pkgs/development/python-modules/tables/default.nix

   1 {
   2   lib,
   3   fetchPypi,
   4   buildPythonPackage,
   5   pythonOlder,
   6   blosc2,
   7   bzip2,
   8   c-blosc,
   9   cython,
  10   hdf5,
  11   lzo,
  12   numpy,
  13   numexpr,
  14   packaging,
  15   setuptools,
  16   sphinx,
  17   # Test inputs
  18   python,
  19   pytest,
  20   py-cpuinfo,
  21 }:
  22
  23 buildPythonPackage rec {
  24   pname = "tables";
  25   version = "3.9.2";
  26   format = "setuptools";
  27
  28   disabled = pythonOlder "3.8";
  29
  30   src = fetchPypi {
  31     inherit pname version;
  32     hash = "sha256-1HAmPC5QxLfIY1oNmawf8vnnBMJNceX6M8RSnn0K2cM=";
  33   };
  34
  35   nativeBuildInputs = [
  36     blosc2
  37     cython
  38     setuptools
  39     sphinx
  40   ];
  41
  42   buildInputs = [
  43     bzip2
  44     c-blosc
  45     blosc2.c-blosc2
  46     hdf5
  47     lzo
  48   ];
  49
  50   propagatedBuildInputs = [
  51     blosc2
  52     py-cpuinfo
  53     numpy
  54     numexpr
  55     packaging # uses packaging.version at runtime
  56   ];
  57
  58   # When doing `make distclean`, ignore docs
  59   postPatch = ''
  60     substituteInPlace Makefile --replace "src doc" "src"
  61     # Force test suite to error when unittest runner fails
  62     substituteInPlace tables/tests/test_suite.py \
  63       --replace "return 0" "assert result.wasSuccessful(); return 0" \
  64       --replace "return 1" "assert result.wasSuccessful(); return 1"
  65     substituteInPlace requirements.txt \
  66       --replace "cython>=0.29.21" "" \
  67       --replace "blosc2~=2.0.0" "blosc2"
  68   '';
  69
  70   # Regenerate C code with Cython
  71   preBuild = ''
  72     make distclean
  73   '';
  74
  75   setupPyBuildFlags = [
  76     "--hdf5=${lib.getDev hdf5}"
  77     "--lzo=${lib.getDev lzo}"
  78     "--bzip2=${lib.getDev bzip2}"
  79     "--blosc=${lib.getDev c-blosc}"
  80     "--blosc2=${lib.getDev blosc2.c-blosc2}"
  81   ];
  82
  83   nativeCheckInputs = [ pytest ];
  84
  85   preCheck = ''
  86     cd ..
  87   '';
  88
  89   # Runs the light (yet comprehensive) subset of the test suite.
  90   # The whole "heavy" test suite supposedly takes ~4 hours to run.
  91   checkPhase = ''
  92     runHook preCheck
  93     ${python.interpreter} -m tables.tests.test_all
  94     runHook postCheck
  95   '';
  96
  97   pythonImportsCheck = [ "tables" ];
  98
  99   meta = with lib; {
 100     description = "Hierarchical datasets for Python";
 101     homepage = "https://www.pytables.org/";
 102     changelog = "https://github.com/PyTables/PyTables/releases/tag/v${version}";
 103     license = licenses.bsd2;
 104     maintainers = with maintainers; [ drewrisinger ];
 105   };
 106 }