pkgs/by-name/cm/cmdstan/package.nix

   1 { lib
   2 , stdenv
   3 , fetchFromGitHub
   4 , python3
   5 , stanc
   6 , buildPackages
   7 , runtimeShell
   8 , runCommandCC
   9 , cmdstan
  10 }:
  11
  12 stdenv.mkDerivation rec {
  13   pname = "cmdstan";
  14   version = "2.35.0";
  15
  16   src = fetchFromGitHub {
  17     owner = "stan-dev";
  18     repo = pname;
  19     rev = "v${version}";
  20     fetchSubmodules = true;
  21     hash = "sha256-bmzkXbR4KSnpfXjs2MAx8mbNSbNrIWDP/O8S+JGWrcg=";
  22   };
  23
  24   postPatch = ''
  25     substituteInPlace stan/lib/stan_math/make/libraries \
  26       --replace "/usr/bin/env bash" "bash"
  27   '';
  28
  29   nativeBuildInputs = [
  30     python3
  31     stanc
  32   ];
  33
  34   preConfigure = ''
  35     patchShebangs test-all.sh runCmdStanTests.py stan/
  36   ''
  37   # Fix inclusion of hardcoded paths in PCH files, by building in the store.
  38   + ''
  39     mkdir -p $out/opt
  40     cp -R . $out/opt/cmdstan
  41     cd $out/opt/cmdstan
  42     mkdir -p bin
  43     ln -s ${buildPackages.stanc}/bin/stanc bin/stanc
  44   '';
  45
  46   makeFlags = [
  47     "build"
  48   ] ++ lib.optionals stdenv.hostPlatform.isDarwin [
  49     "arch=${stdenv.hostPlatform.darwinArch}"
  50   ];
  51
  52   # Disable inclusion of timestamps in PCH files when using Clang.
  53   env.CXXFLAGS = lib.optionalString stdenv.cc.isClang "-Xclang -fno-pch-timestamp";
  54
  55   enableParallelBuilding = true;
  56
  57   installPhase = ''
  58     runHook preInstall
  59
  60     mkdir -p $out/bin
  61     ln -s $out/opt/cmdstan/bin/stanc $out/bin/stanc
  62     ln -s $out/opt/cmdstan/bin/stansummary $out/bin/stansummary
  63     cat > $out/bin/stan <<EOF
  64     #!${runtimeShell}
  65     make -C $out/opt/cmdstan "\$(realpath "\$1")"
  66     EOF
  67     chmod a+x $out/bin/stan
  68
  69     runHook postInstall
  70   '';
  71
  72   passthru.tests = {
  73     test = runCommandCC "cmdstan-test" { } ''
  74       cp -R ${cmdstan}/opt/cmdstan cmdstan
  75       chmod -R +w cmdstan
  76       cd cmdstan
  77       ./runCmdStanTests.py -j$NIX_BUILD_CORES src/test/interface
  78       touch $out
  79     '';
  80   };
  81
  82   meta = with lib; {
  83     description = "Command-line interface to Stan";
  84     longDescription = ''
  85       Stan is a probabilistic programming language implementing full Bayesian
  86       statistical inference with MCMC sampling (NUTS, HMC), approximate Bayesian
  87       inference with Variational inference (ADVI) and penalized maximum
  88       likelihood estimation with Optimization (L-BFGS).
  89     '';
  90     homepage = "https://mc-stan.org/interfaces/cmdstan.html";
  91     license = licenses.bsd3;
  92     maintainers = with maintainers; [ wegank ];
  93     platforms = platforms.unix;
  94   };
  95 }