pkgs/development/python-modules/scikit-bio/default.nix

   1 {
   2   lib,
   3   buildPythonPackage,
   4   fetchFromGitHub,
   5   setuptools,
   6   cython,
   7   oldest-supported-numpy,
   8   requests,
   9   decorator,
  10   natsort,
  11   numpy,
  12   pandas,
  13   scipy,
  14   h5py,
  15   hdmedians,
  16   biom-format,
  17   python,
  18   pytestCheckHook,
  19 }:
  20
  21 buildPythonPackage rec {
  22   pname = "scikit-bio";
  23   version = "0.6.0";
  24   pyproject = true;
  25
  26   src = fetchFromGitHub {
  27     owner = "scikit-bio";
  28     repo = "scikit-bio";
  29     rev = "refs/tags/${version}";
  30     hash = "sha256-v8/r52pJpMi34SekPQBf7CqRbs+ZEyPR3WO5RBB7uKg=";
  31   };
  32
  33   build-system = [
  34     setuptools
  35     cython
  36     oldest-supported-numpy
  37   ];
  38
  39   dependencies = [
  40     requests
  41     decorator
  42     natsort
  43     numpy
  44     pandas
  45     scipy
  46     h5py
  47     hdmedians
  48     biom-format
  49   ];
  50
  51   nativeCheckInputs = [ pytestCheckHook ];
  52
  53   # only the $out dir contains the built cython extensions, so we run the tests inside there
  54   pytestFlagsArray = [ "${placeholder "out"}/${python.sitePackages}/skbio" ];
  55
  56   pythonImportsCheck = [ "skbio" ];
  57
  58   meta = {
  59     homepage = "http://scikit-bio.org/";
  60     description = "Data structures, algorithms and educational resources for bioinformatics";
  61     license = lib.licenses.bsd3;
  62     maintainers = with lib.maintainers; [ tomasajt ];
  63   };
  64 }