = {
  49     msgpack = [ msgpack ];
  50     # zfpy = [ zfpy ];
  51   };
  52
  53   preBuild =
  54     if (stdenv.hostPlatform.isx86 && !stdenv.hostPlatform.avx2Support) then
  55       ''
  56         export DISABLE_NUMCODECS_AVX2=
  57       ''
  58     else
  59       null;
  60
  61   nativeCheckInputs = [
  62     pytestCheckHook
  63     msgpack
  64   ];
  65
  66   pytestFlagsArray = [ "$out/${python.sitePackages}/numcodecs" ];
  67
  68   disabledTests = [
  69     "test_backwards_compatibility"
  70
  71     "test_encode_decode"
  72     "test_legacy_codec_broken"
  73     "test_bytes"
  74
  75     # ValueError: setting an array element with a sequence. The requested array has an inhomogeneous shape after 1 dimensions. The detected shape was (3,) + inhomogeneous part.
  76     # with numpy 1.24
  77     "test_non_numpy_inputs"
  78   ];
  79
  80   meta = with lib; {
  81     homepage = "https://github.com/zarr-developers/numcodecs";
  82     license = licenses.mit;
  83     description = "Buffer compression and transformation codecs for use in data storage and communication applications";
  84     maintainers = [ ];
  85   };
  86 }