pkgs/by-name/cm/cmtk/package.nix

   1 { lib
   2 , stdenv
   3 , bzip2
   4 , cmake
   5 , fetchurl
   6 , fftw
   7 , llvmPackages
   8 , zlib
   9 }:
  10
  11 stdenv.mkDerivation (finalAttrs: {
  12   pname = "cmtk";
  13   version = "3.3.2";
  14
  15   src = fetchurl {
  16     name = "cmtk-source.tar.gz";
  17     url = "https://www.nitrc.org/frs/download.php/13188/CMTK-${finalAttrs.version}-Source.tar.gz//?i_agree=1&download_now=1";
  18     hash = "sha256-iE164NCOSOypZLLZfZy9RTyrS+YnY9ECqfb4QhlsMS4=";
  19   };
  20
  21   postPatch = ''
  22     substituteInPlace apps/vtkxform.cxx --replace-fail \
  23       "float xyzFloat[3] = { xyz[0], xyz[1], xyz[2] };" \
  24       "float xyzFloat[3] = { (float)xyz[0], (float)xyz[1], (float)xyz[2] };"
  25   '';
  26
  27   nativeBuildInputs = [ cmake ];
  28
  29   buildInputs = [
  30     bzip2
  31     fftw
  32     zlib
  33   ] ++ lib.optionals stdenv.cc.isClang [
  34     llvmPackages.openmp
  35   ];
  36
  37   cmakeFlags = [
  38     (lib.cmakeFeature "CMAKE_CXX_STANDARD" "14")
  39   ] ++ lib.optionals (stdenv.hostPlatform.isDarwin && stdenv.hostPlatform.isAarch64) [
  40     (lib.cmakeFeature "CMAKE_CXX_FLAGS" "-Dfinite=isfinite")
  41   ];
  42
  43   meta = with lib; {
  44     description = "Computational Morphometry Toolkit";
  45     mainProgram = "cmtk";
  46     longDescription = ''
  47       A software toolkit for computational morphometry of
  48       biomedical images, CMTK comprises a set of command line tools and a
  49       back-end general-purpose library for processing and I/O
  50     '';
  51     maintainers = with maintainers; [ tbenst ];
  52     platforms = platforms.all;
  53     license = licenses.gpl3Plus;
  54     homepage = "https://www.nitrc.org/projects/cmtk/";
  55   };
  56 })